seq1 = pF1KE2731.tfa, 972 bp
seq2 = pF1KE2731/gi568815591f_39897492.tfa (gi568815591f:39897492_40163100), 265609 bp

>pF1KE2731 972
>gi568815591f:39897492_40163100 (Chr7)

1-29  (90739-90767)   100% ->
30-200  (100003-100173)   100% ->
201-340  (101870-102009)   100% ->
341-511  (104370-104540)   100% ->
512-701  (148345-148534)   100% ->
702-758  (150330-150386)   100% ->
759-860  (165335-165436)   100% ->
861-938  (165532-165609)   100% ->
939-972  (171819-171852)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTGCCTGAAGATAAAGAAGCTGATAG         CTTACGAGGAAA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
  90739 ATGCTGCCTGAAGATAAAGAAGCTGATAGGTA...CAGCTTACGAGGAAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 TATTTCAGTAAAAGCAGTTAAAAAAGAAGTAGAAAAGAAACTCCGATGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100015 TATTTCAGTAAAAGCAGTTAAAAAAGAAGTAGAAAAGAAACTCCGATGTC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TTCTTGCTGATTTACCGCTGCCCCCTGAGCTACCAGGAGGAGATGATCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100065 TTCTTGCTGATTTACCGCTGCCCCCTGAGCTACCAGGAGGAGATGATCTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TCAAAGAGTCCAGAGGAAAAGAAAACAGCAACACAGTTACATAGTAAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100115 TCAAAGAGTCCAGAGGAAAAGAAAACAGCAACACAGTTACATAGTAAAAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GAGGCCTAA         AATATGTGGGCCTCGCTATGGTGAAACCAAAG
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 100165 GAGGCCTAAGTA...TAGAATATGTGGGCCTCGCTATGGTGAAACCAAAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AAAAAGATATTGACTGGGGAAAACGCTGCGTGGATAAATTTGATATCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101902 AAAAAGATATTGACTGGGGAAAACGCTGCGTGGATAAATTTGATATCATC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GGAATTATTGGAGAAGGTACTTACGGACAAGTTTACAAAGCCAGGGATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101952 GGAATTATTGGAGAAGGTACTTACGGACAAGTTTACAAAGCCAGGGATAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 AGACACTG         GAGAAATGGTAGCCTTAAAAAAAGTACGTCTGG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 102002 AGACACTGGTA...TAGGAGAAATGGTAGCCTTAAAAAAAGTACGTCTGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 ATAATGAAAAGGAAGGCTTTCCAATTACAGCAATTCGAGAAATTAAAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104403 ATAATGAAAAGGAAGGCTTTCCAATTACAGCAATTCGAGAAATTAAAATT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CTCCGGCAGCTTACCCATCAGAGTATTATCAATATGAAGGAAATAGTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104453 CTCCGGCAGCTTACCCATCAGAGTATTATCAATATGAAGGAAATAGTGAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TGATAAAGAAGATGCTTTGGATTTCAAGAAGGACAAAG         GTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 104503 TGATAAAGAAGATGCTTTGGATTTCAAGAAGGACAAAGGTA...TAGGTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CATTTTATCTGGTGTTTGAATATATGGACCATGATCTGATGGGACTACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148348 CATTTTATCTGGTGTTTGAATATATGGACCATGATCTGATGGGACTACTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GAATCAGGCTTGGTTCATTTTAATGAAAATCACATAAAGTCATTTATGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148398 GAATCAGGCTTGGTTCATTTTAATGAAAATCACATAAAGTCATTTATGAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 ACAGCTCATGGAGGGTCTGGATTATTGTCATAAGAAGAACTTTTTGCATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148448 ACAGCTCATGGAGGGTCTGGATTATTGTCATAAGAAGAACTTTTTGCATA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 GAGATATTAAATGTTCCAATATCCTTCTAAATAATAG         AGGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 148498 GAGATATTAAATGTTCCAATATCCTTCTAAATAATAGGTA...CAGAGGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 CAGATAAAACTTGCAGACTTTGGACTTGCTCGATTGTATAGCTCAGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150334 CAGATAAAACTTGCAGACTTTGGACTTGCTCGATTGTATAGCTCAGAAGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 AAG         TCGGCCGTATACTAACAAGGTAATTACTTTATGGTACC
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150384 AAGGTA...TAGTCGGCCGTATACTAACAAGGTAATTACTTTATGGTACC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 GTCCACCTGAACTGCTACTGGGAGAAGAACGATACACACCAGCCATTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165373 GTCCACCTGAACTGCTACTGGGAGAAGAACGATACACACCAGCCATTGAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GTATGGAGCTGTGG         CTGTATCCTTGGCGAACTCTTCACTAA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 165423 GTATGGAGCTGTGGGTA...TAGCTGTATCCTTGGCGAACTCTTCACTAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 AAAACCTATATTTCAAGCAAATCAGGAACTTGCACAACTAGAATTAATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165559 AAAACCTATATTTCAAGCAAATCAGGAACTTGCACAACTAGAATTAATAA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :
    938 G         ACATGAAGAAAATGAAGTTTCTGATAAACAAATC
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165609 GGTA...CAGACATGAAGAAAATGAAGTTTCTGATAAACAAATC