seq1 = pF1KE3026.tfa, 438 bp
seq2 = pF1KE3026/gi568815589f_128278035.tfa (gi568815589f:128278035_128489510), 211476 bp

>pF1KE3026 438
>gi568815589f:128278035_128489510 (Chr9)

1-35  (93347-93381)   100% ->
36-106  (100002-100072)   100% ->
107-188  (109782-109863)   100% ->
189-438  (111227-111476)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTGCGCCCTTGTCAGTGGAGGTGGAGTTCGG         AGGTGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
  93347 ATGGCTGCGCCCTTGTCAGTGGAGGTGGAGTTCGGGTG...CAGAGGTGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 TGCGGAGCTCCTGTTTGACGGTATTAAGAAACATCGAGTCACTTTGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100008 TGCGGAGCTCCTGTTTGACGGTATTAAGAAACATCGAGTCACTTTGCCTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GACAGGAGGAACCCT         GGGACATCCGGAACCTGCTCATCTGG
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 100058 GACAGGAGGAACCCTGTG...CAGGGGACATCCGGAACCTGCTCATCTGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 ATCAAGAAGAATTTGCTAAAAGAGCGGCCAGAGTTGTTCATCCAGGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109808 ATCAAGAAGAATTTGCTAAAAGAGCGGCCAGAGTTGTTCATCCAGGGAGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CAGCGT         GCGGCCAGGAATTCTGGTGCTGATTAACGATGCCG
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109858 CAGCGTGTG...CAGGCGGCCAGGAATTCTGGTGCTGATTAACGATGCCG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 ACTGGGAGCTACTGGTCAGTACCTTGGGGGACATCCCTCCCCCAGCCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111262 ACTGGGAGCTACTGGTCAGTACCTTGGGGGACATCCCTCCCCCAGCCCCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 GCCCTTGCTGCTTCAGTGGGAAAGCGTTGGGCCTCTCCTCAGGCACATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111312 GCCCTTGCTGCTTCAGTGGGAAAGCGTTGGGCCTCTCCTCAGGCACATAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 AGAGTGGCTGGGTAATCCTCCGCCCCACTCCAGCCCCACACTGAGGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111362 AGAGTGGCTGGGTAATCCTCCGCCCCACTCCAGCCCCACACTGAGGCTGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TGGAGTCTCCCACTCCAGGTGAGGAAGGGATGGGTAGCTGGGGACATGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111412 TGGAGTCTCCCACTCCAGGTGAGGAAGGGATGGGTAGCTGGGGACATGGG

    450     .    :    .
    424 AGTACTCCTCCATCC
        |||||||||||||||
 111462 AGTACTCCTCCATCC