seq1 = pF1KE3039.tfa, 525 bp
seq2 = pF1KE3039/gi568815595f_32291907.tfa (gi568815595f:32291907_32552473), 260567 bp

>pF1KE3039 525
>gi568815595f:32291907_32552473 (Chr3)

1-159  (100001-100159)   100% ->
160-333  (149934-150107)   100% ->
334-432  (157548-157646)   100% ->
433-525  (160486-160575)   94%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCGCACGGAGCCGGGCTCGTCCGCACCACGTGCAGCAGCGGCAGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCGCACGGAGCCGGGCTCGTCCGCACCACGTGCAGCAGCGGCAGCGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCTCGGACCCGGGGCCGGCGCGGCCCAGCCCAGCGCGAGCCCCTTGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCTCGGACCCGGGGCCGGCGCGGCCCAGCCCAGCGCGAGCCCCTTGGAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GGCTGCTGGACCTCAGCTACCCCCGCACCCACGCGGCCCTGCTGAAAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GGCTGCTGGACCTCAGCTACCCCCGCACCCACGCGGCCCTGCTGAAAGTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GCGCAAATG         GTCACCCTGCTGATTGCCTTCATCTGTGTGCG
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GCGCAAATGGTA...CAGGTCACCCTGCTGATTGCCTTCATCTGTGTGCG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GAGCTCCCTGTGGACCAACTACAGCGCCTACAGCTACTTTGAAGTGGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149966 GAGCTCCCTGTGGACCAACTACAGCGCCTACAGCTACTTTGAAGTGGTCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CCATTTGCGACTTGATAATGATCCTCGCCTTTTACCTGGTCCACCTCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150016 CCATTTGCGACTTGATAATGATCCTCGCCTTTTACCTGGTCCACCTCTTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CGCTTCTACCGCGTGCTCACCTGTATCAGCTGGCCCCTGTCG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 150066 CGCTTCTACCGCGTGCTCACCTGTATCAGCTGGCCCCTGTCGGTA...CA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    334  GAACTTCTGCACTATTTAATCGGTACCCTGCTCCTCCTCATCGCCTCCA
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157547 GGAACTTCTGCACTATTTAATCGGTACCCTGCTCCTCCTCATCGCCTCCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TTGTGGCAGCTTCCAAGAGTTACAACCAGAGCGGACTGGTAGCCGGAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157597 TTGTGGCAGCTTCCAAGAGTTACAACCAGAGCGGACTGGTAGCCGGAGCG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433          ATCTTTGGTTTCATGGCCACCTTCCTCTGCATGGCAAGCAT
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157647 GTG...CAGATCTTTGGTTTCATGGCCACCTTCCTCTGCATGGCAAGCAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 ATGGCTGTCCTATAAGATCTCGTGTGTAACCCAGTCCACAGATGCAGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||-|| --
 160527 ATGGCTGTCCTATAAGATCTCGTGTGTAACCCAGTCCACAGGTG AGT  

    550 
    524 TC
        ||
 160574 TC