seq1 = pF1KE3060.tfa, 642 bp
seq2 = pF1KE3060/gi568815585r_20629083.tfa (gi568815585r:20629083_20857598), 228516 bp

>pF1KE3060 642
>gi568815585r:20629083_20857598 (Chr13)

(complement)

1-144  (100001-100144)   100% ->
145-227  (119794-119876)   100% ->
228-508  (125478-125758)   100% ->
509-642  (128383-128516)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGTGATTTGGAAGATGATGAGACACCCCAGCTTTCTGCCCATGCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGTGATTTGGAAGATGATGAGACACCCCAGCTTTCTGCCCATGCCTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGCAGCTCTCCAGGAATTTTATGCTGAGCAAAAGCAACAAATTGAGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGCAGCTCTCCAGGAATTTTATGCTGAGCAAAAGCAACAAATTGAGCCAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCGAGGATGATAAATATAACATTGGAATAATAGAAGAGAATTGG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 100101 GCGAGGATGATAAATATAACATTGGAATAATAGAAGAGAATTGGGTA...

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    145    CAACTGAGCCAGTTTTGGTATAGTCAGGAAACTGCTCTGCAGCTGGC
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119791 CAGCAACTGAGCCAGTTTTGGTATAGTCAGGAAACTGCTCTGCAGCTGGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 ACAGGAGGCAATTGCAGCTGTAGGAGAAGGTGGCAG         AATCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 119841 ACAGGAGGCAATTGCAGCTGTAGGAGAAGGTGGCAGGTG...TAGAATCG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CATGTGTGAGTGCCCCTAGTGTTTACCAGAAACTCAGAGAGCTGTGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125483 CATGTGTGAGTGCCCCTAGTGTTTACCAGAAACTCAGAGAGCTGTGCAGA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GAAAACTTTTCGATATACATCTTTGAATATGACAAAAGATTTGCCATGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125533 GAAAACTTTTCGATATACATCTTTGAATATGACAAAAGATTTGCCATGTA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TGGAGAGGAGTTTATTTTCTATGATTACAATAATCCATTGGACTTACCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125583 TGGAGAGGAGTTTATTTTCTATGATTACAATAATCCATTGGACTTACCCG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AAAGAATTGCTGCACATAGTTTTGACATCGTAATAGCAGATCCTCCCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125633 AAAGAATTGCTGCACATAGTTTTGACATCGTAATAGCAGATCCTCCCTAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CTTTCGGAGGAATGTCTCAGAAAAACATCGGAAACCGTCAAGTACCTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125683 CTTTCGGAGGAATGTCTCAGAAAAACATCGGAAACCGTCAAGTACCTGAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GCGGGGCAAGATTCTGCTGTGCACAG         GTGCCATCATGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 125733 GCGGGGCAAGATTCTGCTGTGCACAGGTA...CAGGTGCCATCATGGAAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 AACAGGCAGCAGAACTCCTTGGAGTGAAGATGTGCACGTTTGTTCCAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128398 AACAGGCAGCAGAACTCCTTGGAGTGAAGATGTGCACGTTTGTTCCAAGA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 CACACCCGGAACTTGGCAAATGAGTTTCGCTGTTATGTGAATTATGATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128448 CACACCCGGAACTTGGCAAATGAGTTTCGCTGTTATGTGAATTATGATTC

    650     .    :    .
    624 TGGGCTGGACTGTGGGATC
        |||||||||||||||||||
 128498 TGGGCTGGACTGTGGGATC