seq1 = pF1KE2740.tfa, 1512 bp
seq2 = pF1KE2740/gi568815594f_3363376.tfa (gi568815594f:3363376_3593498), 230123 bp

>pF1KE2740 1512
>gi568815594f:3363376_3593498 (Chr4)

1-54  (100001-100054)   100% ->
55-100  (100131-100176)   100% ->
101-331  (110031-110261)   100% ->
332-532  (112967-113167)   100% ->
533-652  (122164-122283)   100% ->
653-772  (126302-126421)   100% ->
773-1512  (129384-130123)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACCGAGGCGGCGCTGGTGGAGGGCCAGGTCAAGCTGCGGGACGGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGACCGAGGCGGCGCTGGTGGAGGGCCAGGTCAAGCTGCGGGACGGCAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GAAG         TGGAAGAGTAGGTGGCTGGTGCTGCGGAAGCCGTCGC
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GAAGGTC...CAGTGGAAGAGTAGGTGGCTGGTGCTGCGGAAGCCGTCGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CCGTGGCAG         ACTGCCTGCTGATGCTGGTCTACAAGGACAAG
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 100168 CCGTGGCAGGTG...CAGACTGCCTGCTGATGCTGGTCTACAAGGACAAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 TCGGAGCGTATCAAGGGCCTGCGGGAGCGCAGCAGCCTGACGCTAGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110063 TCGGAGCGTATCAAGGGCCTGCGGGAGCGCAGCAGCCTGACGCTAGAGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CATCTGCGGGCTGGAGCCCGGCCTGCCCTACGAGGGCCTGGTCCACACGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110113 CATCTGCGGGCTGGAGCCCGGCCTGCCCTACGAGGGCCTGGTCCACACGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TGGCCATTGTCTGCCTGTCCCAGGCCATCATGCTGGGCTTTGACAGCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110163 TGGCCATTGTCTGCCTGTCCCAGGCCATCATGCTGGGCTTTGACAGCCAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GAGGCCATGTGTGCGTGGGATGCCCGGATCCGCTATGCGCTCGGCGAGG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 110213 GAGGCCATGTGTGCGTGGGATGCCCGGATCCGCTATGCGCTCGGCGAGGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    332         TGCATAGGTTCCATGTGACAGTGGCTCCAGGCACCAAGTTGG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110263 TG...CAGTGCATAGGTTCCATGTGACAGTGGCTCCAGGCACCAAGTTGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AGAGCGGCCCGGCTACCCTGCACCTCTGCAATGATGTCCTCGTCTTGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113009 AGAGCGGCCCGGCTACCCTGCACCTCTGCAATGATGTCCTCGTCTTGGCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AGGGACATCCCCCCGGCTGTCACGGGGCAGTGGAAGCTGTCTGACCTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113059 AGGGACATCCCCCCGGCTGTCACGGGGCAGTGGAAGCTGTCTGACCTCCG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GCGCTACGGGGCCGTGCCAAGCGGATTCATCTTTGAAGGCGGGACCAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113109 GCGCTACGGGGCCGTGCCAAGCGGATTCATCTTTGAAGGCGGGACCAGGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 GTGGGTACT         GGGCTGGCGTCTTCTTCCTGTCCTCGGCCGAG
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 113159 GTGGGTACTGTA...CAGGGGCTGGCGTCTTCTTCCTGTCCTCGGCCGAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GGGGAGCAGATCAGCTTCCTGTTCGACTGCATCGTCCGAGGCATCTCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122196 GGGGAGCAGATCAGCTTCCTGTTCGACTGCATCGTCCGAGGCATCTCCCC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CACCAAGGGCCCCTTTGGGCTGCGGCCGGTTCTACCAG         ACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 122246 CACCAAGGGCCCCTTTGGGCTGCGGCCGGTTCTACCAGGTG...CAGACC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 CAAGTCCCCCGGGACCCTCGACTGTGGAGGAGCGTGTGGCCCAGGAAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126305 CAAGTCCCCCGGGACCCTCGACTGTGGAGGAGCGTGTGGCCCAGGAAGCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 CTGGAAACCCTACAGCTGGAGAAGCGGCTGAGCCTCCTCTCACATGCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126355 CTGGAAACCCTACAGCTGGAGAAGCGGCTGAGCCTCCTCTCACATGCGGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CAGGCCGGGCAGTGGAG         GGGATGACCGCAGCCTGTCCAGCT
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 126405 CAGGCCGGGCAGTGGAGGTA...CAGGGGATGACCGCAGCCTGTCCAGCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 CATCCTCAGAGGCCAGTCACTTGGACGTCAGCGCCAGCAGCCGGCTCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129408 CATCCTCAGAGGCCAGTCACTTGGACGTCAGCGCCAGCAGCCGGCTCACC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GCATGGCCAGAGCAATCCTCGTCGTCAGCCAGCACGTCACAGGAGGGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129458 GCATGGCCAGAGCAATCCTCGTCGTCAGCCAGCACGTCACAGGAGGGGCC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 TAGACCAGCAGCTGCCCAGGCCGCCGGGGAAGCCATGGTGGGTGCCTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129508 TAGACCAGCAGCTGCCCAGGCCGCCGGGGAAGCCATGGTGGGTGCCTCAA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 GGCCACCCCCCAAGCCGCTGCGTCCGCGGCAGCTGCAGGAGGTTGGCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129558 GGCCACCCCCCAAGCCGCTGCGTCCGCGGCAGCTGCAGGAGGTTGGCCGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 CAGAGCTCCTCGGACAGCGGCATCGCCACTGGCAGCCACTCCTCTTACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129608 CAGAGCTCCTCGGACAGCGGCATCGCCACTGGCAGCCACTCCTCTTACTC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 CAGCAGCCTCTCGTCCTACGCGGGCAGCAGCCTGGACGTGTGGCGGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129658 CAGCAGCCTCTCGTCCTACGCGGGCAGCAGCCTGGACGTGTGGCGGGCCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 CAGATGAACTGGGCTCACTGCTCAGCCTGCCAGCAGCGGGGGCCCCCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129708 CAGATGAACTGGGCTCACTGCTCAGCCTGCCAGCAGCGGGGGCCCCCGAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 CCCAGCCTGTGCACCTGCCTGCCCGGGACAGTCGAGTACCAGGTGCCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129758 CCCAGCCTGTGCACCTGCCTGCCCGGGACAGTCGAGTACCAGGTGCCCAC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 CTCCCTGCGGGCCCACTATGACACACCACGCAGCCTTTGCCTGGCTCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129808 CTCCCTGCGGGCCCACTATGACACACCACGCAGCCTTTGCCTGGCTCCTA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 GAGACCACAGCCCCCCCTCACAGGGCAGCCCCGGCAACAGTGCGGCCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129858 GAGACCACAGCCCCCCCTCACAGGGCAGCCCCGGCAACAGTGCGGCCAGG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1297 GACTCAGGCGGCCAGACGTCCGCCGGGTGTCCCTCTGGCTGGCTGGGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129908 GACTCAGGCGGCCAGACGTCCGCCGGGTGTCCCTCTGGCTGGCTGGGCAC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1347 GAGACGGCGGGGCCTGGTGATGGAGGCCCCCCAGGGCAGCGAGGCCACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129958 GAGACGGCGGGGCCTGGTGATGGAGGCCCCCCAGGGCAGCGAGGCCACAC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1397 TGCCTGGCCCTGCCCCTGGCGAGCCCTGGGAAGCAGGCGGCCCCCACGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130008 TGCCTGGCCCTGCCCCTGGCGAGCCCTGGGAAGCAGGCGGCCCCCACGCG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1447 GGGCCACCCCCGGCTTTCTTTTCGGCATGTCCAGTCTGTGGAGGACTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130058 GGGCCACCCCCGGCTTTCTTTTCGGCATGTCCAGTCTGTGGAGGACTCAA

   1550     .    :    .
   1497 GGTAAACCCCCCTCCT
        ||||||||||||||||
 130108 GGTAAACCCCCCTCCT