seq1 = pF1KE3041.tfa, 534 bp
seq2 = pF1KE3041/gi568815597r_41379412.tfa (gi568815597r:41379412_41584601), 205190 bp

>pF1KE3041 534
>gi568815597r:41379412_41584601 (Chr1)

(complement)

1-64  (100001-100064)   100% ->
65-221  (100399-100555)   100% ->
222-344  (102014-102136)   100% ->
345-443  (103409-103507)   100% ->
444-534  (105100-105190)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTCTCCGTGCCTACCACCTGGTGCTCCGTTGCGCTAGCCCTGCTCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGTCTCCGTGCCTACCACCTGGTGCTCCGTTGCGCTAGCCCTGCTCGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGCCCTGCATGAAG         GGAAGGGCCAGGCTGCTGCCACCCTGG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGCCCTGCATGAAGGTG...CAGGGAAGGGCCAGGCTGCTGCCACCCTGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AGCAGCCAGCGTCCTCATCTCATGCCCAAGGCACCCACCTTCGGCTTCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100426 AGCAGCCAGCGTCCTCATCTCATGCCCAAGGCACCCACCTTCGGCTTCGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CGTTGCTCCTGCAGCTCCTGGCTCGACAAGGAGTGCGTCTACTTCTGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100476 CGTTGCTCCTGCAGCTCCTGGCTCGACAAGGAGTGCGTCTACTTCTGCCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CTTGGACATCATCTGGGTGAACACTCCTGA         ACAGACAGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 100526 CTTGGACATCATCTGGGTGAACACTCCTGAGTG...CAGACAGACAGCTC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CTTACGGCCTGGGAAACCCGCCAAGACGCCGGCGCCGCTCCCTGCCAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102025 CTTACGGCCTGGGAAACCCGCCAAGACGCCGGCGCCGCTCCCTGCCAAGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CGCTGTCAGTGCTCCAGTGCCAGGGACCCCGCCTGTGCCACCTTCTGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102075 CGCTGTCAGTGCTCCAGTGCCAGGGACCCCGCCTGTGCCACCTTCTGCCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TCGAAGGCCCTG         GACTGAAGCCGGGGCAGTCCCAAGCCGGA
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 102125 TCGAAGGCCCTGGTA...TAGGACTGAAGCCGGGGCAGTCCCAAGCCGGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AGTCCCCTGCAGACGTGTTCCAGACTGGCAAGACAGGGGCCACTACAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103438 AGTCCCCTGCAGACGTGTTCCAGACTGGCAAGACAGGGGCCACTACAGGA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GAGCTTCTCCAAAGGCTGAG         GGACATTTCCACAGTCAAGAG
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 103488 GAGCTTCTCCAAAGGCTGAGGTG...CAGGGACATTTCCACAGTCAAGAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CCTCTTTGCCAAGCGACAACAGGAGGCCATGCGGGAGCCTCGGTCCACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105121 CCTCTTTGCCAAGCGACAACAGGAGGCCATGCGGGAGCCTCGGTCCACAC

    550     .    :    .    :
    515 ATTCCAGGTGGAGGAAGAGA
        ||||||||||||||||||||
 105171 ATTCCAGGTGGAGGAAGAGA