seq1 = pF1KE3044.tfa, 549 bp
seq2 = pF1KE3044/gi568815575r_132114171.tfa (gi568815575r:132114171_132317268), 203098 bp

>pF1KE3044 549
>gi568815575r:132114171_132317268 (ChrX)

(complement)

1-273  (100001-100273)   100% ->
274-549  (102823-103098)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGGGAATACAAGGTAGTGGTGTTAGGGAGTGGAGGGGTTGGCAAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGGGAATACAAGGTAGTGGTGTTAGGGAGTGGAGGGGTTGGCAAATC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGCCCTTACTGTGCAGTTTGTCACTGGGACTTTCATTGAGAAATATGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGCCCTTACTGTGCAGTTTGTCACTGGGACTTTCATTGAGAAATATGACC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCACCATTGAAGATTTCTACCGCAAAGAGATCGAAGTGGACTCTTCCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CCACCATTGAAGATTTCTACCGCAAAGAGATCGAAGTGGACTCTTCCCCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TCCGTGCTGGAAATTCTGGACACCGCAGGAACTGAGCAGTTTGCCTCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TCCGTGCTGGAAATTCTGGACACCGCAGGAACTGAGCAGTTTGCCTCCAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GAGAGATCTCTACATCAAAAACGGCCAAGGTTTCATCCTGGTTTATAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GAGAGATCTCTACATCAAAAACGGCCAAGGTTTCATCCTGGTTTATAGCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TGGTTAATCAACAGTCTTTTCAG         GATATCAAGCCAATGAGA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 100251 TGGTTAATCAACAGTCTTTTCAGGTA...TAGGATATCAAGCCAATGAGA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GATCAAATTGTCAGAGTGAAGAGATATGAAAAAGTCCCACTAATCCTAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102841 GATCAAATTGTCAGAGTGAAGAGATATGAAAAAGTCCCACTAATCCTAGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 AGGAAATAAAGTGGATCTGGAACCAGAAAGAGAGGTTATGTCTTCAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102891 AGGAAATAAAGTGGATCTGGAACCAGAAAGAGAGGTTATGTCTTCAGAAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 GCAGAGCTCTGGCTCAAGAATGGGGCTGTCCTTTCATGGAGACATCGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102941 GCAGAGCTCTGGCTCAAGAATGGGGCTGTCCTTTCATGGAGACATCGGCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 AAAAGTAAATCAATGGTGGATGAACTTTTTGCTGAGATCGTCAGGCAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102991 AAAAGTAAATCAATGGTGGATGAACTTTTTGCTGAGATCGTCAGGCAAAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 GAACTATTCATCCCTGCCGGAGAAGCAAGATCAGTGTTGTACAACTTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103041 GAACTATTCATCCCTGCCGGAGAAGCAAGATCAGTGTTGTACAACTTGTG

    550     .
    542 TCGTCCAG
        ||||||||
 103091 TCGTCCAG