seq1 = pF1KE3069.tfa, 681 bp
seq2 = pF1KE3069/gi568815593f_58517640.tfa (gi568815593f:58517640_58951348), 433709 bp

>pF1KE3069 681
>gi568815593f:58517640_58951348 (Chr5)

1-22  (65570-65593)   91% ->
23-252  (100004-100231)   99% ->
253-371  (208363-208481)   100% ->
372-496  (307399-307523)   100% ->
497-681  (333525-333709)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGACACGAAGCGCCCATGC           AGATGGCCTCTGCCCAA
        ||||||||||||||||||||||-->>>...>>>--|||||||||||||||
  65570 ATGAGACACGAAGCGCCCATGCAGGTG...CAG  ATGGCCTCTGCCCAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     40 GATGCCAGGTACGGCCAGAAAGACTCCTCTGATCAGAACTTTGACTACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100019 GATGCCAGGTACGGCCAGAAAGACTCCTCTGATCAGAACTTTGACTACAT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     90 GTTCAAATTACTCATCATCGGCAATAGCAGTGTGGGGAAAACATCTTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100069 GTTCAAATTACTCATCATCGGCAATAGCAGTGTGGGGAAAACATCTTTTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    140 TATTCCGTTATGCAGATGACTCCTTTACATCTGCATTCGTCAGCACAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100119 TATTCCGTTATGCAGATGACTCCTTTACATCTGCATTCGTCAGCACAGTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    190 GGGATCGATTTCAAAGTAAAAACTGTATTCAAAAATGAAAAGAGAATCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100169 GGGATCGATTTCAAAGTAAAAACTGTATTCAAAAATGAAAAGAGAATCAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    240 GCTTCAGATTTGG         GACACAGCAGGCCAGGAAAGATACAGGA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 100219 GCTTCAGATTTGGGTA...TAGGACACAGCAGGCCAGGAAAGATACAGGA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    281 CTATCACCACAGCCTATTATCGTGGAGCCATGGGCTTTATTTTAATGTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 208391 CTATCACCACAGCCTATTATCGTGGAGCCATGGGCTTTATTTTAATGTAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    331 GACATTACAAATGAAGAATCCTTCAATGCAGTACAAGATTG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 208441 GACATTACAAATGAAGAATCCTTCAATGCAGTACAAGATTGGTA...TAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    372 GTCAACTCAAATCAAAACATACTCTTGGGACAATGCCCAAGTTATTCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 307399 GTCAACTCAAATCAAAACATACTCTTGGGACAATGCCCAAGTTATTCTGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    422 TTGGGAACAAGTGTGACATGGAAGACGAGCGGGTCATCTCAACTGAGCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 307449 TTGGGAACAAGTGTGACATGGAAGACGAGCGGGTCATCTCAACTGAGCGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    472 GGTCAACATTTAGGAGAACAGCTTG         GGTTTGAGTTTTTTGA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 307499 GGTCAACATTTAGGAGAACAGCTTGGTA...CAGGGTTTGAGTTTTTTGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    513 AACAAGTGCCAAGGACAACATTAATGTCAAGCAGACATTTGAGCGCCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 333541 AACAAGTGCCAAGGACAACATTAATGTCAAGCAGACATTTGAGCGCCTTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    563 TGGATATCATCTGCGACAAAATGTCAGAGAGTTTGGAGACTGATCCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 333591 TGGATATCATCTGCGACAAAATGTCAGAGAGTTTGGAGACTGATCCTGCC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    613 ATCACTGCTGCAAAGCAGAACACGAGACTCAAGGAAACTCCTCCTCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 333641 ATCACTGCTGCAAAGCAGAACACGAGACTCAAGGAAACTCCTCCTCCACC

    700     .    :    .
    663 GCAGCCCAACTGTGCCTGC
        |||||||||||||||||||
 333691 GCAGCCCAACTGTGCCTGC