seq1 = pF1KE3072.tfa, 690 bp
seq2 = pF1KE3072/gi568815585f_75449821.tfa (gi568815585f:75449821_75705809), 255989 bp

>pF1KE3072 690
>gi568815585f:75449821_75705809 (Chr13)

1-54  (100001-100050)   85% ->
55-183  (110933-111061)   100% ->
184-340  (116875-117031)   100% ->
341-426  (117407-117492)   100% ->
427-474  (119640-119687)   100% ->
475-550  (145095-145170)   100% ->
551-609  (154949-155007)   100% ->
610-690  (155909-155989)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGGGTCAACGCTGGCTGCCGCTGGAGGCCAATCCCGAGGTCACCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   | -
 100001 ATGGAGGGTCAACGCTGGCTGCCGCTGGAGGCCAATCCCGAGGTGGGCG 

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCAG         TTTCTTAAACAATTAGGTCTACATCCTAACTGGCAAT
        |--->>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100050 C   GCT...CAGTTTCTTAAACAATTAGGTCTACATCCTAACTGGCAAT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TCGTTGATGTATATGGAATGGATCCTGAACTCCTTAGCATGGTACCAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110970 TCGTTGATGTATATGGAATGGATCCTGAACTCCTTAGCATGGTACCAAGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CCAGTCTGTGCAGTCTTACTTCTCTTTCCTATTACAGAAAAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 111020 CCAGTCTGTGCAGTCTTACTTCTCTTTCCTATTACAGAAAAGGTA...TA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    184  TATGAAGTATTCAGAACAGAAGAGGAAGAAAAAATAAAATCTCAGGGAC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116874 GTATGAAGTATTCAGAACAGAAGAGGAAGAAAAAATAAAATCTCAGGGAC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AAGATGTTACATCATCAGTATATTTCATGAAGCAAACAATCAGCAATGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116924 AAGATGTTACATCATCAGTATATTTCATGAAGCAAACAATCAGCAATGCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TGTGGAACAATTGGACTGATTCATGCTATTGCAAACAATAAAGACAAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116974 TGTGGAACAATTGGACTGATTCATGCTATTGCAAACAATAAAGACAAGAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GCACTTTG         AATCTGGATCAACCTTGAAAAAATTCCTGGAGG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 117024 GCACTTTGGTA...CAGAATCTGGATCAACCTTGAAAAAATTCCTGGAGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AATCTGTGTCAATGAGCCCTGAAGAACGAGCCAGATACCTGGAGAACTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117440 AATCTGTGTCAATGAGCCCTGAAGAACGAGCCAGATACCTGGAGAACTAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GAT         GCCATCCGAGTTACTCATGAGACCAGTGCCCATGAAGG
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117490 GATGTC...CAGGCCATCCGAGTTACTCATGAGACCAGTGCCCATGAAGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TCAGACTGAG         GCACCAAGTATAGATGAGAAAGTAGATCTTC
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 119678 TCAGACTGAGGTA...CAGGCACCAAGTATAGATGAGAAAGTAGATCTTC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 ATTTTATTGCATTAGTTCATGTAGATGGGCATCTCTATGAATTAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 145126 ATTTTATTGCATTAGTTCATGTAGATGGGCATCTCTATGAATTAGGTA..

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551     ATGGGCGGAAGCCATTTCCAATTAACCATGGTGAAACTAGTGATGA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145176 .CAGATGGGCGGAAGCCATTTCCAATTAACCATGGTGAAACTAGTGATGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 AACTTTATTAGAG         GATGCCATAGAAGTTTGCAAGAAGTTTA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 154995 AACTTTATTAGAGGTA...TAGGATGCCATAGAAGTTTGCAAGAAGTTTA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 TGGAGCGCGACCCTGATGAACTAAGATTTAATGCGATTGCTCTTTCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155937 TGGAGCGCGACCCTGATGAACTAAGATTTAATGCGATTGCTCTTTCTGCA

    750 
    688 GCA
        |||
 155987 GCA