seq1 = pF1KE2758.tfa, 1962 bp
seq2 = pF1KE2758/gi568815594r_108717397.tfa (gi568815594r:108717397_109402019), 684623 bp

>pF1KE2758 1962
>gi568815594r:108717397_109402019 (Chr4)

(complement)

1-297  (100001-100297)   100% ->
298-368  (101368-101438)   100% ==
435-465  (427457-427487)   100% ->
466-492  (427627-427653)   100% ->
493-564  (460583-460654)   100% ->
565-672  (461374-461481)   100% ->
673-708  (464177-464212)   100% ->
709-735  (481416-481442)   100% ->
736-780  (483804-483848)   100% ->
781-834  (500848-500901)   100% ->
835-861  (502840-502866)   100% ->
862-906  (505309-505353)   100% ->
907-939  (512287-512319)   100% ->
940-975  (512764-512799)   100% ->
976-1020  (517798-517842)   100% ->
1021-1083  (532870-532932)   100% ->
1084-1152  (538633-538701)   100% ->
1153-1197  (539475-539519)   100% ->
1198-1242  (541049-541093)   100% ->
1243-1322  (542287-542368)   96% ->
1323-1344  (549097-549118)   100% ->
1345-1389  (549740-549784)   100% ->
1390-1434  (553217-553261)   100% ->
1435-1515  (555801-555881)   100% ->
1516-1578  (556769-556831)   100% ->
1579-1629  (557451-557501)   100% ->
1630-1656  (560299-560325)   100% ->
1657-1710  (569587-569640)   100% ->
1711-1764  (574832-574885)   100% ->
1765-1791  (576798-576824)   100% ->
1792-1845  (577793-577846)   100% ->
1846-1923  (582691-582768)   100% ->
1924-1962  (584585-584623)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTGCTGAAGAAGCACGCAGGGAAAGGAGGGGGCCGGGAGCCCAGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCTGCTGAAGAAGCACGCAGGGAAAGGAGGGGGCCGGGAGCCCAGATC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGAGGACCCGACCCCTGCCGAACAGCATTGTGCCCGGACCATGCCCCCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGAGGACCCGACCCCTGCCGAACAGCATTGTGCCCGGACCATGCCCCCGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GTGCCGTCCTGGCGGCCCTCCTGTCAGTGGTGGCCGTGGTGTCTTGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GTGCCGTCCTGGCGGCCCTCCTGTCAGTGGTGGCCGTGGTGTCTTGCCTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TACCTGGGTGTGAAAACCAACGACCTCCAGGCGAGGATCGCCGCTCTCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TACCTGGGTGTGAAAACCAACGACCTCCAGGCGAGGATCGCCGCTCTCGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 ATCCGCCAAAGGGGCCCCTTCCATTCATCTGCTGCCTGATACCCTGGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 ATCCGCCAAAGGGGCCCCTTCCATTCATCTGCTGCCTGATACCCTGGATC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 ACCTCAAGACTATGGTGCAAGAGAAAGTGGAGCGACTTCTGGCTCAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 100251 ACCTCAAGACTATGGTGCAAGAGAAAGTGGAGCGACTTCTGGCTCAGGTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    298       AAATCCTATGAACATATGGCTAAAATAAGAATCGCAAGAGAAGC
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 ...CAGAAATCCTATGAACATATGGCTAAAATAAGAATCGCAAGAGAAGC

    350     .    :    .    :    .
    342 ACCTTCAGAATGTAACTGCCCAGCAGG
        |||||||||||||||||||||||||||
 101412 ACCTTCAGAATGTAACTGCCCAGCAGG

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    435 TCAGGGCCCTCCTGGTCCAAAAGGCGATAAG         GGAGAACAAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 427457 TCAGGGCCCTCCTGGTCCAAAAGGCGATAAGGTA...CAGGGAGAACAAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    476 GTGATCAGGGACCTAGG         ATGGTGTTTCCTAAAATCAATCAT
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 427637 GTGATCAGGGACCTAGGGTA...CAGATGGTGTTTCCTAAAATCAATCAT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    517 GGGTTTCTCTCTGCTGATCAGCAGCTCATTAAACGCCGCCTGATTAAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 460607 GGGTTTCTCTCTGCTGATCAGCAGCTCATTAAACGCCGCCTGATTAAGGT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565        GGTGACCAAGGACAGGCAGGGCCTCCAGGACCCCCTGGCCCTC
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 460657 A...CAGGGTGACCAAGGACAGGCAGGGCCTCCAGGACCCCCTGGCCCTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    608 CAGGCCCAAGAGGGCCACCTGGGGACACAGGGAAAGATGGCCCCCGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 461417 CAGGCCCAAGAGGGCCACCTGGGGACACAGGGAAAGATGGCCCCCGTGGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    658 ATGCCAGGAGTACCC         GGTGAACCAGGAAAGCCAGGAGAACA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 461467 ATGCCAGGAGTACCCGTG...AAGGGTGAACCAGGAAAGCCAGGAGAACA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    699 AGGCTTGATG         GGTCCTCTAGGGCCTCCGGGACAAAAG    
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||>>>.
 464203 AGGCTTGATGGCA...TAGGGTCCTCTAGGGCCTCCGGGACAAAAGGTA.

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    736      GGTTCTATTGGAGCACCTGGAATTCCAGGGATGAATGGGCAAAAG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 481447 ..TAGGGTTCTATTGGAGCACCTGGAATTCCAGGGATGAATGGGCAAAAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    781          GGTGAGCCCGGGTTGCCTGGAGCAGTAGGACAGAATGGAAT
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 483849 GTG...GAGGGTGAGCCCGGGTTGCCTGGAGCAGTAGGACAGAATGGAAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    822 ACCAGGACCTAAG         GGAGAACCTGGAGAACAAGGTGAAAAG 
        |||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||>
 500889 ACCAGGACCTAAGGTT...CAGGGAGAACCTGGAGAACAAGGTGAAAAGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    862         GGAGACGCTGGAGAGAACGGCCCCAAGGGTGACACAGGCGAA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 502868 TA...CAGGGAGACGCTGGAGAGAACGGCCCCAAGGGTGACACAGGCGAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    904 AAG         GGTGACCCTGGATCATCTGCTGCAGGAATTAAG     
        |||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 505351 AAGGTA...TAGGGTGACCCTGGATCATCTGCTGCAGGAATTAAGGTA..

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    940     GGAGAACCTGGGGAATCTGGTCGTCCAGGGCAAAAG         G
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 512325 .CAGGGAGAACCTGGGGAATCTGGTCGTCCAGGGCAAAAGGTA...TAGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    977 GTGAACCAGGGCTTCCTGGGCTTCCTGGACTTCCGGGGATAAAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 517799 GTGAACCAGGGCTTCCTGGGCTTCCTGGACTTCCGGGGATAAAGGTA...

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1021    GGAGAACCAGGTTTCATTGGTCCTCAAGGAGAACCAGGCTTACCAGG
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 532867 AAGGGAGAACCAGGTTTCATTGGTCCTCAAGGAGAACCAGGCTTACCAGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1068 TTTACCAGGAACAAAA         GGTGAACGGGGGGAAGCAGGGCCTC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 532917 TTTACCAGGAACAAAAGTA...CAGGGTGAACGGGGGGAAGCAGGGCCTC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1109 CTGGAAGAGGTGAGCGAGGGGAACCTGGAGCCCCCGGACCAAAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 538658 CTGGAAGAGGTGAGCGAGGGGAACCTGGAGCCCCCGGACCAAAGGTG...

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1153    GGGAAACAAGGTGAATCAGGAACTAGAGGCCCAAAGGGGTCAAAG  
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 539472 TAGGGGAAACAAGGTGAATCAGGAACTAGAGGCCCAAAGGGGTCAAAGGT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1198        GGGGATCGTGGAGAAAAAGGGGACTCTGGAGCTCAGGGACCAA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 539522 C...AAGGGGGATCGTGGAGAAAAAGGGGACTCTGGAGCTCAGGGACCAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1241 GG         GGTCCACCTGGTCAAAAAGGGGATCAAGGAGCCACTGAG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 541092 GGGTG...TAGGGTCCACCTGGTCAAAAAGGGGATCAAGGAGCCACTGAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1282 ATCATAGACTACAACGGCAACCTCCACGAAGCCTTACAG  AG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||--| >>>...>
 542326 ATCATAGACTACAACGGCAACCTCCACGAAGCCTTACAGGCAAGTG...G

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1323   GATTACCACCTTAACTGTCACG         GGTCCCCCTGGACCTCC
        >>||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 549095 AGGATTACCACCTTAACTGTCACGGTA...TAGGGTCCCCCTGGACCTCC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1362 TGGACCTCAAGGACTACAAGGGCCAAAG         GGAGAGCAGGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 549757 TGGACCTCAAGGACTACAAGGGCCAAAGGTT...TAGGGAGAGCAGGGAT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1403 CTCCAGGAATCCCAGGAATGGATGGAGAGCAG         GGACTCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 553230 CTCCAGGAATCCCAGGAATGGATGGAGAGCAGGTA...TAGGGACTCAAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1444 GGCTCAAAGGGAGACATGGGGGACCCAGGTATGACAGGTGAAAAAGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 555810 GGCTCAAAGGGAGACATGGGGGACCCAGGTATGACAGGTGAAAAAGGAGG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1494 AATTGGACTTCCTGGATTACCG         GGAGCCAATGGAATGAAAG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 555860 AATTGGACTTCCTGGATTACCGGTA...TAGGGAGCCAATGGAATGAAAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1535 GAGAAAAAGGAGATTCTGGAATGCCGGGTCCACAGGGTCCTTCT      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 556788 GAGAAAAAGGAGATTCTGGAATGCCGGGTCCACAGGGTCCTTCTGTA...

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1579    ATCATAGGCCCACCAGGCCCACCAGGTCCCCATGGCCCACCTGGCCC
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 557448 CAGATCATAGGCCCACCAGGCCCACCAGGTCCCCATGGCCCACCTGGCCC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1626 CATG         GGACCTCATGGACTTCCTGGACCAAAG         G
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 557498 CATGGTA...CAGGGACCTCATGGACTTCCTGGACCAAAGGTA...TAGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1658 GTACAGATGGTCCTATGGGACCCCATGGCCCTGCAGGTCCCAAAGGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 569588 GTACAGATGGTCCTATGGGACCCCATGGCCCTGCAGGTCCCAAAGGAGAA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1708 AGA         GGTGAAAAAGGAGCTATGGGAGAGCCTGGACCAAGAGG
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 569638 AGAGTA...TAGGGTGAAAAAGGAGCTATGGGAGAGCCTGGACCAAGAGG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1749 GCCCTATGGGCTGCCT         GGGAAAGATGGAGAGCCTGGTCTTG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 574870 GCCCTATGGGCTGCCTGTG...CAGGGGAAAGATGGAGAGCCTGGTCTTG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1790 AT         GGCTTCCCTGGTCCACGGGGTGAGAAGGGTGATCTAGGA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 576823 ATGTA...CAGGGCTTCCCTGGTCCACGGGGTGAGAAGGGTGATCTAGGA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1831 GAAAAGGGAGAAAAG         GGATTCCGTGGCGTTAAGGGGGAAAA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 577832 GAAAAGGGAGAAAAGGTG...CAGGGATTCCGTGGCGTTAAGGGGGAAAA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1872 AGGGGAGCCAGGCCAGCCTGGCCTGGATGGGCTGGATGCCCCTTGCCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 582717 AGGGGAGCCAGGCCAGCCTGGCCTGGATGGGCTGGATGCCCCTTGCCAAT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1922 TG         GGGCCAGATGGCTTACCCATGCCTGGCTGTTGGCAAAAG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 582767 TGGTA...CAGGGGCCAGATGGCTTACCCATGCCTGGCTGTTGGCAAAAG