seq1 = pF1KE3076.tfa, 711 bp
seq2 = pF1KE3076/gi568815575f_130072063.tfa (gi568815575f:130072063_130284737), 212675 bp

>pF1KE3076 711
>gi568815575f:130072063_130284737 (ChrX)

1-258  (100001-100258)   100% ->
259-711  (112223-112675)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGCAGCCCATCCTGGGCCATGGGAGCCTGCAGCCCGCCTCGGCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGCAGCCCATCCTGGGCCATGGGAGCCTGCAGCCCGCCTCGGCCGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGGCCTGGCGTCCCTGGAGCTCGACTCGTCGCTGGACCAGTACGTGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGGCCTGGCGTCCCTGGAGCTCGACTCGTCGCTGGACCAGTACGTGCAGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TTCGCATCTTCAAAATAATCGTGATTGGGGACTCCAACGTGGGCAAGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TTCGCATCTTCAAAATAATCGTGATTGGGGACTCCAACGTGGGCAAGACC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TGCCTGACCTTCCGCTTCTGCGGGGGTACCTTCCCAGACAAGACTGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TGCCTGACCTTCCGCTTCTGCGGGGGTACCTTCCCAGACAAGACTGAAGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CACCATCGGCGTGGACTTCAGGGAGAAGACCGTGGAAATCGAGGGCGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CACCATCGGCGTGGACTTCAGGGAGAAGACCGTGGAAATCGAGGGCGAGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 AGATCAAG         GTTCAGGTGTGGGACACAGCAGGTCAGGAACGT
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 AGATCAAGGTG...CAGGTTCAGGTGTGGGACACAGCAGGTCAGGAACGT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 TTCCGCAAAAGCATGGTCGAGCATTACTACCGCAACGTACATGCCGTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112256 TTCCGCAAAAGCATGGTCGAGCATTACTACCGCAACGTACATGCCGTGGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CTTCGTCTATGACGTCACCAAGATGACATCTTTCACCAACCTCAAAATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112306 CTTCGTCTATGACGTCACCAAGATGACATCTTTCACCAACCTCAAAATGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 GGATCCAAGAATGCAATGGGCATGCTGTGCCCCCACTAGTCCCCAAAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112356 GGATCCAAGAATGCAATGGGCATGCTGTGCCCCCACTAGTCCCCAAAGTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 CTTGTGGGCAACAAGTGTGACTTGAGGGAACAGATCCAGGTGCCCTCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112406 CTTGTGGGCAACAAGTGTGACTTGAGGGAACAGATCCAGGTGCCCTCCAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 CTTAGCCCTGAAATTTGCTGATGCCCACAACATGCTCTTGTTTGAGACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112456 CTTAGCCCTGAAATTTGCTGATGCCCACAACATGCTCTTGTTTGAGACAT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 CGGCCAAGGACCCCAAAGAGAGCCAGAACGTGGAGTCGATTTTCATGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112506 CGGCCAAGGACCCCAAAGAGAGCCAGAACGTGGAGTCGATTTTCATGTGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 TTGGCTTGCCGATTGAAGGCCCAGAAATCCCTGCTGTATCGTGATGCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112556 TTGGCTTGCCGATTGAAGGCCCAGAAATCCCTGCTGTATCGTGATGCTGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 GAGGCAGCAGGGGAAGGTGCAGAAACTGGAGTTCCCACAGGAAGCTAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112606 GAGGCAGCAGGGGAAGGTGCAGAAACTGGAGTTCCCACAGGAAGCTAACA

    700     .    :    .    :
    692 GTAAAACTTCCTGTCCTTGT
        ||||||||||||||||||||
 112656 GTAAAACTTCCTGTCCTTGT