seq1 = pF1KE2746.tfa, 1761 bp
seq2 = pF1KE2746/gi568815575r_54909183.tfa (gi568815575r:54909183_55126000), 216818 bp

>pF1KE2746 1761
>gi568815575r:54909183_55126000 (ChrX)

(complement)

1-181  (100001-100181)   100% ->
182-304  (101161-101283)   100% ->
305-415  (102134-102244)   100% ->
416-638  (104727-104949)   100% ->
639-823  (105497-105681)   100% ->
824-1003  (108336-108515)   100% ->
1004-1168  (110259-110423)   100% ->
1169-1437  (110986-111254)   100% ->
1438-1600  (112353-112515)   100% ->
1601-1761  (116658-116818)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTGACTGCAGCCATGCTGCTACAGTGCTGCCCAGTGCTTGCCCGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGTGACTGCAGCCATGCTGCTACAGTGCTGCCCAGTGCTTGCCCGGGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCCCACAAGCCTCCTAGGCAAGGTGGTTAAGACTCACCAGTTCCTGTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCCCACAAGCCTCCTAGGCAAGGTGGTTAAGACTCACCAGTTCCTGTTTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GTATTGGACGCTGTCCCATCCTGGCTACCCAAGGACCAAACTGTTCTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GTATTGGACGCTGTCCCATCCTGGCTACCCAAGGACCAAACTGTTCTCAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ATCCACCTTAAGGCAACAAAGGCTGGAGGAG         ATTCTCCATC
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 100151 ATCCACCTTAAGGCAACAAAGGCTGGAGGAGGTA...TAGATTCTCCATC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TTGGGCGAAGGGCCACTGTCCCTTCATGCTGTCGGAACTCCAGGATGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101171 TTGGGCGAAGGGCCACTGTCCCTTCATGCTGTCGGAACTCCAGGATGGGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AGAGCAAGATTGTGCAGAAGGCAGCCCCAGAAGTCCAGGAAGATGTGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101221 AGAGCAAGATTGTGCAGAAGGCAGCCCCAGAAGTCCAGGAAGATGTGAAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GCTTTCAAGACAG         ATCTGCCTAGCTCCCTGGTCTCAGTCAG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 101271 GCTTTCAAGACAGGTT...CAGATCTGCCTAGCTCCCTGGTCTCAGTCAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CCTAAGGAAGCCATTTTCCGGTCCCCAGGAGCAGGAGCAGATCTCTGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102162 CCTAAGGAAGCCATTTTCCGGTCCCCAGGAGCAGGAGCAGATCTCTGGGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AGGTCACACACCTGATTCAGAACAATATGCCTG         GAAACTAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 102212 AGGTCACACACCTGATTCAGAACAATATGCCTGGTG...CAGGAAACTAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GTCTTCAGTTATGACCAGTTTTTCAGGGACAAGATCATGGAGAAGAAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104735 GTCTTCAGTTATGACCAGTTTTTCAGGGACAAGATCATGGAGAAGAAACA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GGATCACACCTACCGTGTGTTCAAGACTGTGAACCGCTGGGCTGATGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104785 GGATCACACCTACCGTGTGTTCAAGACTGTGAACCGCTGGGCTGATGCAT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 ATCCCTTTGCCCAACATTTCTCTGAGGCATCTGTGGCCTCAAAGGATGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104835 ATCCCTTTGCCCAACATTTCTCTGAGGCATCTGTGGCCTCAAAGGATGTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 TCCGTCTGGTGTAGTAATGATTACCTGGGCATGAGCCGACACCCTCAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104885 TCCGTCTGGTGTAGTAATGATTACCTGGGCATGAGCCGACACCCTCAGGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 CTTGCAAGCCACACA         GGAGACCCTGCAGCGTCATGGTGCTG
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 104935 CTTGCAAGCCACACAGTG...CAGGGAGACCCTGCAGCGTCATGGTGCTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 GAGCTGGTGGCACCCGCAACATCTCAGGCACCAGTAAGTTTCATGTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105523 GAGCTGGTGGCACCCGCAACATCTCAGGCACCAGTAAGTTTCATGTGGAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 CTTGAGCAGGAGCTGGCTGAGCTGCACCAGAAGGACTCAGCCCTGCTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105573 CTTGAGCAGGAGCTGGCTGAGCTGCACCAGAAGGACTCAGCCCTGCTCTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 CTCCTCCTGCTTTGTTGCCAATGACTCTACTCTCTTCACCTTGGCCAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105623 CTCCTCCTGCTTTGTTGCCAATGACTCTACTCTCTTCACCTTGGCCAAGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 TCCTGCCAG         GGTGCGAGATTTACTCAGACGCAGGCAACCAT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 105673 TCCTGCCAGGTA...CAGGGTGCGAGATTTACTCAGACGCAGGCAACCAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 GCTTCCATGATCCAAGGTATCCGTAACAGTGGAGCAGCCAAGTTTGTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108368 GCTTCCATGATCCAAGGTATCCGTAACAGTGGAGCAGCCAAGTTTGTCTT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 CAGGCACAATGACCCTGACCACCTAAAGAAACTTCTAGAGAAGTCTAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108418 CAGGCACAATGACCCTGACCACCTAAAGAAACTTCTAGAGAAGTCTAACC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 CTAAGATACCCAAAATTGTGGCCTTTGAGACTGTCCACTCCATGGATG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 108468 CTAAGATACCCAAAATTGTGGCCTTTGAGACTGTCCACTCCATGGATGGT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1004        GTGCCATCTGTCCCCTCGAGGAGTTGTGTGATGTGTCCCACCA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108518 A...CAGGTGCCATCTGTCCCCTCGAGGAGTTGTGTGATGTGTCCCACCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 GTATGGGGCCCTGACCTTCGTGGATGAGGTCCATGCTGTAGGACTGTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110302 GTATGGGGCCCTGACCTTCGTGGATGAGGTCCATGCTGTAGGACTGTATG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 GGTCCCGGGGCGCTGGGATTGGGGAGCGTGATGGAATTATGCATAAGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110352 GGTCCCGGGGCGCTGGGATTGGGGAGCGTGATGGAATTATGCATAAGATT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 GACATCATCTCTGGAACTCTTG         GCAAGGCCTTTGGCTGTGT
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 110402 GACATCATCTCTGGAACTCTTGGTA...CAGGCAAGGCCTTTGGCTGTGT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 GGGCGGCTACATTGCCAGCACCCGTGACTTGGTGGACATGGTGCGCTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111005 GGGCGGCTACATTGCCAGCACCCGTGACTTGGTGGACATGGTGCGCTCCT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 ATGCTGCAGGCTTCATCTTTACCACTTCTCTGCCCCCCATGGTGCTCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111055 ATGCTGCAGGCTTCATCTTTACCACTTCTCTGCCCCCCATGGTGCTCTCT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 GGAGCTCTAGAATCTGTGCGGCTGCTCAAGGGAGAGGAGGGCCAAGCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111105 GGAGCTCTAGAATCTGTGCGGCTGCTCAAGGGAGAGGAGGGCCAAGCCCT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1338 GAGGCGAGCCCACCAGCGCAATGTCAAGCACATGCGCCAGCTACTCATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111155 GAGGCGAGCCCACCAGCGCAATGTCAAGCACATGCGCCAGCTACTCATGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1388 ACAGGGGCCTTCCTGTCATCCCCTGCCCCAGCCACATCATCCCCATCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111205 ACAGGGGCCTTCCTGTCATCCCCTGCCCCAGCCACATCATCCCCATCCGG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1438          GTGGGCAATGCAGCACTCAACAGCAAGCTCTGTGATCTCCT
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111255 GTG...CAGGTGGGCAATGCAGCACTCAACAGCAAGCTCTGTGATCTCCT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1479 GCTCTCCAAGCATGGCATCTATGTGCAGGCCATCAACTACCCAACTGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112394 GCTCTCCAAGCATGGCATCTATGTGCAGGCCATCAACTACCCAACTGTCC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1529 CCCGGGGTGAAGAGCTCCTGCGCTTGGCACCCTCCCCCCACCACAGCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112444 CCCGGGGTGAAGAGCTCCTGCGCTTGGCACCCTCCCCCCACCACAGCCCT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1579 CAGATGATGGAAGATTTTGTGG         AGAAGCTGCTGCTGGCTTG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 112494 CAGATGATGGAAGATTTTGTGGGTA...CAGAGAAGCTGCTGCTGGCTTG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1620 GACTGCGGTGGGGCTGCCCCTCCAGGATGTGTCTGTGGCTGCCTGCAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116677 GACTGCGGTGGGGCTGCCCCTCCAGGATGTGTCTGTGGCTGCCTGCAATT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1670 TCTGTCGCCGTCCTGTACACTTTGAGCTCATGAGTGAGTGGGAACGTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116727 TCTGTCGCCGTCCTGTACACTTTGAGCTCATGAGTGAGTGGGAACGTTCC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :
   1720 TACTTCGGGAACATGGGGCCCCAGTATGTCACCACCTATGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116777 TACTTCGGGAACATGGGGCCCCAGTATGTCACCACCTATGCC