seq1 = pF1KE3043.tfa, 549 bp
seq2 = pF1KE3043/gi568815595r_32383963.tfa (gi568815595r:32383963_32602745), 218783 bp

>pF1KE3043 549
>gi568815595r:32383963_32602745 (Chr3)

(complement)

1-138  (100001-100138)   100% ->
139-315  (110860-111036)   100% ->
316-414  (114710-114808)   100% ->
415-549  (118649-118783)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGAACGGAGCGGTGTACAGCCCCACTACGGAGGAGGACCCGGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGAACGGAGCGGTGTACAGCCCCACTACGGAGGAGGACCCGGGCCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGCCAGAGGCCCCCGGAGCGGCCTCGCTGCCTACTTTTTCATGGGCCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGCCAGAGGCCCCCGGAGCGGCCTCGCTGCCTACTTTTTCATGGGCCGGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCCCATTGCTCCGGCGCGTTCTCAAGGGCTTGCAGCTG         TTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 100101 TCCCATTGCTCCGGCGCGTTCTCAAGGGCTTGCAGCTGGTG...TAGTTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CTGTCTCTGCTGGCCTTCATCTGTGAAGAAGTTGTATCACAATGTACTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110863 CTGTCTCTGCTGGCCTTCATCTGTGAAGAAGTTGTATCACAATGTACTTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 ATGTGGAGGACTTTATTTTTTTGAGTTTGTAAGCTGCAGTGCCTTTCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110913 ATGTGGAGGACTTTATTTTTTTGAGTTTGTAAGCTGCAGTGCCTTTCTTC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TGAGTCTCCTTATACTGATTGTGTATTGCACTCCATTTTATGAGAGAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110963 TGAGTCTCCTTATACTGATTGTGTATTGCACTCCATTTTATGAGAGAGTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GATACCACAAAAGTAAAATCATCG         GATTTTTATATTACTTT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 111013 GATACCACAAAAGTAAAATCATCGGTA...TAGGATTTTTATATTACTTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GGGAACAGGATGTGTGTTTTTGTTGGCATCCATCATTTTTGTTTCCACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114727 GGGAACAGGATGTGTGTTTTTGTTGGCATCCATCATTTTTGTTTCCACAC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 ATGACAGGACTTCAGCTGAGATTGCTGCAATT         GTGTTTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 114777 ATGACAGGACTTCAGCTGAGATTGCTGCAATTGTA...CAGGTGTTTGGA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TTTATAGCAAGTTTTATGTTCCTACTTGACTTTATCACTATGCTGTATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118658 TTTATAGCAAGTTTTATGTTCCTACTTGACTTTATCACTATGCTGTATGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 AAAACGACAGGAGTCCCAGCTGAGAAAACCTGAAAATACCACTAGGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118708 AAAACGACAGGAGTCCCAGCTGAGAAAACCTGAAAATACCACTAGGGCTG

    550     .    :    .    :    .
    524 AAGCCCTCACTGAGCCACTTAATGCC
        ||||||||||||||||||||||||||
 118758 AAGCCCTCACTGAGCCACTTAATGCC