seq1 = pF1KE3013.tfa, 309 bp
seq2 = pF1KE3013/gi568815590r_142641146.tfa (gi568815590r:142641146_142842385), 201240 bp

>pF1KE3013 309
>gi568815590r:142641146_142842385 (Chr8)

(complement)

1-58  (100001-100058)   100% ->
59-178  (100464-100583)   100% ->
179-309  (101110-101240)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCTCTCGCTGGGCTGTGCAGCTGCTGCTCGTGGCAGCCTGGAGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCTCTCGCTGGGCTGTGCAGCTGCTGCTCGTGGCAGCCTGGAGCAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGGCTGTG         GTGAGGCCCTCAAGTGCTACACCTGCAAGGAGC
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGGCTGTGGTG...CAGGTGAGGCCCTCAAGTGCTACACCTGCAAGGAGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CCATGACCAGTGCTTCCTGCAGGACCATTACCCGCTGCAAGCCAGAGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100497 CCATGACCAGTGCTTCCTGCAGGACCATTACCCGCTGCAAGCCAGAGGAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ACAGCCTGCATGACCACGCTGGTGACGGTGGAGGCAG         AGTA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 100547 ACAGCCTGCATGACCACGCTGGTGACGGTGGAGGCAGGTG...CAGAGTA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CCCCTTCAACCAGAGCCCCGTGGTGACCCGCTCCTGCTCCAGCTCCTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101114 CCCCTTCAACCAGAGCCCCGTGGTGACCCGCTCCTGCTCCAGCTCCTGTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TGGCCACCGACCCCGACAGCATCGGGGCCGCCCACCTGATCTTCTGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101164 TGGCCACCGACCCCGACAGCATCGGGGCCGCCCACCTGATCTTCTGCTGC

    300     .    :    .    :    .
    283 TTCCGAGACCTCTGCAACTCGGAACTC
        |||||||||||||||||||||||||||
 101214 TTCCGAGACCTCTGCAACTCGGAACTC