seq1 = pF1KE2766.tfa, 813 bp
seq2 = pF1KE2766/gi568815582f_1686536.tfa (gi568815582f:1686536_1888711), 202176 bp

>pF1KE2766 813
>gi568815582f:1686536_1888711 (Chr16)

1-16  (96486-96501)   100% ->
17-135  (100002-100120)   100% ->
136-334  (100222-100420)   99% ->
335-489  (101142-101296)   100% ->
490-600  (101406-101516)   100% ->
601-670  (101603-101672)   100% ->
671-813  (102034-102176)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGGCGGCGGCCG         AGCCTGGAAACCTGGCCGGCGTCAG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
  96486 ATGGAGGCGGCGGCCGGTG...CAGAGCCTGGAAACCTGGCCGGCGTCAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 GCACATCATCCTGGTCCTCTCAGGAAAGGGGGGCGTTGGGAAAAGCACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100027 GCACATCATCCTGGTCCTCTCAGGAAAGGGGGGCGTTGGGAAAAGCACCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TCTCCACGGAGCTGGCCCTGGCACTGCGCCATGCAGGCAAGAAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 100077 TCTCCACGGAGCTGGCCCTGGCACTGCGCCATGCAGGCAAGAAGGTG...

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    136    GTGGGAATCCTGGATGTGGACCTGTGTGGCCCCAGTATACCCCGCAT
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
 100219 CAGGTGGGAATCCTGGATGTGGACCTGTGTGGCCCCAGTATCCCCCGCAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GCTCGGGGCGCAGGGCAGGGCTGTGCACCAGTGCGACCGCGGCTGGGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100269 GCTCGGGGCGCAGGGCAGGGCTGTGCACCAGTGCGACCGCGGCTGGGCAC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CCGTCTTCCTGGACCGGGAGCAGAGCATCTCGCTCATGTCTGTGGGCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100319 CCGTCTTCCTGGACCGGGAGCAGAGCATCTCGCTCATGTCTGTGGGCTTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CTGCTGGAGAAGCCGGACGAGGCCGTGGTGTGGAGAGGCCCCAAGAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100369 CTGCTGGAGAAGCCGGACGAGGCCGTGGTGTGGAGAGGCCCCAAGAAAAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CG         CGCTGATAAAGCAGTTTGTGTCCGACGTGGCCTGGGGGG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100419 CGGTA...CAGCGCTGATAAAGCAGTTTGTGTCCGACGTGGCCTGGGGGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AGCTGGACTACCTGGTGGTGGACACGCCCCCGGGGACCTCCGATGAGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101181 AGCTGGACTACCTGGTGGTGGACACGCCCCCGGGGACCTCCGATGAGCAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 ATGGCCACCATAGAAGCCCTGCGTCCCTACCAGCCCCTGGGGGCCCTCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101231 ATGGCCACCATAGAAGCCCTGCGTCCCTACCAGCCCCTGGGGGCCCTCGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GGTCACCACGCCCCAG         GCGGTGTCCGTGGGGGACGTGAGGC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 101281 GGTCACCACGCCCCAGGTA...CAGGCGGTGTCCGTGGGGGACGTGAGGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 GCGAGCTGACCTTCTGTAGGAAGACGGGCTTGCGGGTGATGGGAATCGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101431 GCGAGCTGACCTTCTGTAGGAAGACGGGCTTGCGGGTGATGGGAATCGTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GAGAATATGAGCGGCTTCACCTGCCCACACTGCACG         GAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 101481 GAGAATATGAGCGGCTTCACCTGCCCACACTGCACGGTG...TAGGAGTG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 CACCAGCGTCTTCTCCAGGGGCGGCGGAGAGGAGCTGGCCCAGCTCGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101608 CACCAGCGTCTTCTCCAGGGGCGGCGGAGAGGAGCTGGCCCAGCTCGCCG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 GGGTGCCCTTCTTAG         GCTCCGTGCCCCTGGACCCTGCGCTC
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 101658 GGGTGCCCTTCTTAGGTG...CAGGCTCCGTGCCCCTGGACCCTGCGCTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 ATGAGGACCCTGGAGGAGGGCCACGACTTCATCCAGGAGTTCCCCGGGAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
 102060 ATGAGGACCCTGGAGGAGGGCCACGACTTCATCCAGGAGTTCCCTGGGAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 CCCCGCCTTCGCTGCACTCACCTCCATAGCCCAGAAGATTCTGGACGCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102110 CCCCGCCTTCGCTGCACTCACCTCCATAGCCCAGAAGATTCTGGACGCGA

    850     .    :    .
    797 CGCCCGCGTGCCTCCCC
        |||||||||||||||||
 102160 CGCCCGCGTGCCTCCCC