seq1 = pF1KE2734.tfa, 939 bp
seq2 = pF1KE2734/gi568815586r_56823836.tfa (gi568815586r:56823836_57034261), 210426 bp

>pF1KE2734 939
>gi568815586r:56823836_57034261 (Chr12)

(complement)

1-301  (100001-100301)   100% ->
302-560  (103778-104036)   100% ->
561-724  (104709-104872)   100% ->
725-939  (110212-110426)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGCCCTCACAGACCTCTCATTTATGTATCGCTGGTTCAAGAACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGCCCTCACAGACCTCTCATTTATGTATCGCTGGTTCAAGAACTG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAATCTGGTTGGCAACCTCTCAGAGAAGTACGTCTTCATCACAGGCTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CAATCTGGTTGGCAACCTCTCAGAGAAGTACGTCTTCATCACAGGCTGTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACTCTGGCTTCGGGAACCTGCTGGCCAAACAGCTGGTTGATCGGGGCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ACTCTGGCTTCGGGAACCTGCTGGCCAAACAGCTGGTTGATCGGGGCATG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CAGGTGCTGGCTGCTTGCTTCACTGAGGAGGGATCCCAGAAACTTCAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CAGGTGCTGGCTGCTTGCTTCACTGAGGAGGGATCCCAGAAACTTCAGCG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGATACCTCCTATCGGCTGCAGACCACCCTACTGGATGTCACCAAGAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GGATACCTCCTATCGGCTGCAGACCACCCTACTGGATGTCACCAAGAGCG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 AAAGCATCAAGGCGGCGGCCCAGTGGGTGAGGGACAAAGTGGGCGAACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 AAAGCATCAAGGCGGCGGCCCAGTGGGTGAGGGACAAAGTGGGCGAACAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 G         GCCTCTGGGCCCTGGTGAACAATGCTGGTGTGGGCCTGCC
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GGTG...CAGGCCTCTGGGCCCTGGTGAACAATGCTGGTGTGGGCCTGCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CAGTGGTCCCAACGAATGGCTGACCAAGGATGACTTTGTGAAGGTGATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103818 CAGTGGTCCCAACGAATGGCTGACCAAGGATGACTTTGTGAAGGTGATTA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 ATGTGAACCTGGTGGGACTGATCGAAGTGACCCTTCACATGCTGCCCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103868 ATGTGAACCTGGTGGGACTGATCGAAGTGACCCTTCACATGCTGCCCATG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 GTCAAGAGAGCCCGGGGCAGGGTTGTCAACATGTCCAGCTCTGGTGGTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103918 GTCAAGAGAGCCCGGGGCAGGGTTGTCAACATGTCCAGCTCTGGTGGTCG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 TGTGGCTGTCATTGGTGGTGGCTACTGCGTCTCCAAGTTTGGCGTTGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103968 TGTGGCTGTCATTGGTGGTGGCTACTGCGTCTCCAAGTTTGGCGTTGAGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 CCTTCTCTGACAGCATAAG         GCGTGAGCTCTACTACTTTGGG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 104018 CCTTCTCTGACAGCATAAGGTA...CAGGCGTGAGCTCTACTACTTTGGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 GTGAAAGTCTGCATCATTGAGCCAGGGAACTATCGGACAGCCATTCTCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104731 GTGAAAGTCTGCATCATTGAGCCAGGGAACTATCGGACAGCCATTCTCGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 CAAGGAGAACCTGGAGTCACGCATGCGAAAGCTTTGGGAGAGGCTGCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104781 CAAGGAGAACCTGGAGTCACGCATGCGAAAGCTTTGGGAGAGGCTGCCTC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 AGGAGACCCGGGACAGCTACGGAGAGGATTATTTCCGCATCT        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 104831 AGGAGACCCGGGACAGCTACGGAGAGGATTATTTCCGCATCTGTA...CA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    725  ATACTGACAAGTTAAAAAACATAATGCAGGTGGCAGAGCCCAGAGTCAG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110211 GATACTGACAAGTTAAAAAACATAATGCAGGTGGCAGAGCCCAGAGTCAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 AGATGTCATCAACAGCATGGAGCATGCTATTGTTTCCCGGAGCCCTCGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110261 AGATGTCATCAACAGCATGGAGCATGCTATTGTTTCCCGGAGCCCTCGCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 TCCGCTACAACCCTGGCCTGGATGCCAAACTCCTCTACATCCCTCTGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110311 TCCGCTACAACCCTGGCCTGGATGCCAAACTCCTCTACATCCCTCTGGCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 AAGTTGCCCACCCCTGTGACAGATTTCATCCTAAGCCGGTACCTTCCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110361 AAGTTGCCCACCCCTGTGACAGATTTCATCCTAAGCCGGTACCTTCCAAG

    950     .    :    .
    924 GCCAGCGGACAGTGTC
        ||||||||||||||||
 110411 GCCAGCGGACAGTGTC