seq1 = pF1KE2768.tfa, 672 bp
seq2 = pF1KE2768/gi568815587f_55162268.tfa (gi568815587f:55162268_55369335), 207068 bp

>pF1KE2768 672
>gi568815587f:55162268_55369335 (Chr11)

1-44  (100001-100044)   100% ->
45-459  (102633-103047)   100% ->
460-555  (103333-103428)   98% ->
556-578  (106083-106105)   100% ->
579-672  (106975-107068)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCTCGAAGAATCATTGTGGGAACCCTTCAAAGAACCCAGCG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 100001 ATGTCTCGAAGAATCATTGTGGGAACCCTTCAAAGAACCCAGCGGTG...

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     45    AAACATGAATTCTGGAATCTCGCAAGTCTTCCAGAGGGAACTCACCT
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102630 CAGAAACATGAATTCTGGAATCTCGCAAGTCTTCCAGAGGGAACTCACCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GCCCCATCTGCATGAACTACTTCATAGACCCGGTCACCATAGACTGTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102680 GCCCCATCTGCATGAACTACTTCATAGACCCGGTCACCATAGACTGTGGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CACAGCTTTTGCAGGCCCTGTTTCTACCTCAACTGGCAAGACATCCCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102730 CACAGCTTTTGCAGGCCCTGTTTCTACCTCAACTGGCAAGACATCCCAAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TCTTACTCAGTGCTTTGAATGCATAAAGACAATACAGCAGAGAAACCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102780 TCTTACTCAGTGCTTTGAATGCATAAAGACAATACAGCAGAGAAACCTCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AAACTAACATTCGATTGAAGAAGATGGCTTCCCTTGCCAGAAAAGCCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102830 AAACTAACATTCGATTGAAGAAGATGGCTTCCCTTGCCAGAAAAGCCAGT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CTCTGGCTATTCCTGAGCTCTGAGGAGCAAATGTGTGGCATTCACAGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102880 CTCTGGCTATTCCTGAGCTCTGAGGAGCAAATGTGTGGCATTCACAGGGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GACAAAGAAGATGTTCTGTGAAGTGGACAGGAGCCTGCTCTGTTTGCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102930 GACAAAGAAGATGTTCTGTGAAGTGGACAGGAGCCTGCTCTGTTTGCTGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 GCTCCAGCTCTCAGGAGCACCGGTATCACAGACACTGTCCCGCTGAGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102980 GCTCCAGCTCTCAGGAGCACCGGTATCACAGACACTGTCCCGCTGAGTGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 GCTGCTGAGGAACACTGG         GAGAAGCTGTTAAAGAAAATGCA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||| ||||||||||||||
 103030 GCTGCTGAGGAACACTGGGTA...CAGGAGAAGCTTTTAAAGAAAATGCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GTCTTTATGGGAAAAAGCTTGTGAAAATCAGAGAAACCTGAATGTGGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103356 GTCTTTATGGGAAAAAGCTTGTGAAAATCAGAGAAACCTGAATGTGGAAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 CCACCAGAATCAGCCACTGGAAG         GCTTTTGGAGACATATTA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 103406 CCACCAGAATCAGCCACTGGAAGGTT...CAGGCTTTTGGAGACATATTA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 TACAG         GAGTGAGTCCGTGCTGCTGCACATGCCCCAGCCTCT
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106101 TACAGGTG...CAGGAGTGAGTCCGTGCTGCTGCACATGCCCCAGCCTCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GAATCTAGCGCTCAGGGCAGGGCCCATCACTGGACTGAGGGACAGGCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107011 GAATCTAGCGCTCAGGGCAGGGCCCATCACTGGACTGAGGGACAGGCTCA

    700     .
    665 ACCAATTC
        ||||||||
 107061 ACCAATTC