seq1 = pF1KE3023.tfa, 414 bp
seq2 = pF1KE3023/gi568815597f_114933363.tfa (gi568815597f:114933363_115134224), 200862 bp

>pF1KE3023 414
>gi568815597f:114933363_115134224 (Chr1)

1-162  (100001-100162)   99% ->
163-414  (100611-100862)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACTGCTCTCTTTCTGATGTCCATGCTTTTTGGCCTTGCATGTGGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
 100001 ATGACTGCTCTCTTTCTGATGTCCATGCTTTTTGGCCTTACATGTGGGCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGCGATGTCTTTTTGTATTCCAACTGAGTATACAATGCACATCGAAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGCGATGTCTTTTTGTATTCCAACTGAGTATACAATGCACATCGAAAGGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GAGAGTGTGCTTATTGCCTAACCATCAACACCACCATCTGTGCTGGATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GAGAGTGTGCTTATTGCCTAACCATCAACACCACCATCTGTGCTGGATAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TGTATGACACGG         GATATCAATGGCAAACTGTTTCTTCCCAA
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TGTATGACACGGGTA...CAGGATATCAATGGCAAACTGTTTCTTCCCAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 ATATGCTCTGTCCCAGGATGTTTGCACATATAGAGACTTCATCTACAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100640 ATATGCTCTGTCCCAGGATGTTTGCACATATAGAGACTTCATCTACAGGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CTGTAGAAATACCAGGATGCCCACTCCATGTTGCTCCCTATTTTTCCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100690 CTGTAGAAATACCAGGATGCCCACTCCATGTTGCTCCCTATTTTTCCTAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CCTGTTGCTTTAAGCTGTAAGTGTGGCAAGTGCAATACTGACTATAGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100740 CCTGTTGCTTTAAGCTGTAAGTGTGGCAAGTGCAATACTGACTATAGTGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CTGCATACATGAAGCCATCAAGACAAACTACTGTACCAAACCTCAGAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100790 CTGCATACATGAAGCCATCAAGACAAACTACTGTACCAAACCTCAGAAGT

    400     .    :    .    :
    392 CTTATCTGGTAGGATTTTCTGTC
        |||||||||||||||||||||||
 100840 CTTATCTGGTAGGATTTTCTGTC