seq1 = pF1KE3071.tfa, 687 bp
seq2 = pF1KE3071/gi568815594f_139354196.tfa (gi568815594f:139354196_139573123), 218928 bp

>pF1KE3071 687
>gi568815594f:139354196_139573123 (Chr4)

1-249  (100001-100249)   100% ->
250-687  (118491-118928)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTGAGGAGATGGAGTCGTCGCTCGAGGCAAGCTTTTCGTCCAGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCTGAGGAGATGGAGTCGTCGCTCGAGGCAAGCTTTTCGTCCAGCGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGCAGTGTCAGGGGCCTCAGGGTTTTTGCCTCCTGCCCGCTCCCGCATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGCAGTGTCAGGGGCCTCAGGGTTTTTGCCTCCTGCCCGCTCCCGCATCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCAAGATAATCGTGATCGGCGACTCCAATGTGGGCAAGACATGCCTGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCAAGATAATCGTGATCGGCGACTCCAATGTGGGCAAGACATGCCTGACC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TACCGCTTCTGCGCTGGCCGCTTCCCCGACCGCACCGAGGCCACGATAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TACCGCTTCTGCGCTGGCCGCTTCCCCGACCGCACCGAGGCCACGATAGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGTGGATTTCCGAGAACGAGCGGTGGAGATTGATGGGGAGCGCATCAAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 100201 GGTGGATTTCCGAGAACGAGCGGTGGAGATTGATGGGGAGCGCATCAAGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    250         ATCCAGCTATGGGACACAGCAGGACAAGAACGATTCAGAAAG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TG...TAGATCCAGCTATGGGACACAGCAGGACAAGAACGATTCAGAAAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 AGCATGGTTCAGCACTACTACAGAAATGTACATGCTGTTGTCTTCGTGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118533 AGCATGGTTCAGCACTACTACAGAAATGTACATGCTGTTGTCTTCGTGTA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 TGATATGACCAACATGGCTAGTTTTCATAGCCTACCATCTTGGATAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118583 TGATATGACCAACATGGCTAGTTTTCATAGCCTACCATCTTGGATAGAAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 AATGCAAACAACATTTGCTAGCCAATGATATACCACGGATTCTTGTTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118633 AATGCAAACAACATTTGCTAGCCAATGATATACCACGGATTCTTGTTGGA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 AATAAATGTGACTTGAGAAGTGCCATACAGGTACCCACAGACTTGGCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118683 AATAAATGTGACTTGAGAAGTGCCATACAGGTACCCACAGACTTGGCACA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 AAAATTTGCTGACACACACAGTATGCCTTTGTTTGAAACGTCTGCTAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118733 AAAATTTGCTGACACACACAGTATGCCTTTGTTTGAAACGTCTGCTAAAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 ACCCCAATGATAATGACCATGTGGAAGCTATATTTATGACCTTGGCTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118783 ACCCCAATGATAATGACCATGTGGAAGCTATATTTATGACCTTGGCTCAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 AAGCTTAAGAGCCACAAACCATTAATGCTTAGTCAGCCCCCTGATAATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118833 AAGCTTAAGAGCCACAAACCATTAATGCTTAGTCAGCCCCCTGATAATGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .
    642 AATTATCCTGAAGCCTGAACCAAAGCCTGCAATGACGTGCTGGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118883 AATTATCCTGAAGCCTGAACCAAAGCCTGCAATGACGTGCTGGTGC