seq1 = pF1KE3029.tfa, 459 bp
seq2 = pF1KE3029/gi568815596f_100370489.tfa (gi568815596f:100370489_100582312), 211824 bp

>pF1KE3029 459
>gi568815596f:100370489_100582312 (Chr2)

1-76  (100001-100076)   100% ->
77-132  (102307-102362)   100% ->
133-183  (103001-103051)   100% ->
184-207  (106756-106779)   100% ->
208-261  (106873-106926)   100% ->
262-336  (108865-108939)   100% ->
337-372  (110008-110043)   100% ->
373-414  (110638-110679)   100% ->
415-456  (111789-111827)   92%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAACATCTTCGTCCCCAGTTCCCTCTCATCTTGGCCATCTACTGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAAACATCTTCGTCCCCAGTTCCCTCTCATCTTGGCCATCTACTGCTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTGCATGCTACAGATTCCCTCCTCAG         GATTTCCTCAACCTT
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 100051 CTGCATGCTACAGATTCCCTCCTCAGGTA...TAGGATTTCCTCAACCTT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TAGCTGATCCTTCAGATGGCTTGGATATTGTGCAGCTTGAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 102322 TAGCTGATCCTTCAGATGGCTTGGATATTGTGCAGCTTGAGGTA...TAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 CAGCTGGCATATTGTCTGAGTCAGTGGGCACCTCTTTCTCGCCAACCTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103001 CAGCTGGCATATTGTCTGAGTCAGTGGGCACCTCTTTCTCGCCAACCTAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 G         GATAATCAAGACATATACAAAAGG         TTTTTGT
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 103051 GGTA...CAGGATAATCAAGACATATACAAAAGGGTG...TAGTTTTTGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    215 TTCACTACTCCAGAACTCAGGAGGCAACACATCCAGTTAAAACTGGG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 106880 TTCACTACTCCAGAACTCAGGAGGCAACACATCCAGTTAAAACTGGGGTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    262       TTTCCTCCAGTGCATCCTCTAATGCACCTGGCTGCCAAGCTCGC
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106930 ...CAGTTTCCTCCAGTGCATCCTCTAATGCACCTGGCTGCCAAGCTCGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    306 CAACAGGCGGATGAAGAGAATTCTGCAGCGA         GGCTCGGGGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 108909 CAACAGGCGGATGAAGAGAATTCTGCAGCGAGTA...CAGGGCTCGGGGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    347 CTGCTGCAGTGGACTTCACCAAGAAG         GATCACACTGCGACC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 110018 CTGCTGCAGTGGACTTCACCAAGAAGGTA...CAGGATCACACTGCGACC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    388 TGGGGACGACCCTTTTTCCTTTTCAGG         CCCAGGAATGGAAG
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 110653 TGGGGACGACCCTTTTTCCTTTTCAGGGTA...CAGCCCAGGAATGGAAG

    500     .    :    .    :    .
    429 AAACATTGAAGATGAGGCCCAGATTCAG
        ||||||||||||||||||||||-|--||
 111803 AAACATTGAAGATGAGGCCCAG T  AG