seq1 = pF1KE2733.tfa, 1044 bp
seq2 = pF1KE2733/gi568815577f_44190807.tfa (gi568815577f:44190807_44397724), 206918 bp

>pF1KE2733 1044
>gi568815577f:44190807_44397724 (Chr21)

1-404  (100001-100404)   100% ->
405-504  (101496-101595)   100% ->
505-687  (102187-102369)   100% ->
688-809  (102983-103104)   100% ->
810-912  (103595-103697)   100% ->
913-975  (105577-105639)   100% ->
976-1044  (106850-106918)   98%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTGGTTGGTGTACAGTTCCGGGGCCCCTGGAACGCAGCAGCCTGCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTGGTTGGTGTACAGTTCCGGGGCCCCTGGAACGCAGCAGCCTGCAAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AAACCGGGTTTTCTTCCCAATAGGGATGGCCCCGGGGGGTGTCTGTTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AAACCGGGTTTTCTTCCCAATAGGGATGGCCCCGGGGGGTGTCTGTTGGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GACCAGATGGATGGGGAACAGGTGGTCAGGGCAGAATTTCAGGCCCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GACCAGATGGATGGGGAACAGGTGGTCAGGGCAGAATTTCAGGCCCTGGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AGCATGGGAGCAGGGCAGAGACTGGGGAGTTCAGGTACCCAGAGATGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AGCATGGGAGCAGGGCAGAGACTGGGGAGTTCAGGTACCCAGAGATGCTG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CTGGGGGAGCTGTTTTGGGAAGGAGGTGGCTCTCAGGAGGGTGCTGCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CTGGGGGAGCTGTTTTGGGAAGGAGGTGGCTCTCAGGAGGGTGCTGCACC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CCAGCCCAGTCTGCATGGGCGTCTCTTGCCTGTGCCAGAAGAATGAGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CCAGCCCAGTCTGCATGGGCGTCTCTTGCCTGTGCCAGAAGAATGAGGAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GAGTGTGCCGTGTGTCGGGACGGCGGGGAGCTCATCTGCTGTGACGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GAGTGTGCCGTGTGTCGGGACGGCGGGGAGCTCATCTGCTGTGACGGCTG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CCCTCGGGCCTTCCACCTGGCCTGCCTGTCCCCTCCGCTCCGGGAGATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CCCTCGGGCCTTCCACCTGGCCTGCCTGTCCCCTCCGCTCCGGGAGATCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CCAG         TGGGACCTGGAGGTGCTCCAGCTGCCTGCAGGCAACA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 CCAGGTG...CAGTGGGACCTGGAGGTGCTCCAGCTGCCTGCAGGCAACA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 GTCCAGGAGGTGCAGCCCCGGGCAGAGGAGCCCCGGCCCCAGGAGCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101533 GTCCAGGAGGTGCAGCCCCGGGCAGAGGAGCCCCGGCCCCAGGAGCCACC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 CGTGGAGACCCCG         CTCCCCCCGGGGCTTAGGTCGGCGGGAG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 101583 CGTGGAGACCCCGGTA...CAGCTCCCCCCGGGGCTTAGGTCGGCGGGAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 AGGAGGTAAGAGGTCCACCTGGGGAACCCCTAGCCGGCATGGACACGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102215 AGGAGGTAAGAGGTCCACCTGGGGAACCCCTAGCCGGCATGGACACGACT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 CTTGTCTACAAGCACCTGCCGGCTCCGCCTTCTGCAGCCCCGCTGCCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102265 CTTGTCTACAAGCACCTGCCGGCTCCGCCTTCTGCAGCCCCGCTGCCAGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 GCTGGACTCCTCGGCCCTGCACCCCCTACTGTGTGTGGGTCCTGAGGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102315 GCTGGACTCCTCGGCCCTGCACCCCCTACTGTGTGTGGGTCCTGAGGGTC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 AGCAG         AACCTGGCTCCTGGTGCGCGTTGCGGGGTGTGCGGA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102365 AGCAGGTG...CAGAACCTGGCTCCTGGTGCGCGTTGCGGGGTGTGCGGA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 GATGGTACGGACGTGCTGCGGTGTACTCACTGCGCCGCTGCCTTCCACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103019 GATGGTACGGACGTGCTGCGGTGTACTCACTGCGCCGCTGCCTTCCACTG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 GCGCTGCCACTTCCCAGCCGGCACCTCCCGGCCCGG         GACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 103069 GCGCTGCCACTTCCCAGCCGGCACCTCCCGGCCCGGGTG...CAGGACGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 GCCTGCGCTGCAGATCCTGCTCAGGAGACGTGACCCCAGCCCCTGTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103600 GCCTGCGCTGCAGATCCTGCTCAGGAGACGTGACCCCAGCCCCTGTGGAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 GGGGTGCTGGCCCCCAGCCCCGCCCGCCTGGCCCCTGGGCCTGCCAAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 103650 GGGGTGCTGGCCCCCAGCCCCGCCCGCCTGGCCCCTGGGCCTGCCAAGGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    913        GATGACACTGCCAGTCACGAGCCCGCTCTGCACAGGGATGACC
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103700 C...CAGGATGACACTGCCAGTCACGAGCCCGCTCTGCACAGGGATGACC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 TGGAGTCCCTTCTGAGCGAG         CACACCTTCGACGGCATCCTG
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||| |||||||||
 105620 TGGAGTCCCTTCTGAGCGAGGTA...CAGCACACCTTCGATGGCATCCTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .
    997 CAGTGGGCCATCCAGAGCATGGCCCGTCCGGCGGCCCCCTTCCCCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106871 CAGTGGGCCATCCAGAGCATGGCCCGTCCGGCGGCCCCCTTCCCCTCC