seq1 = pF1KE2741.tfa, 1077 bp
seq2 = pF1KE2741/gi568815589f_97956809.tfa (gi568815589f:97956809_98183037), 226229 bp

>pF1KE2741 1077
>gi568815589f:97956809_98183037 (Chr9)

1-132  (100001-100132)   99% ->
133-348  (103974-104189)   99% ->
349-448  (120110-120209)   100% ->
449-603  (121385-121539)   100% ->
604-870  (124008-124274)   100% ->
871-1077  (126038-126244)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCGCTGGAGCTGGAGCTGTGTCCCGGGCGCTGGGTGGGCGGGCAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCGCTGGAGCTGGAGCTGTGTCCCGGGCGCTGGGTGGGCGGGCAACA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCCGTGCTTCATCATTGCCGAGATCGGCCAGAACCACCAGGGCGACCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCCGTGCTTCATCATTGCCGAGATCGGCCAGAACCACCAGGGCGACCTGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ATGTAGCCAAGCGCATGATCCGCATGGCCAAG         GAGTGTGGG
        | ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 100101 ACGTAGCCAAGCGCATGATCCGCATGGCCAAGGTG...TAGGAGTGTGGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GCTGATTGTGCCAAGTTCCAGAAGAGTGAGCTAGAATTCAAGTTTAATCG
        ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103983 GCTGATTGTGCTAAGTTCCAGAAGAGTGAGCTAGAATTCAAGTTTAATCG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GAAAGCCTTGGAGAGGCCATACACCTCGAAGCATTCCTGGGGGAAGACGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104033 GAAAGCCTTGGAGAGGCCATACACCTCGAAGCATTCCTGGGGGAAGACGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ACGGGGAGCACAAACGACATCTGGAGTTCAGCCATGACCAGTACAGGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104083 ACGGGGAGCACAAACGACATCTGGAGTTCAGCCATGACCAGTACAGGGAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CTGCAGAGGTACGCCGAGGAGGTTGGGATCTTCTTCACTGCCTCTGGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104133 CTGCAGAGGTACGCCGAGGAGGTTGGGATCTTCTTCACTGCCTCTGGCAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GGATGAG         ATGGCAGTTGAATTCCTGCATGAACTGAATGTTC
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104183 GGATGAGGTG...TAGATGGCAGTTGAATTCCTGCATGAACTGAATGTTC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CATTTTTCAAAGTTGGATCTGGAGACACTAATAATTTTCCTTATCTGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120144 CATTTTTCAAAGTTGGATCTGGAGACACTAATAATTTTCCTTATCTGGAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 AAGACAGCCAAAAAAG         GTCGCCCAATGGTGATCTCCAGTGG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 120194 AAGACAGCCAAAAAAGGTA...CAGGTCGCCCAATGGTGATCTCCAGTGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GATGCAGTCAATGGACACCATGAAGCAAGTTTATCAGATCGTGAAGCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121410 GATGCAGTCAATGGACACCATGAAGCAAGTTTATCAGATCGTGAAGCCCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TCAACCCCAACTTCTGCTTCTTGCAGTGTACCAGCGCATACCCGCTCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121460 TCAACCCCAACTTCTGCTTCTTGCAGTGTACCAGCGCATACCCGCTCCAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 CCTGAGGACGTCAACCTGCGGGTCATCTCG         GAATATCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 121510 CCTGAGGACGTCAACCTGCGGGTCATCTCGGTG...AAGGAATATCAGAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GCTCTTTCCTGACATTCCCATAGGGTATTCTGGGCATGAAACAGGCATAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124019 GCTCTTTCCTGACATTCCCATAGGGTATTCTGGGCATGAAACAGGCATAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 CGATATCTGTGGCCGCAGTGGCTCTGGGGGCCAAGGTGTTGGAACGTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124069 CGATATCTGTGGCCGCAGTGGCTCTGGGGGCCAAGGTGTTGGAACGTCAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 ATAACTTTGGACAAGACCTGGAAGGGGAGTGACCACTCGGCCTCGCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124119 ATAACTTTGGACAAGACCTGGAAGGGGAGTGACCACTCGGCCTCGCTGGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 GCCTGGAGAACTGGCCGAGCTGGTGCGGTCAGTGCGTCTTGTGGAGCGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124169 GCCTGGAGAACTGGCCGAGCTGGTGCGGTCAGTGCGTCTTGTGGAGCGTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 CCCTGGGCTCCCCAACCAAGCAGCTGCTGCCCTGTGAGATGGCCTGCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124219 CCCTGGGCTCCCCAACCAAGCAGCTGCTGCCCTGTGAGATGGCCTGCAAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 GAGAAG         CTGGGCAAGTCTGTGGTGGCCAAAGTGAAAATTCC
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124269 GAGAAGGTG...CAGCTGGGCAAGTCTGTGGTGGCCAAAGTGAAAATTCC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 GGAAGGCACCATTCTAACAATGGACATGCTCACCGTGAAGGTGGGTGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126073 GGAAGGCACCATTCTAACAATGGACATGCTCACCGTGAAGGTGGGTGAGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 CCAAAGGCTATCCTCCTGAAGACATCTTTAATCTAGTGGGCAAGAAGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126123 CCAAAGGCTATCCTCCTGAAGACATCTTTAATCTAGTGGGCAAGAAGGTC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 CTGGTCACTGTTGAAGAGGATGACACCATCATGGAAGAATTGGTAGATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126173 CTGGTCACTGTTGAAGAGGATGACACCATCATGGAAGAATTGGTAGATAA

   1100     .    :    .    :
   1056 TCATGGCAAAAAAATCAAGTCT
        ||||||||||||||||||||||
 126223 TCATGGCAAAAAAATCAAGTCT