seq1 = pF1KE3032.tfa, 483 bp
seq2 = pF1KE3032/gi568815593f_6348894.tfa (gi568815593f:6348894_6591346), 242453 bp

>pF1KE3032 483
>gi568815593f:6348894_6591346 (Chr5)

1-354  (100001-100354)   100% ->
355-483  (142325-142453)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAGGAGCTGCAGGACATCGCGCGCCTTAGCGACCGCTTCATCTCCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAAGGAGCTGCAGGACATCGCGCGCCTTAGCGACCGCTTCATCTCCGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGAGCTGGTGGACGAGAGCCTGTTCGACTGGAACGTGAAGCTGCACCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGAGCTGGTGGACGAGAGCCTGTTCGACTGGAACGTGAAGCTGCACCAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGGACAAGGACTCGGTGCTGTGGCAGGACATGAAGGAGACCAACACCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGGACAAGGACTCGGTGCTGTGGCAGGACATGAAGGAGACCAACACCGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TTCATCCTGCTCAACCTCACCTTCCCCGACAACTTCCCCTTCTCGCCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TTCATCCTGCTCAACCTCACCTTCCCCGACAACTTCCCCTTCTCGCCGCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CTTCATGCGGGTGCTCAGCCCGCGCCTGGAGAACGGCTACGTGCTGGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CTTCATGCGGGTGCTCAGCCCGCGCCTGGAGAACGGCTACGTGCTGGACG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GCGGCGCCATCTGCATGGAGCTGCTCACGCCGCGCGGCTGGTCCAGCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GCGGCGCCATCTGCATGGAGCTGCTCACGCCGCGCGGCTGGTCCAGCGCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 TACACCGTGGAGGCCGTCATGCGCCAGTTCGCAGCCAGCCTGGTCAAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 TACACCGTGGAGGCCGTCATGCGCCAGTTCGCAGCCAGCCTGGTCAAGGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CCAG         GGACGGATCTGTAGAAAAGCTGGCAAATCAAAAAAGT
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CCAGGTA...CAGGGACGGATCTGTAGAAAAGCTGGCAAATCAAAAAAGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 CCTTCAGTCGCAAGGAAGCTGAAGCTACCTTTAAGAGTTTGGTGAAGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142362 CCTTCAGTCGCAAGGAAGCTGAAGCTACCTTTAAGAGTTTGGTGAAGACG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :
    442 CATGAAAAATATGGTTGGGTCACCCCGCCCGTGTCCGACGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142412 CATGAAAAATATGGTTGGGTCACCCCGCCCGTGTCCGACGGC