seq1 = pF1KE2776.tfa, 1215 bp
seq2 = pF1KE2776/gi568815591f_54919278.tfa (gi568815591f:54919278_55256840), 337563 bp

>pF1KE2776 1215
>gi568815591f:54919278_55256840 (Chr7)

1-88  (100001-100088)   100% ->
89-240  (223009-223160)   100% ->
241-424  (224028-224211)   100% ->
425-559  (227329-227463)   100% ->
560-628  (232017-232085)   100% ->
629-747  (233269-233387)   100% ->
748-889  (234734-234875)   100% ->
890-1006  (236553-236669)   100% ->
1007-1133  (237256-237382)   100% ->
1134-1215  (237482-237563)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCGACCCTCCGGGACGGCCGGGGCAGCGCTCCTGGCGCTGCTGGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCGACCCTCCGGGACGGCCGGGGCAGCGCTCCTGGCGCTGCTGGCTGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCTCTGCCCGGCGAGTCGGGCTCTGGAGGAAAAGAAAG         TTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 100051 GCTCTGCCCGGCGAGTCGGGCTCTGGAGGAAAAGAAAGGTA...CAGTTT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GCCAAGGCACGAGTAACAAGCTCACGCAGTTGGGCACTTTTGAAGATCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 223012 GCCAAGGCACGAGTAACAAGCTCACGCAGTTGGGCACTTTTGAAGATCAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TTTCTCAGCCTCCAGAGGATGTTCAATAACTGTGAGGTGGTCCTTGGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 223062 TTTCTCAGCCTCCAGAGGATGTTCAATAACTGTGAGGTGGTCCTTGGGAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TTTGGAAATTACCTATGTGCAGAGGAATTATGATCTTTCCTTCTTAAAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 223112 TTTGGAAATTACCTATGTGCAGAGGAATTATGATCTTTCCTTCTTAAAGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    241         ACCATCCAGGAGGTGGCTGGTTATGTCCTCATTGCCCTCAAC
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 223162 TT...TAGACCATCCAGGAGGTGGCTGGTTATGTCCTCATTGCCCTCAAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ACAGTGGAGCGAATTCCTTTGGAAAACCTGCAGATCATCAGAGGAAATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 224070 ACAGTGGAGCGAATTCCTTTGGAAAACCTGCAGATCATCAGAGGAAATAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GTACTACGAAAATTCCTATGCCTTAGCAGTCTTATCTAACTATGATGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 224120 GTACTACGAAAATTCCTATGCCTTAGCAGTCTTATCTAACTATGATGCAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 ATAAAACCGGACTGAAGGAGCTGCCCATGAGAAATTTACAGG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 224170 ATAAAACCGGACTGAAGGAGCTGCCCATGAGAAATTTACAGGGTG...CA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    425  AAATCCTGCATGGCGCCGTGCGGTTCAGCAACAACCCTGCCCTGTGCAA
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 227328 GAAATCCTGCATGGCGCCGTGCGGTTCAGCAACAACCCTGCCCTGTGCAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CGTGGAGAGCATCCAGTGGCGGGACATAGTCAGCAGTGACTTTCTCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 227378 CGTGGAGAGCATCCAGTGGCGGGACATAGTCAGCAGTGACTTTCTCAGCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 ACATGTCGATGGACTTCCAGAACCACCTGGGCAGCT         GCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 227428 ACATGTCGATGGACTTCCAGAACCACCTGGGCAGCTGTA...CAGGCCAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 AAGTGTGATCCAAGCTGTCCCAATGGGAGCTGCTGGGGTGCAGGAGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 232022 AAGTGTGATCCAAGCTGTCCCAATGGGAGCTGCTGGGGTGCAGGAGAGGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GAACTGCCAGAAAC         TGACCAAAATCATCTGTGCCCAGCAGT
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 232072 GAACTGCCAGAAACGTA...CAGTGACCAAAATCATCTGTGCCCAGCAGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 GCTCCGGGCGCTGCCGTGGCAAGTCCCCCAGTGACTGCTGCCACAACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 233296 GCTCCGGGCGCTGCCGTGGCAAGTCCCCCAGTGACTGCTGCCACAACCAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 TGTGCTGCAGGCTGCACAGGCCCCCGGGAGAGCGACTGCCTG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 233346 TGTGCTGCAGGCTGCACAGGCCCCCGGGAGAGCGACTGCCTGGTA...TA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    748  GTCTGCCGCAAATTCCGAGACGAAGCCACGTGCAAGGACACCTGCCCCC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 234733 GGTCTGCCGCAAATTCCGAGACGAAGCCACGTGCAAGGACACCTGCCCCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 CACTCATGCTCTACAACCCCACCACGTACCAGATGGATGTGAACCCCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 234783 CACTCATGCTCTACAACCCCACCACGTACCAGATGGATGTGAACCCCGAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GGCAAATACAGCTTTGGTGCCACCTGCGTGAAGAAGTGTCCCC       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 234833 GGCAAATACAGCTTTGGTGCCACCTGCGTGAAGAAGTGTCCCCGTG...C

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    890   GTAATTATGTGGTGACAGATCACGGCTCGTGCGTCCGAGCCTGTGGGG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 236551 AGGTAATTATGTGGTGACAGATCACGGCTCGTGCGTCCGAGCCTGTGGGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 CCGACAGCTATGAGATGGAGGAAGACGGCGTCCGCAAGTGTAAGAAGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 236601 CCGACAGCTATGAGATGGAGGAAGACGGCGTCCGCAAGTGTAAGAAGTGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 GAAGGGCCTTGCCGCAAAG         TGTGTAACGGAATAGGTATTGG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 236651 GAAGGGCCTTGCCGCAAAGGTA...CAGTGTGTAACGGAATAGGTATTGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 TGAATTTAAAGACTCACTCTCCATAAATGCTACGAATATTAAACACTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 237278 TGAATTTAAAGACTCACTCTCCATAAATGCTACGAATATTAAACACTTCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 AAAACTGCACCTCCATCAGTGGCGATCTCCACATCCTGCCGGTGGCATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 237328 AAAACTGCACCTCCATCAGTGGCGATCTCCACATCCTGCCGGTGGCATTT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 AGGGG         TGACTCCTTCACACATACTCCTCCTCTGGATCCACA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 237378 AGGGGGTG...CAGTGACTCCTTCACACATACTCCTCCTCTGGATCCACA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1170 GGAACTGGATATTCTGAAAACCGTAAAGGAAATCACAGGTTTGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 237518 GGAACTGGATATTCTGAAAACCGTAAAGGAAATCACAGGTTTGAGC