seq1 = pF1KE3038.tfa, 519 bp
seq2 = pF1KE3038/gi568815595f_32138973.tfa (gi568815595f:32138973_32469964), 330992 bp

>pF1KE3038 519
>gi568815595f:32138973_32469964 (Chr3)

1-147  (100001-100147)   99% ->
148-321  (218401-218574)   98% ->
322-438  (228900-229016)   100% ->
439-519  (230912-230992)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGGAGCCGCAGCGCGCCCGCTCGCACACAGTCACCACCACCGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGGAGCCGCAGCGCGCCCGCTCGCACACAGTCACCACCACCGCCAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTCCTTCGCAGAGAACTTCTCCACCAGCAGCAGCAGCTTCGCCTACGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTCCTTCGCAGAGAACTTCTCCACCAGCAGCAGCAGCTTCGCCTACGACC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GGGAGTTCCTCCGCACCCTGCACGGCTTCCTCATCGTGGCCGAGATC   
        ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||>>>
 100101 GGGAGTTCCTCCGCACCCTGCCCGGCTTCCTCATCGTGGCCGAGATCGTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    148       GTTCTGGGGCTGCTGGTATGGACGCTTATTGCTGGAACTGAGTA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 ...CAGGTTCTGGGGCTGCTGGTATGGACGCTTATTGCTGGAACTGAGTA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CTTCCGGGTCCCAGCATTTGGCTGGGTCATGTTTGTAGCTGTATCTTACT
        |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
 218445 CTTCCGGGTCCCCGCATTTGGCTGGGTCATGTTTGTAGCTGTATTTTACT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GGGTCCTCACCGTCTTCTTCCTCATTATCTACATAACAATGACCTACACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 218495 GGGTCCTCACCGTCTTCTTCCTCATTATCTACATAACAATGACCTACACC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 AGGATTCCCCAGGTGCCCTGGACAACAGTG         GGCCTGTGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 218545 AGGATTCCCCAGGTGCCCTGGACAACAGTGGTA...CAGGGCCTGTGCTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TAACGGCAGTGCCTTCGTCTTGTACCTCTCTGCCGCTGTTGTAGATGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 228911 TAACGGCAGTGCCTTCGTCTTGTACCTCTCTGCCGCTGTTGTAGATGCAT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CTTCCGTCTCCCCTGAGAGGGACAGTCACAACTTCAACAGCTGGGCGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 228961 CTTCCGTCTCCCCTGAGAGGGACAGTCACAACTTCAACAGCTGGGCGGCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 TCATCG         TTCTTTGCCTTCCTGGTCACCATCTGCTACGCTGG
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 229011 TCATCGGTG...CAGTTCTTTGCCTTCCTGGTCACCATCTGCTACGCTGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .
    474 AAATACATATTTCAGTTTTATAGCATGGAGATCCAGGACCATACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 230947 AAATACATATTTCAGTTTTATAGCATGGAGATCCAGGACCATACAG