seq1 = pF1KE3006.tfa, 255 bp
seq2 = pF1KE3006/gi568815585f_38249999.tfa (gi568815585f:38249999_38460775), 210777 bp

>pF1KE3006 255
>gi568815585f:38249999_38460775 (Chr13)

1-59  (99999-100057)   98% ->
60-117  (104241-104298)   100% ->
118-157  (108095-108134)   100% ->
158-190  (109303-109335)   100% ->
191-255  (110713-110777)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCGAAGGTTTCCTTTAAGATCACGCTGACGTCGGACCCACGGCTGCC
        | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99999 AGGTCGAAGGTTTCCTTTAAGATCACGCTGACGTCGGACCCACGGCTGCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GTACAAAGT         ACTCAGTGTTCCTGAAAGTACACCTTTCACAG
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 100049 GTACAAAGTGTG...CAGACTCAGTGTTCCTGAAAGTACACCTTTCACAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CAGTCTTAAAGTTTGCAGCAGAAGAA         TTTAAAGTTCCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 104273 CAGTCTTAAAGTTTGCAGCAGAAGAAGTA...TAGTTTAAAGTTCCTGCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 GCAACAAGTGCAATTATTACCAATG         ATGGAATAGGAATAAA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 108110 GCAACAAGTGCAATTATTACCAATGGTA...TAGATGGAATAGGAATAAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    174 TCCTGCACAGACTGCTG         GAAATGTTTTTCTAAAACATGGTT
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 109319 TCCTGCACAGACTGCTGGTG...TAGGAAATGTTTTTCTAAAACATGGTT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :
    215 CAGAACTGCGGATTATTCCTAGAGATCGTGTTGGAAGTTGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110737 CAGAACTGCGGATTATTCCTAGAGATCGTGTTGGAAGTTGT