seq1 = pF1KE3047.tfa, 555 bp
seq2 = pF1KE3047/gi568815591r_101215137.tfa (gi568815591r:101215137_101421709), 206573 bp

>pF1KE3047 555
>gi568815591r:101215137_101421709 (Chr7)

(complement)

1-39  (100001-100039)   100% ->
40-116  (102678-102754)   100% ->
117-206  (103497-103586)   100% ->
207-409  (105168-105370)   100% ->
410-555  (106428-106573)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTGAAAGCCAAGATCCTCTTCGTGGGGCCTTGCGAG         AG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 100001 ATGCTGAAAGCCAAGATCCTCTTCGTGGGGCCTTGCGAGGTA...CAGAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 TGGAAAAACTGTTTTGGCCAACTTTCTGACAGAATCTTCTGACATCACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102680 TGGAAAAACTGTTTTGGCCAACTTTCTGACAGAATCTTCTGACATCACTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AATACAGCCCAACCCAAGGAGTGAG         GATCCTAGAATTTGAG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 102730 AATACAGCCCAACCCAAGGAGTGAGGTG...TAGGATCCTAGAATTTGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 AACCCGCATGTTACCAGCAACAACAAAGGCACGGGCTGTGAATTCGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103513 AACCCGCATGTTACCAGCAACAACAAAGGCACGGGCTGTGAATTCGAGCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 ATGGGACTGTGGTGGCGATGCTAA         GTTTGAGTCCTGCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 103563 ATGGGACTGTGGTGGCGATGCTAAGTA...CAGGTTTGAGTCCTGCTGGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 CGGCCCTGATGAAGGATGCTCATGGAGTGGTGATCGTCTTCAATGCTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105185 CGGCCCTGATGAAGGATGCTCATGGAGTGGTGATCGTCTTCAATGCTGAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 ATCCCAAGCCACCGGAAGGAAATGGAGATGTGGTATTCCTGCTTTGTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105235 ATCCCAAGCCACCGGAAGGAAATGGAGATGTGGTATTCCTGCTTTGTCCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 ACAGCCGTCCTTACAGGACACACAGTGTATGCTAATTGCACACCACAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105285 ACAGCCGTCCTTACAGGACACACAGTGTATGCTAATTGCACACCACAAAC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CAGGCTCTGGAGATGATAAAGGAAGCCTGTCTTTGT         CGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 105335 CAGGCTCTGGAGATGATAAAGGAAGCCTGTCTTTGTGTA...AAGCGCCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 CCCTTGAACAAGCTGAAGCTGGTGCACTCAAACCTGGAAGATGACCCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106433 CCCTTGAACAAGCTGAAGCTGGTGCACTCAAACCTGGAAGATGACCCTGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GGAGATCCGGATGGAATTCATAAAGTATTTAAAAAGCATAATCAACTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106483 GGAGATCCGGATGGAATTCATAAAGTATTTAAAAAGCATAATCAACTCCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TGTCTGAGAGCAGAGACAGGGAGGAGATGTCAATTATGACC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106533 TGTCTGAGAGCAGAGACAGGGAGGAGATGTCAATTATGACC