seq1 = pF1KE3054.tfa, 621 bp
seq2 = pF1KE3054/gi568815587f_118204953.tfa (gi568815587f:118204953_118415539), 210587 bp

>pF1KE3054 621
>gi568815587f:118204953_118415539 (Chr11)

1-49  (100001-100049)   100% ->
50-70  (102336-102356)   100% ->
71-85  (103475-103489)   100% ->
86-103  (107201-107218)   100% ->
104-352  (107666-107914)   100% ->
353-520  (108755-108922)   99% ->
521-567  (109496-109542)   100% ->
568-621  (110534-110587)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCAGTCGGGCACTCACTGGAGAGTTCTGGGCCTCTGCCTCTTATCAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 100001 ATGCAGTCGGGCACTCACTGGAGAGTTCTGGGCCTCTGCCTCTTATCAGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     50         TTGGCGTTTGGGGGCAAGATG         GTAATGAAGAAA
        >>...>>>|||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 100051 TG...TAGTTGGCGTTTGGGGGCAAGATGGTG...CAGGTAATGAAGAAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     83 TGG         GTGGTATTACACAGACAC         CATATAAAGTC
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 103487 TGGGTA...CAGGTGGTATTACACAGACACGTG...CAGCATATAAAGTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    115 TCCATCTCTGGAACCACAGTAATATTGACATGCCCTCAGTATCCTGGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107677 TCCATCTCTGGAACCACAGTAATATTGACATGCCCTCAGTATCCTGGATC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    165 TGAAATACTATGGCAACACAATGATAAAAACATAGGCGGTGATGAGGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107727 TGAAATACTATGGCAACACAATGATAAAAACATAGGCGGTGATGAGGATG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    215 ATAAAAACATAGGCAGTGATGAGGATCACCTGTCACTGAAGGAATTTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107777 ATAAAAACATAGGCAGTGATGAGGATCACCTGTCACTGAAGGAATTTTCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    265 GAATTGGAGCAAAGTGGTTATTATGTCTGCTACCCCAGAGGAAGCAAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107827 GAATTGGAGCAAAGTGGTTATTATGTCTGCTACCCCAGAGGAAGCAAACC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 AGAAGATGCGAACTTTTATCTCTACCTGAGGGCAAGAG         TGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 107877 AGAAGATGCGAACTTTTATCTCTACCTGAGGGCAAGAGGTA...CAGTGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    356 GTGAGAACTGCATGGAGATGGATGTGATGTCGGTGGCCACAATTGTCATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108758 GTGAGAACTGCATGGAGATGGATGTGATGTCGGTGGCCACAATTGTCATA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 GTGGACATCTGCATTACTGGGGGCTTGCTGCTGCTGGTTTACTACTGGAG
        |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108808 GTGGACATCTGCATCACTGGGGGCTTGCTGCTGCTGGTTTACTACTGGAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 CAAGAATAGAAAGGCCAAGGCCAAGCCTGTGACACGAGGAGCGGGTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108858 CAAGAATAGAAAGGCCAAGGCCAAGCCTGTGACACGAGGAGCGGGTGCTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 GCGGCAGGCAAAGGG         GACAAAACAAGGAGAGGCCACCACCT
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 108908 GCGGCAGGCAAAGGGGTA...CAGGACAAAACAAGGAGAGGCCACCACCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 GTTCCCAACCCAGACTATGAG         CCCATCCGGAAAGGCCAGCG
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 109522 GTTCCCAACCCAGACTATGAGGTA...CAGCCCATCCGGAAAGGCCAGCG

    650     .    :    .    :    .    :
    588 GGACCTGTATTCTGGCCTGAATCAGAGACGCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110554 GGACCTGTATTCTGGCCTGAATCAGAGACGCATC