seq1 = pF1KE3061.tfa, 648 bp
seq2 = pF1KE3061/gi568815594r_17703494.tfa (gi568815594r:17703494_17904141), 200648 bp

>pF1KE3061 648
>gi568815594r:17703494_17904141 (Chr4)

(complement)

1-648  (100001-100648)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGTCCTAGAAATCCCTCTCCTGACCACTTGTCAGAATCAGAAAGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGTCCTAGAAATCCCTCTCCTGACCACTTGTCAGAATCAGAAAGTGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGAAGAAGAAAATATTAGTTACCTAAATGAGAGTTCTGGGGAAGAGTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGAAGAAGAAAATATTAGTTACCTAAATGAGAGTTCTGGGGAAGAGTGGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ATTCCTCTGAAGAAGAGGACTCTATGGTGCCCAACTTATCGCCTCTTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ATTCCTCTGAAGAAGAGGACTCTATGGTGCCCAACTTATCGCCTCTTGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AGTCTTGCCTGGCAGGTTAAGTGCCTTTTAAAATATTCCACAACTTGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AGTCTTGCCTGGCAGGTTAAGTGCCTTTTAAAATATTCCACAACTTGGAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 ACCTTTAAATCCTAATTCCTGGTTGTATCATGCTAAACTGTTGGATCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 ACCTTTAAATCCTAATTCCTGGTTGTATCATGCTAAACTGTTGGATCCAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GCACACCAGTCCATATACTTCGAGAGATAGGTCTAAGACTCTCCCATTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GCACACCAGTCCATATACTTCGAGAGATAGGTCTAAGACTCTCCCATTGT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 TCCCATTGTGTCCCCAAACTGGAACCAATTCCTGAATGGCCCCCTCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 TCCCATTGTGTCCCCAAACTGGAACCAATTCCTGAATGGCCCCCTCTGGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CTCTTGTGGAGTCCCACCTTTTCAAAAGCCTCTTATAAGTCCCAGCCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
 100351 CTCTTGTGGAGTCCCACCTTTTCAAAAGCCTCTTACAAGTCCCAGCCGGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TCTCTAGAGATCATGCCACTCTAAATGGAGCACTGCAATTTGCCACCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TCTCTAGAGATCATGCCACTCTAAATGGAGCACTGCAATTTGCCACCAAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 CAGCTAAGCCGAACATTGAGTAGAGCCACTCCCATACCTGAATACCTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 CAGCTAAGCCGAACATTGAGTAGAGCCACTCCCATACCTGAATACCTAAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 ACAGATCCCTAATTCATGTGTTTCTGGGTGTTGCTGTGGCTGGCTGACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 ACAGATCCCTAATTCATGTGTTTCTGGGTGTTGCTGTGGCTGGCTGACTA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 AAACAGTTAAGGAAACAACTCGTACTGAACCCATCAACACTACTTATTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 AAACAGTTAAGGAAACAACTCGTACTGAACCCATCAACACTACTTATTCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .
    601 TACACTGACTTCCAAAAGGCAGTTAACAAACTCCTAACTGCATCACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 TACACTGACTTCCAAAAGGCAGTTAACAAACTCCTAACTGCATCACTG