seq1 = pF1KE3028.tfa, 453 bp
seq2 = pF1KE3028/gi568815595f_8633877.tfa (gi568815595f:8633877_8845864), 211988 bp

>pF1KE3028 453
>gi568815595f:8633877_8845864 (Chr3)

1-114  (100001-100114)   100% ->
115-453  (111650-111988)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGATGGCAGAAGAGCACACAGATCTCGAGGCCCAGATCGTCAAGGATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGATGGCAGAAGAGCACACAGATCTCGAGGCCCAGATCGTCAAGGATAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCACTGCAAGGAGATTGACCTGGTGAACCGAGACCCCAAGAACATTAACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCACTGCAAGGAGATTGACCTGGTGAACCGAGACCCCAAGAACATTAACG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGGACATAGTCAAG         GTGGATTTTGAAGACGTGATCGCAGAG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGGACATAGTCAAGGTA...CAGGTGGATTTTGAAGACGTGATCGCAGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CCTGTGGGCACCTACAGCTTTGACGGCGTGTGGAAGGTGAGCTACACCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111677 CCTGTGGGCACCTACAGCTTTGACGGCGTGTGGAAGGTGAGCTACACCAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CTTCACTGTCTCCAAGTACTGGTGCTACCGTCTGTTGTCCACGCTGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111727 CTTCACTGTCTCCAAGTACTGGTGCTACCGTCTGTTGTCCACGCTGCTGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GCGTCCCACTGGCCCTGCTCTGGGGCTTCCTGTTCGCCTGCATCTCCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111777 GCGTCCCACTGGCCCTGCTCTGGGGCTTCCTGTTCGCCTGCATCTCCTTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 TGCCACATCTGGGCGGTGGTGCCATGCATTAAGAGCTACCTGATCGAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111827 TGCCACATCTGGGCGGTGGTGCCATGCATTAAGAGCTACCTGATCGAGAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CCAGTGCATCAGCCACATCTACTCACTCTGCATCCGCACCTTCTGCAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111877 CCAGTGCATCAGCCACATCTACTCACTCTGCATCCGCACCTTCTGCAACC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 CACTCTTCGCGGCCCTGGGCCAGGTCTGCAGCAGCATCAAGGTGGTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111927 CACTCTTCGCGGCCCTGGGCCAGGTCTGCAGCAGCATCAAGGTGGTGCTG

    450     .    :
    442 CGGAAGGAGGTC
        ||||||||||||
 111977 CGGAAGGAGGTC