seq1 = pF1KE2782.tfa, 1350 bp
seq2 = pF1KE2782/gi568815575f_48409821.tfa (gi568815575f:48409821_48620473), 210653 bp

>pF1KE2782 1350
>gi568815575f:48409821_48620473 (ChrX)

1-136  (100001-100136)   100% ->
137-329  (101475-101667)   100% ->
330-373  (102072-102115)   100% ->
374-555  (102506-102687)   100% ->
556-686  (102769-102899)   100% ->
687-812  (104420-104545)   100% ->
813-913  (104705-104805)   100% ->
914-990  (105897-105973)   100% ->
991-1054  (106070-106133)   100% ->
1055-1140  (106241-106326)   100% ->
1141-1251  (107363-107473)   100% ->
1252-1350  (110555-110653)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCACCTTTAGCCGCCAGGAATTTTTCCAGCAGCTACTGCAAGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCACCTTTAGCCGCCAGGAATTTTTCCAGCAGCTACTGCAAGGCTG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TCTCCTGCCTACTGCCCAGCAGGGCCTTGACCAGATCTGGCTGCTCCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TCTCCTGCCTACTGCCCAGCAGGGCCTTGACCAGATCTGGCTGCTCCTTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCATCTGCCTCGCCTGCCGCCTCCTCTGGAGGCTCG         GGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 100101 CCATCTGCCTCGCCTGCCGCCTCCTCTGGAGGCTCGGTA...AAGGGTTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CCATCCTACCTGAAGCATGCAAGCACCGTGGCAGGCGGGTTCTTCAGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101480 CCATCCTACCTGAAGCATGCAAGCACCGTGGCAGGCGGGTTCTTCAGCCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CTACCACTTCTTCCAGCTGCACATGGTTTGGGTCGTGCTGCTCAGCCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101530 CTACCACTTCTTCCAGCTGCACATGGTTTGGGTCGTGCTGCTCAGCCTCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TGTGCTACCTCGTGCTGTTCCTCTGCCGACATTCCTCCCATCGAGGCGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101580 TGTGCTACCTCGTGCTGTTCCTCTGCCGACATTCCTCCCATCGAGGCGTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 TTCCTATCCGTCACCATCCTCATCTACCTACTCATGGG         TGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 101630 TTCCTATCCGTCACCATCCTCATCTACCTACTCATGGGGTA...CAGTGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GATGCACATGGTAGACACCGTGACATGGCACAAGATGCGAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 102075 GATGCACATGGTAGACACCGTGACATGGCACAAGATGCGAGGTA...TAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GGGCACAGATGATTGTGGCCATGAAGGCAGTGTCTCTGGGCTTCGACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102506 GGGCACAGATGATTGTGGCCATGAAGGCAGTGTCTCTGGGCTTCGACCTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GACCGGGGCGAGGTGGGTACGGTGCCCTCGCCAGTGGAGTTCATGGGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102556 GACCGGGGCGAGGTGGGTACGGTGCCCTCGCCAGTGGAGTTCATGGGCTA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CCTCTACTTCGTGGGCACCATCGTCTTCGGGCCCTGGATATCCTTCCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102606 CCTCTACTTCGTGGGCACCATCGTCTTCGGGCCCTGGATATCCTTCCACA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 GCTACCTACAAGCTGTCCAAGGCCGCCCACTG         AGCTGCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 102656 GCTACCTACAAGCTGTCCAAGGCCGCCCACTGGTG...CAGAGCTGCCGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 TGGCTGCAGAAGGTGGCCCGGAGCCTGGCACTGGCCCTGCTGTGCCTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102778 TGGCTGCAGAAGGTGGCCCGGAGCCTGGCACTGGCCCTGCTGTGCCTTGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GCTGTCCACTTGCGTGGGCCCCTACCTCTTCCCGTACTTCATCCCCCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102828 GCTGTCCACTTGCGTGGGCCCCTACCTCTTCCCGTACTTCATCCCCCTCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 ACGGTGACCGCCTCCTTCGCAA         GTGGCTGCGAGCCTACGAG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 102878 ACGGTGACCGCCTCCTTCGCAAGTG...CAGGTGGCTGCGAGCCTACGAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 AGTGCTGTCTCCTTCCACTTCAGCAACTATTTTGTGGGCTTTCTTTCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104439 AGTGCTGTCTCCTTCCACTTCAGCAACTATTTTGTGGGCTTTCTTTCCGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 GGCCACGGCCACGTTGGCGGGGGCTGGCTTTACCGAGGAGAAGGATCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104489 GGCCACGGCCACGTTGGCGGGGGCTGGCTTTACCGAGGAGAAGGATCACC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 TGGAATG         GGACCTGACGGTGTCCAAGCCACTGAATGTGGAG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104539 TGGAATGGTG...CAGGGACCTGACGGTGTCCAAGCCACTGAATGTGGAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 CTGCCTCGGTCAATGGTGGAAGTTGTCACAAGCTGGAACCTGCCCATGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104739 CTGCCTCGGTCAATGGTGGAAGTTGTCACAAGCTGGAACCTGCCCATGTC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 TTATTGGCTAAATAACT         ATGTTTTCAAGAATGCTCTCCGCC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 104789 TTATTGGCTAAATAACTGTG...CAGATGTTTTCAAGAATGCTCTCCGCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 TGGGGACCTTCTCGGCTGTGCTGGTCACCTATGCAGCCAGCGCCCTCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105921 TGGGGACCTTCTCGGCTGTGCTGGTCACCTATGCAGCCAGCGCCCTCCTA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 CAT         GGCTTCAGTTTCCACCTGGCTGCGGTCCTGCTGTCCCT
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105971 CATGTG...CAGGGCTTCAGTTTCCACCTGGCTGCGGTCCTGCTGTCCCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 GGCTTTTATCACTTACGTGGAGCATG         TCCTCCGGAAGCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 106108 GGCTTTTATCACTTACGTGGAGCATGGTG...TAGTCCTCCGGAAGCGCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 TGGCTCGGATCCTCAGTGCCTGTGTCTTGTCAAAGCGGTGCCCGCCAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106256 TGGCTCGGATCCTCAGTGCCTGTGTCTTGTCAAAGCGGTGCCCGCCAGAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 TGTTCGCACCAGCATCGCTTG         GGCCTGGGGGTGCGAGCCTT
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 106306 TGTTCGCACCAGCATCGCTTGGTG...CAGGGCCTGGGGGTGCGAGCCTT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 AAACTTGCTCTTTGGAGCTCTGGCCATCTTCCACCTGGCCTACCTGGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107383 AAACTTGCTCTTTGGAGCTCTGGCCATCTTCCACCTGGCCTACCTGGGCT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 CCCTGTTTGATGTCGATGTGGATGACACCACAGAGGAGCAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 107433 CCCTGTTTGATGTCGATGTGGATGACACCACAGAGGAGCAGGTG...CAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 GGCTACGGCATGGCATACACTGTCCACAAGTGGTCAGAGCTCAGCTGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110555 GGCTACGGCATGGCATACACTGTCCACAAGTGGTCAGAGCTCAGCTGGGC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1302 CAGTCACTGGGTCACTTTTGGATGCTGGATCTTCTACCGTCTCATAGGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110605 CAGTCACTGGGTCACTTTTGGATGCTGGATCTTCTACCGTCTCATAGGC