seq1 = pF1KE3046.tfa, 555 bp
seq2 = pF1KE3046/gi568815596f_237873108.tfa (gi568815596f:237873108_238141335), 268228 bp

>pF1KE3046 555
>gi568815596f:237873108_238141335 (Chr2)

1-118  (100001-100118)   100% ->
119-148  (114856-114885)   100% ->
149-214  (121637-121702)   100% ->
215-282  (143459-143526)   100% ->
283-353  (152235-152305)   100% ->
354-411  (157449-157506)   100% ->
412-444  (159115-159147)   100% ->
445-507  (162771-162833)   100% ->
508-555  (168181-168228)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTAACGCTAGCAAGTAAACTGAAGCGTGACGATGGTCTCAAAGGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCTAACGCTAGCAAGTAAACTGAAGCGTGACGATGGTCTCAAAGGGTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCGGACGGCAGCCACAGCGTCCGACTCGACTCGGAGGGTTTCTGTGAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCGGACGGCAGCCACAGCGTCCGACTCGACTCGGAGGGTTTCTGTGAGAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACAAATTGCTTGTTAAAG         AGGTTGCAGAACTTGAAGCTAAT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 100101 ACAAATTGCTTGTTAAAGGTA...CAGAGGTTGCAGAACTTGAAGCTAAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TTACCTT         GTACATGTAAAGTGCATTTTCCTGATCCAAACAA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114879 TTACCTTGTA...CAGGTACATGTAAAGTGCATTTTCCTGATCCAAACAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GCTTCATTGTTTTCAGCTAACAGTAACCCCAG         ATGAGGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 121671 GCTTCATTGTTTTCAGCTAACAGTAACCCCAGGTA...TAGATGAGGGTT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 ACTACCAGGGTGGAAAATTTCAGTTTGAAACTGAAGTTCCCGATGCGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143468 ACTACCAGGGTGGAAAATTTCAGTTTGAAACTGAAGTTCCCGATGCGTAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 AACATGGTG         CCTCCCAAAGTGAAATGCCTGACCAAGATCTG
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 143518 AACATGGTGGTG...CAGCCTCCCAAAGTGAAATGCCTGACCAAGATCTG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 GCACCCCAACATCACAGAGACAGGGGAAATATGTCTGAG         TT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 152267 GCACCCCAACATCACAGAGACAGGGGAAATATGTCTGAGGTG...CAGTT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    356 TATTGAGAGAACATTCAATTGATGGCACTGGCTGGGCTCCCACAAGAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157451 TATTGAGAGAACATTCAATTGATGGCACTGGCTGGGCTCCCACAAGAACA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 TTAAAG         GATGTCGTTTGGGGATTAAACTCTTTGTTTACT  
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 157501 TTAAAGGTA...CAGGATGTCGTTTGGGGATTAAACTCTTTGTTTACTGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    445        GATCTTTTGAATTTTGATGATCCACTGAATATTGAAGCTGCAG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159150 A...AAGGATCTTTTGAATTTTGATGATCCACTGAATATTGAAGCTGCAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    488 AACATCATTTGCGGGACAAG         GAGGACTTCCGGAATAAAGTG
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 162814 AACATCATTTGCGGGACAAGGTG...CAGGAGGACTTCCGGAATAAAGTG

    600     .    :    .    :    .
    529 GATGACTACATCAAACGTTATGCCAGA
        |||||||||||||||||||||||||||
 168202 GATGACTACATCAAACGTTATGCCAGA