seq1 = pF1KE2794.tfa, 2091 bp
seq2 = pF1KE2794/gi568815579f_17427267.tfa (gi568815579f:17427267_17653560), 226294 bp

>pF1KE2794 2091
>gi568815579f:17427267_17653560 (Chr19)

1-21  (96173-96193)   100% ->
22-148  (100003-100129)   100% ->
149-279  (103489-103619)   100% ->
280-405  (104997-105122)   100% ->
406-520  (106321-106435)   100% ->
521-688  (110110-110277)   99% ->
689-804  (111884-111999)   100% ->
805-909  (112081-112185)   100% ->
910-1072  (112337-112499)   100% ->
1073-1263  (113126-113316)   99% ->
1264-1422  (114870-115028)   100% ->
1423-1539  (116051-116167)   100% ->
1540-1647  (116258-116365)   100% ->
1648-1759  (119420-119531)   100% ->
1760-1843  (122178-122261)   100% ->
1844-2091  (126047-126294)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGGCCTGACCGGAAGGAG         GTGCCCCTGAGCCGAGGAAC
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
  96173 ATGGGGCCTGACCGGAAGGAGGTT...CAGGTGCCCCTGAGCCGAGGAAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 GCAGGCGGTGGTCGTGGGGAAGGGAAGAGGAGCCCCGGGAGACGACAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100023 GCAGGCGGTGGTCGTGGGGAAGGGAAGAGGAGCCCCGGGAGACGACAGCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GCATGGGTGGGCGGCCTTCGAGCCCTCTGGACAAGCAGCAGCGGCAGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100073 GCATGGGTGGGCGGCCTTCGAGCCCTCTGGACAAGCAGCAGCGGCAGCAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CTAAGGG         GTCAGGTGGACACCCTGCTGAGGAACTTCCTGCC
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100123 CTAAGGGGTG...CAGGTCAGGTGGACACCCTGCTGAGGAACTTCCTGCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TTGCTACCGTGGGCAGCTGGCAGCGTCTGTCCTGCGGCAGATCTCTCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103523 TTGCTACCGTGGGCAGCTGGCAGCGTCTGTCCTGCGGCAGATCTCTCGAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AGCTGGGCCCTCAGGAGCCGACCGGAAGCCAGTTGCTACGCAGCAAA   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 103573 AGCTGGGCCCTCAGGAGCCGACCGGAAGCCAGTTGCTACGCAGCAAAGTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    280       AAGCTGCCCCGAGTCCGTGAGCACCGAGGACCCCTGACCCAGCT
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103623 ...CAGAAGCTGCCCCGAGTCCGTGAGCACCGAGGACCCCTGACCCAGCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TCGGGGCCACCCACCCCGGTGGCAGCCGATCTTCTGTGTTCTGCGTGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105041 TCGGGGCCACCCACCCCGGTGGCAGCCGATCTTCTGTGTTCTGCGTGGGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 ACGGCCGCCTAGAGTGGTTCAGCCACAAGGAG         GAATATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 105091 ACGGCCGCCTAGAGTGGTTCAGCCACAAGGAGGTG...TAGGAATATGAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 AACGGGGGCCACTGCCTTGGCTCAACAGCCCTGACAGGATACACGCTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106330 AACGGGGGCCACTGCCTTGGCTCAACAGCCCTGACAGGATACACGCTCCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GACTTCCCAGCGAGAATATCTCCGCCTTTTGGATGCTCTCTGCCCTGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106380 GACTTCCCAGCGAGAATATCTCCGCCTTTTGGATGCTCTCTGCCCTGAAT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CCTTGG         GAGACCATACTCAGGAAGAGCCTGACTCCCTCTTG
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106430 CCTTGGGTA...CAGGAGACCATACTCAGGAAGAGCCTGACTCCCTCTTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GAAGTGCCTGTGAGCTTCCCGCTGTTCCTGCAGCACCCCTTCCGCCGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110145 GAAGTGCCTGTGAGCTTCCCGCTGTTCCTGCAGCACCCCTTCCGCCGGCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 CCTCTGCTTCTCTGCAGCCACCAGGGAGGCACAGCATGCCTGGAGGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110195 CCTCTGCTTCTCTGCAGCCACCAGGGAGGCACAGCATGCCTGGAGGCTGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 CCCTGCAGGGTGGCATCCGGCTTCAGGGCACAG         TCCTGCAG
        |||||||||||||||||||||||||||||| ||>>>...>>>||||||||
 110245 CCCTGCAGGGTGGCATCCGGCTTCAGGGCATAGGTG...CAGTCCTGCAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 CGAAGCCAGGCCCCTGCTGCCCGGGCCTTCCTGGACGCCGTCCGACTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111892 CGAAGCCAGGCCCCTGCTGCCCGGGCCTTCCTGGACGCCGTCCGACTCTA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 CCGGCAGCACCAAGGCCACTTTGGCGACGACGACGTGACCCTAGGCTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111942 CCGGCAGCACCAAGGCCACTTTGGCGACGACGACGTGACCCTAGGCTCAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 ACGCCGAG         GTGCTGACCGCGGTGCTGATGCGGGAGCAACTT
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 111992 ACGCCGAGGTT...CAGGTGCTGACCGCGGTGCTGATGCGGGAGCAACTT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 CCCGCGCTGCGAGCCCAGACCCTTCCTGGCCTGCGGGGGGCAGGCCGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112114 CCCGCGCTGCGAGCCCAGACCCTTCCTGGCCTGCGGGGGGCAGGCCGCGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 CCGCGCCTGGGCCTGGACCGAG         CTTCTAGACGCCGTTCACG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 112164 CCGCGCCTGGGCCTGGACCGAGGTA...CAGCTTCTAGACGCCGTTCACG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 CAGCTGTCCTGGCCGGGGCCTCCGCCGGGCTCTGCGCCTTCCAGCCCGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112356 CAGCTGTCCTGGCCGGGGCCTCCGCCGGGCTCTGCGCCTTCCAGCCCGAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 AAGGACGAGCTGCTTGCGTCGCTGGAGAAGACGATCCGCCCGGACGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112406 AAGGACGAGCTGCTTGCGTCGCTGGAGAAGACGATCCGCCCGGACGTGGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 CCAGCTGCTGCGGCAGCGGGCGCGTGTGGCGGGGCGGCTGAGGA      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 112456 CCAGCTGCTGCGGCAGCGGGCGCGTGTGGCGGGGCGGCTGAGGAGTG...

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1073    CGGATATCAGGGGACCGCTCGAGTCGTGCCTGCGCCGGGAGGTGGAC
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113123 CAGCGGATATCAGGGGACCGCTCGAGTCGTGCCTGCGCCGGGAGGTGGAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 CCGCAGCTGCCCCGGGTCGTGCAGACCCTGCTGCGCACCGTGGAAGCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113173 CCGCAGCTGCCCCGGGTCGTGCAGACCCTGCTGCGCACCGTGGAAGCCTC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 GCTCGAGGCGGTGCGGACCCTCCTGGCTCAAGGCATGGACCGACTGTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113223 GCTCGAGGCGGTGCGGACCCTCCTGGCTCAAGGCATGGACCGACTGTCCC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 ACCGCCTGCGCCAGAGCCCCTCGGGCACGCGGCTGCGCAGGGAG      
        |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||>>>...
 113273 ACCGCCTGCGCCAGAGCCCCTCAGGCACGCGGCTGCGCAGGGAGGTG...

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1264    GTTTACTCATTTGGGGAGATGCCGTGGGACTTGGCGCTGATGCAGAC
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114867 CAGGTTTACTCATTTGGGGAGATGCCGTGGGACTTGGCGCTGATGCAGAC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 ATGCTACCGTGAGGCCGAGCGGAGCCGGGGGCGCTTGGGGCAGCTGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114917 ATGCTACCGTGAGGCCGAGCGGAGCCGGGGGCGCTTGGGGCAGCTGGCAG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 CACCGTTTGGCTTTCTGGGGATGCAGAGCCTCGTGTTTGGGGCCCAAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114967 CACCGTTTGGCTTTCTGGGGATGCAGAGCCTCGTGTTTGGGGCCCAAGAT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 CTTGCACAGCAG         CTCATGGCTGACGCCGTGGCCACCTTCCT
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 115017 CTTGCACAGCAGGTG...CAGCTCATGGCTGACGCCGTGGCCACCTTCCT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 GCAGCTGGCTGACCAGTGTCTGACGACGGCCCTCAACTGTGACCAGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116080 GCAGCTGGCTGACCAGTGTCTGACGACGGCCCTCAACTGTGACCAGGCTG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 CCCAGAGGCTGGAGAGAGTCAGGGGGCGCGTGCTGAAG         AAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 116130 CCCAGAGGCTGGAGAGAGTCAGGGGGCGCGTGCTGAAGGTG...CAGAAA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1543 TTCAAATCGGACAGCGGGTTGGCGCAGAGGAGGTTCATCCGAGGCTGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116261 TTCAAATCGGACAGCGGGTTGGCGCAGAGGAGGTTCATCCGAGGCTGGGG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1593 TCTCTGCATCTTTTTACCTTTTGTGCTGAGCCAACTCGAGCCAGGCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116311 TCTCTGCATCTTTTTACCTTTTGTGCTGAGCCAACTCGAGCCAGGCTGCA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1643 AAAAG         GAGCTGCCTGAGTTCGAGGGGGATGTCCTTGCCGTG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116361 AAAAGGTG...CAGGAGCTGCCTGAGTTCGAGGGGGATGTCCTTGCCGTG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1684 GGCAGCCAGGCTCTGACCACTGAGGGCATCTATGAGGACGTCATCCGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119456 GGCAGCCAGGCTCTGACCACTGAGGGCATCTATGAGGACGTCATCCGGGG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1734 GTGCTTGCTGCAGAGGATTGACCAAG         AATTGAAAAAGACCC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 119506 GTGCTTGCTGCAGAGGATTGACCAAGGTG...CAGAATTGAAAAAGACCC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1775 TTGGTGCCAATGATGTATCCTGCACTCTGGACGGCTGCTTGGAGGTCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122193 TTGGTGCCAATGATGTATCCTGCACTCTGGACGGCTGCTTGGAGGTCCCA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1825 TGGGAACAGGAGGGAGCAG         CTCCAAATCTTAACTTGGTGTC
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 122243 TGGGAACAGGAGGGAGCAGGTG...TAGCTCCAAATCTTAACTTGGTGTC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1866 AAGTTTCCTGGCTGGGAGACAAGCTTTTACCGACTTCCTCTGCTTGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126069 AAGTTTCCTGGCTGGGAGACAAGCTTTTACCGACTTCCTCTGCTTGCCAG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1916 CAAAGTCATCTGCTAACTGGATATTGGCAGCTTCTCTGCTGTCTTGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126119 CAAAGTCATCTGCTAACTGGATATTGGCAGCTTCTCTGCTGTCTTGCAGC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1966 TGCTTCCGGAGTGGGTTCCACAGGGATTCCCGTGTGTTCTTGGTTCAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126169 TGCTTCCGGAGTGGGTTCCACAGGGATTCCCGTGTGTTCTTGGTTCAGCT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2016 TGCAGAGGGACTTTCACACTCCCTGGAGACCGTTTCCTCCCATTCTGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126219 TGCAGAGGGACTTTCACACTCCCTGGAGACCGTTTCCTCCCATTCTGTCT

   2200     .    :    .    :    .
   2066 GGAGTTTTCGGCCTACCCCAAGACAA
        ||||||||||||||||||||||||||
 126269 GGAGTTTTCGGCCTACCCCAAGACAA