seq1 = pF1KE3009.tfa, 276 bp
seq2 = pF1KE3009/gi568815597f_151621537.tfa (gi568815597f:151621537_151828833), 207297 bp

>pF1KE3009 276
>gi568815597f:151621537_151828833 (Chr1)

1-84  (100001-100084)   100% ->
85-161  (100550-100626)   100% ->
162-208  (106039-106085)   100% ->
209-276  (107230-107297)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGACGCTGCCAGGCTTGCTGCAGCGGCCCGACCCCGGGGCGCTTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGACGCTGCCAGGCTTGCTGCAGCGGCCCGACCCCGGGGCGCTTAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGCAGCGCAGCTGGAGCAGCTGCGAAAATTCAAG         ATTCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 100051 CGCAGCGCAGCTGGAGCAGCTGCGAAAATTCAAGGTG...CAGATTCAGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CTCGGATTGCTAACGAAAAGTACCTAAGGACCCACAAAGAAGTAGAGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100557 CTCGGATTGCTAACGAAAAGTACCTAAGGACCCACAAAGAAGTAGAGTGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CTCATAAGTGGTTTCTTCAG         AGAAATATTTTTGAAAAGACC
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 100607 CTCATAAGTGGTTTCTTCAGGTA...CAGAGAAATATTTTTGAAAAGACC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 AGACAACATCCTAGAATTTGCTGCAG         ACTACTTCACGGATC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 106060 AGACAACATCCTAGAATTTGCTGCAGGTG...CAGACTACTTCACGGATC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 CAAGACTTCCCAACAAGATTCACATGCAGCTAATTAAAGACAAGAAAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107245 CAAGACTTCCCAACAAGATTCACATGCAGCTAATTAAAGACAAGAAAGCG

    300 
    274 GCT
        |||
 107295 GCT