seq1 = pF1KE3051.tfa, 579 bp
seq2 = pF1KE3051/gi568815595f_23707270.tfa (gi568815595f:23707270_23990603), 283334 bp

>pF1KE3051 579
>gi568815595f:23707270_23990603 (Chr3)

1-152  (100001-100152)   100% ->
153-203  (104191-104241)   100% ->
204-336  (180298-180430)   100% ->
337-484  (181843-181990)   100% ->
485-579  (183240-183334)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCGGATGACGATTCGAGGGCCAGCACCAGCTCCTCCTCATCTTCGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCGGATGACGATTCGAGGGCCAGCACCAGCTCCTCCTCATCTTCGTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TTCCAACCAGCAAACCGAGAAAGAAACAAACACCCCCAAGAAGAAGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TTCCAACCAGCAAACCGAGAAAGAAACAAACACCCCCAAGAAGAAGGAGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GTAAAGTCAGCATGAGCAAAAACTCCAAACTCCTCTCCACCAGCGCCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GTAAAGTCAGCATGAGCAAAAACTCCAAACTCCTCTCCACCAGCGCCAAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AG         AATTCAGAAGGAGCTGGCGGACATCACTTTAGACCCTCC
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AGGTA...CAGAATTCAGAAGGAGCTGGCGGACATCACTTTAGACCCTCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 ACCTAATTGCAG         TGCTGGTCCCAAAGGCGATAACATCTATG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 104230 ACCTAATTGCAGGTG...CAGTGCTGGTCCCAAAGGCGATAACATCTATG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AATGGAGATCAACCATTCTAGGGCCTCCAGGATCCGTGTATGAGGGTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 180327 AATGGAGATCAACCATTCTAGGGCCTCCAGGATCCGTGTATGAGGGTGGT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GTATTCTTTCTCGATATCACTTTTACACCAGAATATCCCTTCAAGCCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 180377 GTATTCTTTCTCGATATCACTTTTACACCAGAATATCCCTTCAAGCCTCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 AAAG         GTTACATTTCGGACAAGAATCTATCATTGTAATATTA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 180427 AAAGGTA...TAGGTTACATTTCGGACAAGAATCTATCATTGTAATATTA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 ACAGTCAAGGTGTTATTTGCTTGGACATATTGAAAGATAATTGGAGTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181880 ACAGTCAAGGTGTTATTTGCTTGGACATATTGAAAGATAATTGGAGTCCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GCACTAACCATTTCTAAAGTCCTCCTTTCTATCTGCTCACTTCTTACAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181930 GCACTAACCATTTCTAAAGTCCTCCTTTCTATCTGCTCACTTCTTACAGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CTGTAATCCTG         CCGACCCCTTGGTGGGAAGTATTGCCACTC
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 181980 CTGTAATCCTGGTA...CAGCCGACCCCTTGGTGGGAAGTATTGCCACTC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 AGTATATGACCAACAGAGCAGAACATGACAGAATGGCCAGACAGTGGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 183270 AGTATATGACCAACAGAGCAGAACATGACAGAATGGCCAGACAGTGGACC

    600     .    :    .
    565 AAGAGATACGCTACA
        |||||||||||||||
 183320 AAGAGATACGCTACA