seq1 = pF1KE3040.tfa, 531 bp
seq2 = pF1KE3040/gi568815581f_51054374.tfa (gi568815581f:51054374_51261842), 207469 bp

>pF1KE3040 531
>gi568815581f:51054374_51261842 (Chr17)

1-71  (100001-100071)   100% ->
72-201  (101278-101407)   100% ->
202-303  (105607-105708)   100% ->
304-416  (106787-106899)   100% ->
417-531  (107355-107469)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTGCTACTGTCTACTTTAGGGATCGTCTTTCAAGGCGAGGGGCCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGTGCTACTGTCTACTTTAGGGATCGTCTTTCAAGGCGAGGGGCCTCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TATCTCAAGCTGTGATACAGG         AACCATGGCCAACTGTGAGC
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 100051 TATCTCAAGCTGTGATACAGGGTA...CAGAACCATGGCCAACTGTGAGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GTACCTTCATTGCGATCAAACCAGATGGGGTCCAGCGGGGTCTTGTGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101298 GTACCTTCATTGCGATCAAACCAGATGGGGTCCAGCGGGGTCTTGTGGGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GAGATTATCAAGCGTTTTGAGCAGAAAGGATTCCGCCTTGTTGGTCTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101348 GAGATTATCAAGCGTTTTGAGCAGAAAGGATTCCGCCTTGTTGGTCTGAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 ATTCATGCAA         GCTTCCGAAGATCTTCTCAAGGAACACTACG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 101398 ATTCATGCAAGTA...TAGGCTTCCGAAGATCTTCTCAAGGAACACTACG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TTGACCTGAAGGACCGTCCATTCTTTGCCGGCCTGGTGAAATACATGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105638 TTGACCTGAAGGACCGTCCATTCTTTGCCGGCCTGGTGAAATACATGCAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TCAGGGCCGGTAGTTGCCATG         GTCTGGGAGGGGCTGAATGT
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 105688 TCAGGGCCGGTAGTTGCCATGGTG...GAGGTCTGGGAGGGGCTGAATGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GGTGAAGACGGGCCGAGTCATGCTCGGGGAGACCAACCCTGCAGACTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106807 GGTGAAGACGGGCCGAGTCATGCTCGGGGAGACCAACCCTGCAGACTCCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AGCCTGGGACCATCCGTGGAGACTTCTGCATACAAGTTGGCAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 106857 AGCCTGGGACCATCCGTGGAGACTTCTGCATACAAGTTGGCAGGTG...C

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    417   GAACATTATACATGGCAGTGATTCTGTGGAGAGTGCAGAGAAGGAGAT
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107353 AGGAACATTATACATGGCAGTGATTCTGTGGAGAGTGCAGAGAAGGAGAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CGGCTTGTGGTTTCACCCTGAGGAACTGGTAGATTACACGAGCTGTGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107403 CGGCTTGTGGTTTCACCCTGAGGAACTGGTAGATTACACGAGCTGTGCTC

    550     .    :    .
    515 AGAACTGGATCTATGAA
        |||||||||||||||||
 107453 AGAACTGGATCTATGAA