seq1 = pF1KE2739.tfa, 2016 bp
seq2 = pF1KE2739/gi568815582f_31383137.tfa (gi568815582f:31383137_31590532), 207396 bp

>pF1KE2739 2016
>gi568815582f:31383137_31590532 (Chr16)

1-126  (100001-100126)   100% ->
127-198  (101537-101608)   100% ->
199-303  (101683-101787)   100% ->
304-468  (102593-102757)   100% ->
469-574  (103034-103139)   100% ->
575-655  (104184-104264)   100% ->
656-885  (104394-104623)   100% ->
886-1021  (104902-105037)   100% ->
1022-1129  (105247-105354)   100% ->
1130-1280  (105486-105636)   100% ->
1281-1449  (105744-105912)   100% ->
1450-1665  (105987-106202)   100% ->
1666-1792  (106968-107094)   100% ->
1793-2016  (107173-107396)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGGAGCACACAGAGGCAGGCTCGGCACCAGAGATGGGGGCCCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGGAGCACACAGAGGCAGGCTCGGCACCAGAGATGGGGGCCCAGAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGCCCTGATTGACAATCCTGCTGACATCCTAGTCATTGCTGCATATTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGCCCTGATTGACAATCCTGCTGACATCCTAGTCATTGCTGCATATTTCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGCTGGTCATTGGCGTTGGCTTGTGG         TCCATGTGCAGAACC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 100101 TGCTGGTCATTGGCGTTGGCTTGTGGGTG...CAGTCCATGTGCAGAACC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AACAGAGGCACTGTGGGCGGCTACTTCCTGGCAGGACGCAGCATGGTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101552 AACAGAGGCACTGTGGGCGGCTACTTCCTGGCAGGACGCAGCATGGTGTG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GTGGCCG         GTTGGGGCCTCTCTCTTCGCCAGCAACATCGGCA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101602 GTGGCCGGTG...CAGGTTGGGGCCTCTCTCTTCGCCAGCAACATCGGCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GTGGCCACTTTGTGGGCCTGGCAGGGACTGGCGCTGCAAGTGGCTTGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101717 GTGGCCACTTTGTGGGCCTGGCAGGGACTGGCGCTGCAAGTGGCTTGGCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GTTGCTGGATTCGAGTGGAAT         GCGCTCTTCGTGGTGCTGCT
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 101767 GTTGCTGGATTCGAGTGGAATGTG...TAGGCGCTCTTCGTGGTGCTGCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 ACTGGGCTGGCTGTTTGCACCCGTGTACCTGACAGCGGGGGTCATCACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102613 ACTGGGCTGGCTGTTTGCACCCGTGTACCTGACAGCGGGGGTCATCACGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TGCCACAGTACCTGCGCAAGCGCTTCGGCGGCCGCCGCATCCGCCTCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102663 TGCCACAGTACCTGCGCAAGCGCTTCGGCGGCCGCCGCATCCGCCTCTAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CTGTCTGTGCTCTCCCTTTTCCTGTACATCTTCACCAAGATCTCA     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 102713 CTGTCTGTGCTCTCCCTTTTCCTGTACATCTTCACCAAGATCTCAGTG..

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    469     GTGGACATGTTCTCCGGAGCTGTATTCATCCAGCAGGCTCTGGGCT
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102763 .AAGGTGGACATGTTCTCCGGAGCTGTATTCATCCAGCAGGCTCTGGGCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 GGAACATCTATGCCTCCGTCATCGCGCTTCTGGGCATCACCATGATTTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103080 GGAACATCTATGCCTCCGTCATCGCGCTTCTGGGCATCACCATGATTTAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 ACGGTGACAG         GAGGGCTGGCCGCGCTGATGTACACGGACAC
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 103130 ACGGTGACAGGTG...CAGGAGGGCTGGCCGCGCTGATGTACACGGACAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GGTACAGACCTTCGTCATTCTGGGGGGCGCCTGCATCCTCATGGGTTACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104215 GGTACAGACCTTCGTCATTCTGGGGGGCGCCTGCATCCTCATGGGTTACG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656          CCTTCCACGAGGTGGGCGGGTATTCGGGTCTCTTCGACAAA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104265 GTA...CAGCCTTCCACGAGGTGGGCGGGTATTCGGGTCTCTTCGACAAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 TACCTGGGAGCAGCGACTTCGCTGACGGTGTCCGAGGATCCAGCCGTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104435 TACCTGGGAGCAGCGACTTCGCTGACGGTGTCCGAGGATCCAGCCGTGGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 AAACATCTCCAGCTTCTGCTATCGACCCCGGCCCGACTCCTACCACCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104485 AAACATCTCCAGCTTCTGCTATCGACCCCGGCCCGACTCCTACCACCTGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TCCGGCACCCCGTGACCGGGGATCTGCCGTGGCCCGCGCTGCTCCTCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104535 TCCGGCACCCCGTGACCGGGGATCTGCCGTGGCCCGCGCTGCTCCTCGGA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 CTCACAATCGTCTCGGGCTGGTACTGGTGCAGCGACCAG         GT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 104585 CTCACAATCGTCTCGGGCTGGTACTGGTGCAGCGACCAGGTG...TAGGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 CATCGTGCAGCGCTGCCTGGCCGGGAAGAGCCTGACCCACATCAAGGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104904 CATCGTGCAGCGCTGCCTGGCCGGGAAGAGCCTGACCCACATCAAGGCGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 GCTGCATCCTGTGTGGGTACCTGAAGCTGACGCCCATGTTTCTCATGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104954 GCTGCATCCTGTGTGGGTACCTGAAGCTGACGCCCATGTTTCTCATGGTC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 ATGCCAGGCATGATCAGCCGCATTCTGTACCCAG         ACGAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 105004 ATGCCAGGCATGATCAGCCGCATTCTGTACCCAGGTA...CAGACGAGGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 GGCGTGCGTGGTGCCTGAGGTGTGCAGGCGCGTGTGCGGCACGGAGGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105254 GGCGTGCGTGGTGCCTGAGGTGTGCAGGCGCGTGTGCGGCACGGAGGTGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 GCTGCTCCAACATCGCCTACCCGCGGCTCGTCGTGAAGCTCATGCCCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105304 GCTGCTCCAACATCGCCTACCCGCGGCTCGTCGTGAAGCTCATGCCCAAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 G         GTCTGCGCGGACTCATGCTGGCGGTCATGCTGGCCGCGCT
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105354 GGTA...CAGGTCTGCGCGGACTCATGCTGGCGGTCATGCTGGCCGCGCT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 CATGTCCTCGCTGGCCTCCATCTTCAACAGCAGCAGCACGCTCTTCACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105526 CATGTCCTCGCTGGCCTCCATCTTCAACAGCAGCAGCACGCTCTTCACCA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 TGGACATCTACACGCGCCTGCGGCCACGCGCCGGCGACCGCGAGCTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105576 TGGACATCTACACGCGCCTGCGGCCACGCGCCGGCGACCGCGAGCTGCTG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 CTGGTGGGACG         GCTCTGGGTGGTGTTCATCGTGGTAGTGTC
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 105626 CTGGTGGGACGGTG...CAGGCTCTGGGTGGTGTTCATCGTGGTAGTGTC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 GGTGGCCTGGCTTCCCGTGGTGCAGGCGGCACAGGGCGGGCAGCTCTTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105774 GGTGGCCTGGCTTCCCGTGGTGCAGGCGGCACAGGGCGGGCAGCTCTTCG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 ATTACATCCAGGCAGTCTCTAGCTACCTGGCACCGCCCGTGTCCGCCGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105824 ATTACATCCAGGCAGTCTCTAGCTACCTGGCACCGCCCGTGTCCGCCGTC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 TTCGTGCTGGCGCTCTTCGTGCCGCGCGTTAATGAGCAG         GG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 105874 TTCGTGCTGGCGCTCTTCGTGCCGCGCGTTAATGAGCAGGTG...CAGGG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 CGCCTTCTGGGGACTCATCGGGGGCCTGCTGATGGGCCTGGCACGCCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105989 CGCCTTCTGGGGACTCATCGGGGGCCTGCTGATGGGCCTGGCACGCCTGA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 TTCCCGAGTTCTCCTTCGGCTCGGGCAGCTGTGTGCAGCCCTCGGCGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106039 TTCCCGAGTTCTCCTTCGGCTCGGGCAGCTGTGTGCAGCCCTCGGCGTGC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1552 CCAGCTTTCCTCTGCGGCGTGCACTACCTCTACTTCGCCATTGTGCTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106089 CCAGCTTTCCTCTGCGGCGTGCACTACCTCTACTTCGCCATTGTGCTGTT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1602 CTTCTGCTCTGGCCTCCTCACCCTCACGGTCTCCCTGTGCACCGCGCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106139 CTTCTGCTCTGGCCTCCTCACCCTCACGGTCTCCCTGTGCACCGCGCCCA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1652 TCCCCAGAAAGCAC         CTCCACCGCCTGGTCTTCAGTCTCCGG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 106189 TCCCCAGAAAGCACGTG...CAGCTCCACCGCCTGGTCTTCAGTCTCCGG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1693 CATAGCAAGGAGGAACGGGAGGACCTGGATGCTGATGAGCAGCAAGGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106995 CATAGCAAGGAGGAACGGGAGGACCTGGATGCTGATGAGCAGCAAGGCTC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1743 CTCACTCCCTGTACAGAATGGGTGCCCAGAGAGTGCCATGGAGATGAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107045 CTCACTCCCTGTACAGAATGGGTGCCCAGAGAGTGCCATGGAGATGAATG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1793          AGCCCCAGGCCCCGGCACCAAGCCTCTTCCGCCAGTGCCTG
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107095 GTA...CAGAGCCCCAGGCCCCGGCACCAAGCCTCTTCCGCCAGTGCCTG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1834 CTCTGGTTTTGTGGAATGAGCAGAGGTGGGGTGGGCAGTCCTCCGCCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107214 CTCTGGTTTTGTGGAATGAGCAGAGGTGGGGTGGGCAGTCCTCCGCCCCT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1884 TACCCAGGAGGAGGCAGCGGCAGCAGCCAGGCGGCTGGAGGACATCAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107264 TACCCAGGAGGAGGCAGCGGCAGCAGCCAGGCGGCTGGAGGACATCAGCG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1934 AGGACCCGAGCTGGGCCCGTGTGGTCAACCTCAATGCCCTGCTCATGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107314 AGGACCCGAGCTGGGCCCGTGTGGTCAACCTCAATGCCCTGCTCATGATG

   2100     .    :    .    :    .    :
   1984 GCAGTGGCCGTGTTCCTCTGGGGCTTCTATGCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||
 107364 GCAGTGGCCGTGTTCCTCTGGGGCTTCTATGCC