seq1 = pF1KE3059.tfa, 639 bp
seq2 = pF1KE3059/gi568815579f_40680018.tfa (gi568815579f:40680018_40886960), 206943 bp

>pF1KE3059 639
>gi568815579f:40680018_40886960 (Chr19)

1-16  (98359-98374)   100% ->
17-97  (100002-100082)   100% ->
98-212  (100368-100482)   100% ->
213-275  (103761-103823)   100% ->
276-430  (103904-104058)   100% ->
431-526  (106648-106743)   98% ->
527-639  (106831-106943)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTGAGACCTACG         ACTTCCTCTTCAAATTCCTGGTGAT
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
  98359 ATGGCTGAGACCTACGGTG...CAGACTTCCTCTTCAAATTCCTGGTGAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 TGGCAGTGCAGGAACTGGCAAATCATGTCTCCTTCATCAGTTCATTGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100027 TGGCAGTGCAGGAACTGGCAAATCATGTCTCCTTCATCAGTTCATTGAGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ATAAGT         TCAAACAGGACTCCAACCACACAATCGGCGTGGAG
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100077 ATAAGTGTG...CAGTCAAACAGGACTCCAACCACACAATCGGCGTGGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 TTTGGATCCCGGGTGGTCAACGTGGGTGGGAAGACTGTGAAGCTACAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100403 TTTGGATCCCGGGTGGTCAACGTGGGTGGGAAGACTGTGAAGCTACAGAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TTGGGACACGGCTGGCCAGGAGCGGTTTCG         GTCAGTGACGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 100453 TTGGGACACGGCTGGCCAGGAGCGGTTTCGGTA...CAGGTCAGTGACGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 GGAGTTATTACCGAGGGGCGGCTGGAGCCCTGCTGGTGTACGACATCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103772 GGAGTTATTACCGAGGGGCGGCTGGAGCCCTGCTGGTGTACGACATCACC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 AG         CCGGGAGACATACAACTCACTGGCTGCCTGGCTGACGGA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103822 AGGTG...CAGCCGGGAGACATACAACTCACTGGCTGCCTGGCTGACGGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 TGCCCGCACCCTGGCCAGCCCCAACATCGTGGTCATCCTCTGTGGCAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103943 TGCCCGCACCCTGGCCAGCCCCAACATCGTGGTCATCCTCTGTGGCAACA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 AGAAGGACCTGGACCCTGAGCGGGAGGTCACTTTCCTGGAGGCCTCCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103993 AGAAGGACCTGGACCCTGAGCGGGAGGTCACTTTCCTGGAGGCCTCCCGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 TTTGCCCAGGAGAATG         AGCTGATGTTCCTGGAGACCAGCGC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 104043 TTTGCCCAGGAGAATGGTG...CAGAGCTGATGTTCCTGGAGACCAGCGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 TCTCACTGGCGAGAACGTGGAGGAGGCGTTCCTCAAGTGTGCCCGCACTA
        |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106673 TCTCACAGGCGAGAACGTGGAGGAGGCGTTCCTCAAGTGTGCCCGCACTA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 TCCTCAACAAGATTGACTCAG         GCGAGCTAGACCCGGAGAGG
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 106723 TCCTCAACAAGATTGACTCAGGTG...CAGGCGAGCTAGACCCGGAGAGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 ATGGGCTCTGGCATTCAGTACGGGGATGCGTCCCTCCGCCAGCTTCGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106851 ATGGGCTCTGGCATTCAGTACGGGGATGCGTCCCTCCGCCAGCTTCGGCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :
    597 GCCTCGGAGTGCCCAGGCCGTGGCCCCTCAGCCGTGTGGCTGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106901 GCCTCGGAGTGCCCAGGCCGTGGCCCCTCAGCCGTGTGGCTGC