seq1 = pF1KE2755.tfa, 399 bp
seq2 = pF1KE2755/gi568815595f_191112533.tfa (gi568815595f:191112533_191350118), 237586 bp

>pF1KE2755 399
>gi568815595f:191112533_191350118 (Chr3)

1-102  (100001-100102)   100% ->
103-330  (106215-106438)   97% <-
331-399  (137518-137586)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTGGACTGGAGATTGGCAAGTGCACATTTCATCCTGGCTGTGACACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCTGGACTGGAGATTGGCAAGTGCACATTTCATCCTGGCTGTGACACT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GACACTGTGGAGCTCAGGAAAAGTCCTCTCAGTAGATGTAACAACAACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GACACTGTGGAGCTCAGGAAAAGTCCTCTCAGTAGATGTAACAACAACAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AG         GCCTTTGATTCTGGAGTCATAGATGTGCAGTCAACACCC
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGGTA...TAGGCCTTTGATTCTGGAGTCATAGATGTGCAGTCAACACCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ACAGTCAGGGAAGAGAAATCAGCCACTGACCTGACAGCAAAACTCTTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106254 ACAGTCAGGGAAGAGAAATCAGCCACTGACCTGACAGCAAAACTCTTGCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TCTTGATGAATTGGTGTCCCTAGAAAATGATGTGATTGAGACAAAGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106304 TCTTGATGAATTGGTGTCCCTAGAAAATGATGTGATTGAGACAAAGAAGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AAAGGAGTTTCTCTGGTTTTGGGTCTCCCCTTGACAGACTCTCAGCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106354 AAAGGAGTTTCTCTGGTTTTGGGTCTCCCCTTGACAGACTCTCAGCTGGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 TCTGTAGATCACAAAGGTAAACAGAGGAAAGTAGTAGAT         CA
        ||||||||||||||||||||||||||| ||||-|-|-|-<<<...<<<||
 106404 TCTGTAGATCACAAAGGTAAACAGAGGTAAGT G A A CTC...GATCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TCCAAAAAGGCGATTTGGTATCCCCATGGATCGGATTGGTAGAAACCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137520 TCCAAAAAGGCGATTTGGTATCCCCATGGATCGGATTGGTAGAAACCGGC

    400     .    :    .
    383 TTTCAAATTCCAGAGGC
        |||||||||||||||||
 137570 TTTCAAATTCCAGAGGC