seq1 = pF1KE2747.tfa, 2598 bp
seq2 = pF1KE2747/gi568815594f_169535929.tfa (gi568815594f:169535929_169820062), 284134 bp

>pF1KE2747 2598
>gi568815594f:169535929_169820062 (Chr4)

1-160  (100001-100160)   100% ->
161-318  (144122-144279)   100% ->
319-418  (151730-151829)   100% ->
419-606  (153115-153302)   100% ->
607-729  (154602-154724)   100% ->
730-936  (156186-156392)   100% ->
937-1017  (159684-159764)   100% ->
1018-1563  (161261-161806)   100% ->
1564-1750  (168070-168256)   99% ->
1751-2149  (170940-171338)   100% ->
2150-2366  (177151-177367)   100% ->
2367-2442  (181864-181939)   100% ->
2443-2598  (183979-184134)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGTCTGAGCAGCTGTTCCATAGAGGCTACTATAGAAACAGCTACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGTCTGAGCAGCTGTTCCATAGAGGCTACTATAGAAACAGCTACAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAGTATAACAAGTGCAAGTAGTGATGAGGAACTTTTAGATGGAGCAGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CAGTATAACAAGTGCAAGTAGTGATGAGGAACTTTTAGATGGAGCAGGTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TTATTATGGACTTTCAAACATCTGAAGATGACAATTTATTAGATGGTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TTATTATGGACTTTCAAACATCTGAAGATGACAATTTATTAGATGGTGAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ACTGCAGTTG         GAACTCATTATACAATGACAAATGGAGGCAG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 ACTGCAGTTGGTA...TAGGAACTCATTATACAATGACAAATGGAGGCAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CATTAACAGTTCTACACATTTACTGGATCTTTTGGATGAACCAATTCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144153 CATTAACAGTTCTACACATTTACTGGATCTTTTGGATGAACCAATTCCAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GTGTTGGTACATATGATGATTTCCATACTATTGATTGGGTGCGAGAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144203 GTGTTGGTACATATGATGATTTCCATACTATTGATTGGGTGCGAGAAAAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 TGTAAAGACAGAGAAAGGCATAGACGG         ATCAACAGCAAAAA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 144253 TGTAAAGACAGAGAAAGGCATAGACGGGTA...CAGATCAACAGCAAAAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GAAAGAATCAGCATGGGAAATGACAAAAAGTTTGTATGATGCGTGGTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151744 GAAAGAATCAGCATGGGAAATGACAAAAAGTTTGTATGATGCGTGGTCAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GATGGCTAGTAGTAACACTAACAGGATTGGCATCAG         GGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 151794 GATGGCTAGTAGTAACACTAACAGGATTGGCATCAGGTA...TAGGGGCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CTGGCCGGATTAATAGACATTGCTGCCGATTGGATGACTGACCTAAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153120 CTGGCCGGATTAATAGACATTGCTGCCGATTGGATGACTGACCTAAAGGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GGGCATTTGCCTTAGTGCGTTGTGGTACAACCACGAACAGTGCTGTTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153170 GGGCATTTGCCTTAGTGCGTTGTGGTACAACCACGAACAGTGCTGTTGGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 GATCTAATGAAACAACATTTGAAGAGAGGGATAAATGTCCACAGTGGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153220 GATCTAATGAAACAACATTTGAAGAGAGGGATAAATGTCCACAGTGGAAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 ACATGGGCAGAATTAATCATAGGTCAAGCAGAG         GGTCCTGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 153270 ACATGGGCAGAATTAATCATAGGTCAAGCAGAGGTA...TAGGGTCCTGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TTCTTATATCATGAACTACATAATGTACATCTTCTGGGCCTTGAGTTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154610 TTCTTATATCATGAACTACATAATGTACATCTTCTGGGCCTTGAGTTTTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 CCTTTCTTGCAGTTTCCCTGGTAAAGGTATTTGCTCCATATGCCTGTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154660 CCTTTCTTGCAGTTTCCCTGGTAAAGGTATTTGCTCCATATGCCTGTGGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 TCTGGAATTCCAGAG         ATTAAAACTATTTTAAGTGGATTCAT
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 154710 TCTGGAATTCCAGAGGTA...TAGATTAAAACTATTTTAAGTGGATTCAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CATCAGAGGTTACTTGGGAAAATGGACTTTAATGATTAAAACCATCACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156212 CATCAGAGGTTACTTGGGAAAATGGACTTTAATGATTAAAACCATCACAT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 TAGTCCTGGCTGTGGCATCAGGTTTGAGTTTAGGAAAAGAAGGTCCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156262 TAGTCCTGGCTGTGGCATCAGGTTTGAGTTTAGGAAAAGAAGGTCCCCTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 GTACATGTTGCCTGTTGCTGCGGAAATATCTTTTCCTACCTCTTTCCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156312 GTACATGTTGCCTGTTGCTGCGGAAATATCTTTTCCTACCTCTTTCCAAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 GTATAGCACAAACGAAGCTAAAAAAAGGGAG         GTGCTATCAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 156362 GTATAGCACAAACGAAGCTAAAAAAAGGGAGGTA...TAGGTGCTATCAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 CTGCCTCAGCTGCAGGGGTTTCTGTAGCTTTTGGTGCACCAATTGGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159694 CTGCCTCAGCTGCAGGGGTTTCTGTAGCTTTTGGTGCACCAATTGGAGGA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 GTTCTTTTTAGCCTGGAAGAG         GTTAGCTATTATTTTCCTCT
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 159744 GTTCTTTTTAGCCTGGAAGAGGTA...TAGGTTAGCTATTATTTTCCTCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 CAAAACTTTATGGAGATCATTTTTTGCTGCTTTAGTGGCTGCATTTGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161281 CAAAACTTTATGGAGATCATTTTTTGCTGCTTTAGTGGCTGCATTTGTTT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 TGAGGTCCATCAATCCATTTGGTAACAGCCGTCTGGTCCTTTTTTATGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161331 TGAGGTCCATCAATCCATTTGGTAACAGCCGTCTGGTCCTTTTTTATGTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 GAGTATCATACACCATGGTACCTTTTTGAACTGTTTCCTTTTATTCTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161381 GAGTATCATACACCATGGTACCTTTTTGAACTGTTTCCTTTTATTCTTCT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 AGGGGTATTTGGAGGGCTTTGGGGAGCCTTTTTCATTAGGGCAAATATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161431 AGGGGTATTTGGAGGGCTTTGGGGAGCCTTTTTCATTAGGGCAAATATTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 CCTGGTGTCGTCGACGCAAGTCCACGAAATTTGGAAAGTATCCCGTTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161481 CCTGGTGTCGTCGACGCAAGTCCACGAAATTTGGAAAGTATCCCGTTCTG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 GAAGTCATTATTGTTGCAGCCATTACTGCTGTGATAGCCTTCCCTAATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161531 GAAGTCATTATTGTTGCAGCCATTACTGCTGTGATAGCCTTCCCTAATCC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1338 ATACACTAGGCTAAACACCAGTGAACTGATCAAAGAGCTTTTTACAGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161581 ATACACTAGGCTAAACACCAGTGAACTGATCAAAGAGCTTTTTACAGACT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1388 GTGGTCCCCTGGAATCCTCTTCTCTTTGTGACTACAGAAATGACATGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161631 GTGGTCCCCTGGAATCCTCTTCTCTTTGTGACTACAGAAATGACATGAAT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1438 GCCAGTAAAATTGTCGATGACATTCCTGATCGTCCAGCAGGCATTGGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161681 GCCAGTAAAATTGTCGATGACATTCCTGATCGTCCAGCAGGCATTGGAGT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1488 ATATTCAGCTATATGGCAGTTATGCCTGGCACTCATATTTAAAATCATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161731 ATATTCAGCTATATGGCAGTTATGCCTGGCACTCATATTTAAAATCATAA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1538 TGACAGTATTCACTTTTGGCATCAAG         GTTCCATCAGGCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 161781 TGACAGTATTCACTTTTGGCATCAAGGTA...TAGGTTCCATCAGGCTTG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1579 TTCATCCCCAGCATGGCCATTGGAGCCATCGCAGGAAGGATTGTGGGGAT
        |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
 168085 TTCATCCCCAGCATGGCCATTGGAGCGATCGCAGGAAGGATTGTGGGGAT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1629 TGCGGTGGAGCAGCTTGCCTACTATCACCACGACTGGTTTATCTTTAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168135 TGCGGTGGAGCAGCTTGCCTACTATCACCACGACTGGTTTATCTTTAAGG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1679 AGTGGTGTGAGGTCGGGGCTGATTGCATTACACCTGGCCTTTATGCCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168185 AGTGGTGTGAGGTCGGGGCTGATTGCATTACACCTGGCCTTTATGCCATG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1729 GTTGGTGCTGCTGCATGCTTAG         GTGGTGTGACAAGAATGAC
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 168235 GTTGGTGCTGCTGCATGCTTAGGTA...CAGGTGGTGTGACAAGAATGAC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1770 TGTCTCCCTGGTGGTTATTGTTTTTGAGCTTACTGGAGGCTTGGAATATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170959 TGTCTCCCTGGTGGTTATTGTTTTTGAGCTTACTGGAGGCTTGGAATATA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1820 TTGTTCCCCTTATGGCTGCAGTCATGACCAGTAAATGGGTTGGAGATGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171009 TTGTTCCCCTTATGGCTGCAGTCATGACCAGTAAATGGGTTGGAGATGCC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1870 TTTGGCAGGGAAGGCATTTATGAAGCACACATCCGATTAAATGGATACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171059 TTTGGCAGGGAAGGCATTTATGAAGCACACATCCGATTAAATGGATACCC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1920 TTTCTTGGATGCAAAAGAAGAATTCACTCATACCACCCTGGCTGCTGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171109 TTTCTTGGATGCAAAAGAAGAATTCACTCATACCACCCTGGCTGCTGACG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1970 TTATGAGACCTCGAAGGAATGATCCTCCCTTAGCTGTCCTGACACAGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171159 TTATGAGACCTCGAAGGAATGATCCTCCCTTAGCTGTCCTGACACAGGAC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2020 AATATGACAGTGGATGATATAGAAAACATGATTAATGAAACCAGCTACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171209 AATATGACAGTGGATGATATAGAAAACATGATTAATGAAACCAGCTACAA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2070 TGGATTTCCTGTCATAATGTCAAAAGAATCTCAGAGATTAGTGGGATTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171259 TGGATTTCCTGTCATAATGTCAAAAGAATCTCAGAGATTAGTGGGATTTG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2120 CCCTCAGAAGAGACCTGACAATTGCAATAG         AAAGTGCCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 171309 CCCTCAGAAGAGACCTGACAATTGCAATAGGTA...CAGAAAGTGCCAGG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2161 AAAAAACAAGAAGGTATCGTTGGCAGTTCTCGGGTGTGTTTTGCACAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 177162 AAAAAACAAGAAGGTATCGTTGGCAGTTCTCGGGTGTGTTTTGCACAGCA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2211 CACCCCATCTCTTCCAGCAGAAAGTCCTCGGCCATTGAAGCTTCGAAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 177212 CACCCCATCTCTTCCAGCAGAAAGTCCTCGGCCATTGAAGCTTCGAAGCA

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2261 TTCTTGACATGAGCCCTTTTACAGTGACAGACCACACCCCAATGGAGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 177262 TTCTTGACATGAGCCCTTTTACAGTGACAGACCACACCCCAATGGAGATC

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2311 GTGGTGGATATTTTCCGAAAGCTGGGACTGAGGCAGTGCCTTGTAACTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 177312 GTGGTGGATATTTTCCGAAAGCTGGGACTGAGGCAGTGCCTTGTAACTCA

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2361 CAATGG         GATTGTCTTGGGGATCATCACAAAGAAGAACATAT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 177362 CAATGGGTA...CAGGATTGTCTTGGGGATCATCACAAAGAAGAACATAT

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2402 TAGAGCATCTCGAGCAACTAAAGCAGCACGTCGAACCCTTG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 181899 TAGAGCATCTCGAGCAACTAAAGCAGCACGTCGAACCCTTGGTG...CAG

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2443 GCGCCTCCTTGGCATTATAACAAAAAAAGATATCCTCCGGCATATGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 183979 GCGCCTCCTTGGCATTATAACAAAAAAAGATATCCTCCGGCATATGGCCC

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2493 AGACGGCAAACCAAGACCCCGCTTCAATAATGTTCAACTGAATCTCACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 184029 AGACGGCAAACCAAGACCCCGCTTCAATAATGTTCAACTGAATCTCACAG

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2543 ATGAGGAGAGAGAAGAAACGGAAGAGGAAGTTTATTTGTTGAATAGCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 184079 ATGAGGAGAGAGAAGAAACGGAAGAGGAAGTTTATTTGTTGAATAGCACA

   2700     .
   2593 ACTCTT
        ||||||
 184129 ACTCTT