seq1 = pF1KE2784.tfa, 975 bp
seq2 = pF1KE2784/gi568815590f_78575785.tfa (gi568815590f:78575785_78817490), 241706 bp

>pF1KE2784 975
>gi568815590f:78575785_78817490 (Chr8)

1-16  (90365-90380)   100% ->
17-93  (100003-100079)   100% ->
94-210  (102779-102895)   100% ->
211-352  (110683-110824)   100% ->
353-504  (113438-113589)   100% ->
505-604  (121623-121722)   100% ->
605-704  (122630-122729)   99% ->
705-812  (139437-139544)   100% ->
813-975  (141544-141706)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGGGACTGGAAG         AGAATGGAGGTGTTGTCCAAGTTGG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
  90365 ATGGAGGGACTGGAAGGTG...TAGAGAATGGAGGTGTTGTCCAAGTTGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 AGAATTGTTACCTTGCAAGATTTGTGGAAGAACATTCTTTCCAGTAGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100028 AGAATTGTTACCTTGCAAGATTTGTGGAAGAACATTCTTTCCAGTAGCAT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TA         AAAAAACATGGACCCATTTGCCAGAAGACTGCAACTAAA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100078 TAGTG...CAGAAAAAACATGGACCCATTTGCCAGAAGACTGCAACTAAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 AAACGGAAGACTTTTGATTCAAGCAGACAGAGAGCTGAAGGAACTGATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102818 AAACGGAAGACTTTTGATTCAAGCAGACAGAGAGCTGAAGGAACTGATAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TCCAACAGTAAAACCTCTCAAACCGAGG         CCAGAACCACCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 102868 TCCAACAGTAAAACCTCTCAAACCGAGGGTA...TAGCCAGAACCACCAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 AGAAACCATCTAATTGGAGAAGGAAACATGAAGAATTCATTGCTACCATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110696 AGAAACCATCTAATTGGAGAAGGAAACATGAAGAATTCATTGCTACCATA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 AGAGCAGCTAAAGGCCTTGATCAGGCCCTCAAAGAGGGTGGCAAACTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110746 AGAGCAGCTAAAGGCCTTGATCAGGCCCTCAAAGAGGGTGGCAAACTTCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TCCTCCTCCTCCACCTTCTTATGATCCTG         ATTATATTCAAT
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 110796 TCCTCCTCCTCCACCTTCTTATGATCCTGGTA...TAGATTATATTCAAT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 GTCCATATTGTCAGAGGAGATTCAATGAAAATGCAGCTGATAGACATATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113450 GTCCATATTGTCAGAGGAGATTCAATGAAAATGCAGCTGATAGACATATA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 AATTTCTGTAAAGAACAGGCAGCACGTATTAGTAATAAAGGGAAATTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113500 AATTTCTGTAAAGAACAGGCAGCACGTATTAGTAATAAAGGGAAATTTTC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TACAGATACCAAAGGAAAACCAACTTCTCGGACACAGGTG         T
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 113550 TACAGATACCAAAGGAAAACCAACTTCTCGGACACAGGTGGTA...TAGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 ATAAGCCACCCGCACTTAAAAAGTCAAATTCTCCTGGAACTGCATCATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121624 ATAAGCCACCCGCACTTAAAAAGTCAAATTCTCCTGGAACTGCATCATCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GGATCTTCACGATTACCGCAGCCAAGTGGCGCTGGCAAAACTGTTGTAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 121674 GGATCTTCACGATTACCGCAGCCAAGTGGCGCTGGCAAAACTGTTGTAGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    605         GTGTTCCTTCAGGTAAAGTGTCTTCAAGTAGCAGCTCTTTGG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121724 TA...AAGGTGTTCCTTCAGGTAAAGTGTCTTCAAGTAGCAGCTCTTTGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 GAAACAAACTTCAGACCTTGTCTCCCTCTCATAAAGGGATAGCAGCCCCT
        ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
 122672 GAAACAAACTTCAGACCTTATCTCCCTCTCATAAAGGGATAGCAGCCCCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 CATGCAGG         AGCTAATGTCAAACCCCGAAATTCCACACCACC
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 122722 CATGCAGGGTA...TAGAGCTAATGTCAAACCCCGAAATTCCACACCACC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 TAGTTTGGCAAGAAATCCTGCCCCAGGTGTGCTTACAAACAAAAGAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139470 TAGTTTGGCAAGAAATCCTGCCCCAGGTGTGCTTACAAACAAAAGAAAAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 CATATACTGAGAGCTACATAGCCAG         GCCAGATGGGGACTGT
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 139520 CATATACTGAGAGCTACATAGCCAGGTA...TAGGCCAGATGGGGACTGT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 GCATCTTCCCTTAATGGTGGAAATATTAAAGGCATTGAAGGACATTCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141560 GCATCTTCCCTTAATGGTGGAAATATTAAAGGCATTGAAGGACATTCACC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 TGGAAACTTACCAAAATTCTGCCATGAGTGTGGGACTAAATACCCTGTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141610 TGGAAACTTACCAAAATTCTGCCATGAGTGTGGGACTAAATACCCTGTAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .
    929 AATGGGCCAAATTTTGCTGTGAATGTGGCATTCGAAGAATGATTCTA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141660 AATGGGCCAAATTTTGCTGTGAATGTGGCATTCGAAGAATGATTCTA