seq1 = pF1KE2729.tfa, 1395 bp
seq2 = pF1KE2729/gi568815597r_46458578.tfa (gi568815597r:46458578_46683332), 224755 bp

>pF1KE2729 1395
>gi568815597r:46458578_46683332 (Chr1)

(complement)

1-34  (89187-89220)   100% ->
35-136  (100004-100105)   100% ->
137-234  (102706-102803)   100% ->
235-314  (106679-106758)   100% ->
315-388  (108313-108386)   100% ->
389-493  (111166-111270)   100% ->
494-616  (111794-111916)   100% ->
617-672  (114835-114890)   100% ->
673-768  (118197-118292)   100% ->
769-963  (120490-120684)   100% ->
964-1128  (121691-121855)   100% ->
1129-1172  (123056-123099)   100% ->
1173-1395  (124533-124755)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTATCTTCTCAAAAGTTGGAAAAACCTATAG         AGATGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
  89187 ATGGTATCTTCTCAAAAGTTGGAAAAACCTATAGGTA...TAGAGATGGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 CAGTAGCGAACCCCTTCCCATCGCAGATGGTGACAGGAGGAGGAAGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100011 CAGTAGCGAACCCCTTCCCATCGCAGATGGTGACAGGAGGAGGAAGAAGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AGCGGAGGGGCCGGGCCACTGACTCCTTGCCAGGAAAGTTTGAAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 100061 AGCGGAGGGGCCGGGCCACTGACTCCTTGCCAGGAAAGTTTGAAGGTT..

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    137     ATATGTACAAGCTGACCTCTGAATTGCTTGGAGAGGGAGCCTATGC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100111 .TAGATATGTACAAGCTGACCTCTGAATTGCTTGGAGAGGGAGCCTATGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CAAAGTTCAAGGTGCCGTGAGCCTACAGAATGGCAAAGAGTATGCCGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102752 CAAAGTTCAAGGTGCCGTGAGCCTACAGAATGGCAAAGAGTATGCCGTCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AA         ATCATCGAGAAACAAGCAGGGCACAGTCGGAGTAGGGTG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102802 AAGTG...CAGATCATCGAGAAACAAGCAGGGCACAGTCGGAGTAGGGTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 TTTCGAGAGGTGGAGACGCTGTATCAGTGTCAGGGAAACAA         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 106718 TTTCGAGAGGTGGAGACGCTGTATCAGTGTCAGGGAAACAAGTG...AAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 GAACATTTTGGAGCTGATTGAGTTCTTTGAAGATGACACAAGGTTTTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108313 GAACATTTTGGAGCTGATTGAGTTCTTTGAAGATGACACAAGGTTTTACT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 TGGTCTTTGAGAAATTGCAAGGAG         GTTCCATCTTAGCCCAC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 108363 TGGTCTTTGAGAAATTGCAAGGAGGTA...CAGGTTCCATCTTAGCCCAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 ATCCAGAAGCAAAAGCACTTCAATGAGCGAGAAGCCAGCCGAGTGGTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111183 ATCCAGAAGCAAAAGCACTTCAATGAGCGAGAAGCCAGCCGAGTGGTGCG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 GGACGTTGCTGCTGCCCTTGACTTCCTGCATACCAAAG         ACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 111233 GGACGTTGCTGCTGCCCTTGACTTCCTGCATACCAAAGGTG...TAGACA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    497 AAGTCTCTCTCTGTCACCTAGGCTGGAGTGCTATGGCGCCATCAGGGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111797 AAGTCTCTCTCTGTCACCTAGGCTGGAGTGCTATGGCGCCATCAGGGCTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 ACTGCAGCCCCAACCTCCCTGGGCTCCAGTGATCCTCCCACCTCAGCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111847 ACTGCAGCCCCAACCTCCCTGGGCTCCAGTGATCCTCCCACCTCAGCCTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 CCAAGTAGCTGGGACTACAG         GCATTGCTCATCGTGATCTGA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 111897 CCAAGTAGCTGGGACTACAGGTG...CAGGCATTGCTCATCGTGATCTGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 AACCAGAAAATATATTGTGTGAATCTCCAGAAAAG         GTGTCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 114856 AACCAGAAAATATATTGTGTGAATCTCCAGAAAAGGTA...CAGGTGTCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    679 CCAGTGAAAATCTGTGACTTTGACTTGGGCAGTGGGATGAAACTGAACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118203 CCAGTGAAAATCTGTGACTTTGACTTGGGCAGTGGGATGAAACTGAACAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    729 CTCCTGTACCCCCATAACCACACCAGAGCTGACCACCCCA         T
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 118253 CTCCTGTACCCCCATAACCACACCAGAGCTGACCACCCCAGTA...CAGT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    770 GTGGCTCTGCAGAATACATGGCCCCTGAGGTAGTGGAGGTCTTCACGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120491 GTGGCTCTGCAGAATACATGGCCCCTGAGGTAGTGGAGGTCTTCACGGAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    820 CAGGCCACATTCTACGACAAGCGCTGTGACCTGTGGAGCCTGGGCGTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120541 CAGGCCACATTCTACGACAAGCGCTGTGACCTGTGGAGCCTGGGCGTGGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    870 CCTCTACATCATGCTGAGTGGCTACCCACCCTTCGTGGGTCACTGCGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120591 CCTCTACATCATGCTGAGTGGCTACCCACCCTTCGTGGGTCACTGCGGGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 CCGACTGTGGCTGGGACCGGGGCGAGGTCTGCAGGGTGTGCCAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 120641 CCGACTGTGGCTGGGACCGGGGCGAGGTCTGCAGGGTGTGCCAGGTG...

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    964    AACAAGCTGTTTGAAAGCATCCAGGAAGGCAAGTATGAGTTTCCTGA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121688 TAGAACAAGCTGTTTGAAAGCATCCAGGAAGGCAAGTATGAGTTTCCTGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1011 CAAGGACTGGGCACACATCTCCAGTGAAGCCAAAGACCTCATCTCCAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121738 CAAGGACTGGGCACACATCTCCAGTGAAGCCAAAGACCTCATCTCCAAGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 TCCTGGTGCGAGATGCAAAGCAGAGACTTAGCGCCGCCCAAGTTCTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121788 TCCTGGTGCGAGATGCAAAGCAGAGACTTAGCGCCGCCCAAGTTCTGCAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 CACCCATGGGTGCAGGGG         CAAGCTCCAGAAAAGGGACTCCC
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 121838 CACCCATGGGTGCAGGGGGTG...TAGCAAGCTCCAGAAAAGGGACTCCC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1152 CACGCCGCAAGTCCTCCAGAG         GAACAGCAGCACAATGGACC
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 123079 CACGCCGCAAGTCCTCCAGAGGTA...CAGGAACAGCAGCACAATGGACC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1193 TGACGCTCTTCGCAGCTGAGGCCATCGCCCTTAACCGCCAGCTATCTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124553 TGACGCTCTTCGCAGCTGAGGCCATCGCCCTTAACCGCCAGCTATCTCAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1243 CACGAAGAGAACGAACTAGCAGAGGAGCCAGAGGCACTAGCTGATGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124603 CACGAAGAGAACGAACTAGCAGAGGAGCCAGAGGCACTAGCTGATGGCCT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1293 CTGCTCCATGAAGCTTTCCCCTCCCTGCAAGTCACGCCTGGCCCGGAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124653 CTGCTCCATGAAGCTTTCCCCTCCCTGCAAGTCACGCCTGGCCCGGAGAC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1343 GGGCCCTGGCCCAGGCAGGCCGTGGTGAAGACAGGAGCCCGCCCACAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124703 GGGCCCTGGCCCAGGCAGGCCGTGGTGAAGACAGGAGCCCGCCCACAGCA

   1500 
   1393 CTC
        |||
 124753 CTC