seq1 = pF1KE3014.tfa, 312 bp
seq2 = pF1KE3014/gi568815594f_73753363.tfa (gi568815594f:73753363_73954119), 200757 bp

>pF1KE3014 312
>gi568815594f:73753363_73954119 (Chr4)

1-100  (100001-100100)   100% ->
101-227  (100421-100547)   100% ->
228-312  (100673-100757)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGCTCCGCAGCCAGGTCCCGCCTCACCCGCGCCACCCGCCAGGAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGCTCCGCAGCCAGGTCCCGCCTCACCCGCGCCACCCGCCAGGAGAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCTGTTCTTGGCGTTGCTGCTCCTGCCAGTTGTGGTCGCCTTCGCCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCTGTTCTTGGCGTTGCTGCTCCTGCCAGTTGTGGTCGCCTTCGCCAGAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101          CTGAAGCTGAAGAAGATGGGGACCTGCAGTGCCTGTGTGTG
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GTG...CAGCTGAAGCTGAAGAAGATGGGGACCTGCAGTGCCTGTGTGTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AAGACCACCTCCCAGGTCCGTCCCAGGCACATCACCAGCCTGGAGGTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100462 AAGACCACCTCCCAGGTCCGTCCCAGGCACATCACCAGCCTGGAGGTGAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CAAGGCCGGACCCCACTGCCCCACTGCCCAACTCAT         AGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 100512 CAAGGCCGGACCCCACTGCCCCACTGCCCAACTCATGTG...CAGAGCCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CGCTGAAGAATGGGAGGAAAATTTGCTTGGATCTGCAAGCCCTGCTGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100678 CGCTGAAGAATGGGAGGAAAATTTGCTTGGATCTGCAAGCCCTGCTGTAC

    300     .    :    .    :    .    :
    283 AAGAAAATCATTAAGGAACATTTGGAGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||
 100728 AAGAAAATCATTAAGGAACATTTGGAGAGT