seq1 = pF1KE3018.tfa, 348 bp
seq2 = pF1KE3018/gi568815593f_71619294.tfa (gi568815593f:71619294_71820612), 201319 bp

>pF1KE3018 348
>gi568815593f:71619294_71820612 (Chr5)

1-159  (100001-100159)   100% ->
160-243  (100587-100670)   100% ->
244-348  (101215-101319)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGAGCTCCCGCGTGAGGCTGCTGCCCCTCCTGGGCGCCGCCCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGAGCTCCCGCGTGAGGCTGCTGCCCCTCCTGGGCGCCGCCCTGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCTGATGCTACCTCTGTTGGGTACCCGTGCCCAGGAGGACGCCGAGCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCTGATGCTACCTCTGTTGGGTACCCGTGCCCAGGAGGACGCCGAGCTCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGCCCCGAGCCCTGGACATCTACTCTGCCGTGGATGATGCCTCCCACGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGCCCCGAGCCCTGGACATCTACTCTGCCGTGGATGATGCCTCCCACGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AAGGAGCTG         ATCGAAGCGCTGCAAGAAGTCTTGAAGAAGCT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AAGGAGCTGGTC...CAGATCGAAGCGCTGCAAGAAGTCTTGAAGAAGCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CAAGAGTAAACGTGTTCCCATCTATGAGAAGAAGTATGGCCAAGTCCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100619 CAAGAGTAAACGTGTTCCCATCTATGAGAAGAAGTATGGCCAAGTCCCCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TG         TGTGACGCCGGTGAGCAGTGTGCAGTGAGGAAAGGGGCA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100669 TGGTA...CAGTGTGACGCCGGTGAGCAGTGTGCAGTGAGGAAAGGGGCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AGGATCGGGAAGCTGTGTGACTGTCCCCGAGGAACCTCCTGCAATTCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101254 AGGATCGGGAAGCTGTGTGACTGTCCCCGAGGAACCTCCTGCAATTCCTT

    350     .    :    .
    333 CCTCCTGAAGTGCTTA
        ||||||||||||||||
 101304 CCTCCTGAAGTGCTTA