seq1 = pF1KE3056.tfa, 636 bp
seq2 = pF1KE3056/gi568815593r_138015684.tfa (gi568815593r:138015684_138238780), 223097 bp

>pF1KE3056 636
>gi568815593r:138015684_138238780 (Chr5)

(complement)

1-129  (100001-100129)   100% ->
130-335  (109313-109518)   100% ->
336-436  (110202-110302)   100% ->
437-555  (119845-119963)   100% ->
556-636  (123017-123097)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGATATCAATGCCTCCACCTCAGATATATGTAGAAAAAACTCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGATATCAATGCCTCCACCTCAGATATATGTAGAAAAAACTCTGGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CATTATCAAACCAGATATTGTTGACAAAGAGGAGGAGATACAAGATATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CATTATCAAACCAGATATTGTTGACAAAGAGGAGGAGATACAAGATATTA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TTCTTAGATCCGGATTCACCATTGTTCAG         AGAAGAAAACTA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 100101 TTCTTAGATCCGGATTCACCATTGTTCAGGTA...TAGAGAAGAAAACTA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CGCCTCAGCCCTGAGCAATGTAGTAACTTTTATGTGGAAAAGTATGGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109325 CGCCTCAGCCCTGAGCAATGTAGTAACTTTTATGTGGAAAAGTATGGAAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AATGTTTTTCCCCAACTTAACAGCTTACATGAGTTCTGGACCACTTGTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109375 AATGTTTTTCCCCAACTTAACAGCTTACATGAGTTCTGGACCACTTGTCG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CCATGATATTAGCTAGACATAAAGCCATCTCTTATTGGTTAGAACTTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109425 CCATGATATTAGCTAGACATAAAGCCATCTCTTATTGGTTAGAACTTTTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GGACCAAATAATAGCTTAGTAGCGAAGGAGACACATCCAGACAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 109475 GGACCAAATAATAGCTTAGTAGCGAAGGAGACACATCCAGACAGGTA...

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    336    TCTGAGGGCAATTTATGGCACAGATGACCTAAGGAATGCACTTCATG
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110199 TAGTCTGAGGGCAATTTATGGCACAGATGACCTAAGGAATGCACTTCATG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GGAGTAATGACTTTGCTGCTGCGGAAAGAGAAATACGTTTTATGTTTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110249 GGAGTAATGACTTTGCTGCTGCGGAAAGAGAAATACGTTTTATGTTTCCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GAAG         TGATTGTTGAGCCCATTCCAATTGGACAAGCTGCTAA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110299 GAAGGTG...CAGTGATTGTTGAGCCCATTCCAATTGGACAAGCTGCTAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GGACTATTTAAATTTACATATAATGCCAACTCTGCTTGAAGGACTCACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119882 GGACTATTTAAATTTACATATAATGCCAACTCTGCTTGAAGGACTCACAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 AGCTTTGTAAGCAAAAACCAGCAGATCCTTTG         ATTTGGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 119932 AGCTTTGTAAGCAAAAACCAGCAGATCCTTTGGTA...TAGATTTGGCTA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GCTGATTGGCTGCTGAAAAATAATCCTAACAAACCCAAACTTTGTCACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123026 GCTGATTGGCTGCTGAAAAATAATCCTAACAAACCCAAACTTTGTCACCA

    650     .    :    .    :
    615 TCCAATTGTAGAAGAACCTTAT
        ||||||||||||||||||||||
 123076 TCCAATTGTAGAAGAACCTTAT