seq1 = pF1KE3017.tfa, 348 bp
seq2 = pF1KE3017/gi568815595r_187569068.tfa (gi568815595r:187569068_187770291), 201224 bp

>pF1KE3017 348
>gi568815595r:187569068_187770291 (Chr3)

(complement)

1-138  (100001-100138)   100% ->
139-348  (101015-101224)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTGTCCTGCCGCCTCCAGTGCGCGCTGGCTGCGCTGTCCATCGTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCTGTCCTGCCGCCTCCAGTGCGCGCTGGCTGCGCTGTCCATCGTCCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGCCCTGGGCTGTGTCACCGGCGCTCCCTCGGACCCCAGACTCCGTCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGCCCTGGGCTGTGTCACCGGCGCTCCCTCGGACCCCAGACTCCGTCAGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TTCTGCAGAAGTCCCTGGCTGCTGCCGCGGGGAAGCAG         GAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 100101 TTCTGCAGAAGTCCCTGGCTGCTGCCGCGGGGAAGCAGGTA...CAGGAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CTGGCCAAGTACTTCTTGGCAGAGCTGCTGTCTGAACCCAACCAGACGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101018 CTGGCCAAGTACTTCTTGGCAGAGCTGCTGTCTGAACCCAACCAGACGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GAATGATGCCCTGGAACCTGAAGATCTGTCCCAGGCTGCTGAGCAGGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101068 GAATGATGCCCTGGAACCTGAAGATCTGTCCCAGGCTGCTGAGCAGGATG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AAATGAGGCTTGAGCTGCAGAGATCTGCTAACTCAAACCCGGCTATGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101118 AAATGAGGCTTGAGCTGCAGAGATCTGCTAACTCAAACCCGGCTATGGCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CCCCGAGAACGCAAAGCTGGCTGCAAGAATTTCTTCTGGAAGACTTTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101168 CCCCGAGAACGCAAAGCTGGCTGCAAGAATTTCTTCTGGAAGACTTTCAC

    350     .
    342 ATCCTGT
        |||||||
 101218 ATCCTGT