seq1 = pF1KE2726.tfa, 1266 bp
seq2 = pF1KE2726/gi568815597f_214986368.tfa (gi568815597f:214986368_215335142), 348775 bp

>pF1KE2726 1266
>gi568815597f:214986368_215335142 (Chr1)

1-34  (19555-19588)   100% ->
35-345  (100001-100311)   100% ->
346-463  (138266-138383)   100% ->
464-624  (182832-182992)   100% ->
625-811  (185630-185816)   100% ->
812-951  (208586-208725)   100% ->
952-1266  (248461-248775)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGATGAACCCACGAGCAAAAAGGGATTTCTACT         TGGCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
  19555 ATGATGAACCCACGAGCAAAAAGGGATTTCTACTGTG...CAGTGGCGGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 ACCTGACTTGCTGGATCCTAAATCTGCCGCTCAGAACTCCAAACCGAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100008 ACCTGACTTGCTGGATCCTAAATCTGCCGCTCAGAACTCCAAACCGAGGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TCTCGTTTTCCACGAAACCCACAGTGCTTGCTTCCCGGGTGGAGAGTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100058 TCTCGTTTTCCACGAAACCCACAGTGCTTGCTTCCCGGGTGGAGAGTGAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ACGACCATTAATGTTATGAAATGGAAGACGGTCTCCACGATATTCCTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100108 ACGACCATTAATGTTATGAAATGGAAGACGGTCTCCACGATATTCCTGGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGTTGTCCTCTATCTGATCATCGGAGCCACCGTGTTCAAAGCATTGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100158 GGTTGTCCTCTATCTGATCATCGGAGCCACCGTGTTCAAAGCATTGGAGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AGCCTCATGAGATTTCACAGAGGACCACCATTGTGATCCAGAAGCAAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100208 AGCCTCATGAGATTTCACAGAGGACCACCATTGTGATCCAGAAGCAAACA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 TTCATATCCCAACATTCCTGTGTCAATTCGACGGAGCTGGATGAACTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100258 TTCATATCCCAACATTCCTGTGTCAATTCGACGGAGCTGGATGAACTCAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 TCAG         CAAATAGTGGCAGCAATAAATGCAGGGATTATACCGT
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100308 TCAGGTA...CAGCAAATAGTGGCAGCAATAAATGCAGGGATTATACCGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TAGGAAACACCTCCAATCAAATCAGTCACTGGGATTTGGGAAGTTCCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138303 TAGGAAACACCTCCAATCAAATCAGTCACTGGGATTTGGGAAGTTCCTTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 TTCTTTGCTGGCACTGTTATTACAACCATAG         GATTTGGAAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 138353 TTCTTTGCTGGCACTGTTATTACAACCATAGGTA...AAGGATTTGGAAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CATCTCACCACGCACAGAAGGCGGCAAAATATTCTGTATCATCTATGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 182842 CATCTCACCACGCACAGAAGGCGGCAAAATATTCTGTATCATCTATGCCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TACTGGGAATTCCCCTCTTTGGTTTTCTCTTGGCTGGAGTTGGAGATCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 182892 TACTGGGAATTCCCCTCTTTGGTTTTCTCTTGGCTGGAGTTGGAGATCAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 CTAGGCACCATATTTGGAAAAGGAATTGCCAAAGTGGAAGATACGTTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 182942 CTAGGCACCATATTTGGAAAAGGAATTGCCAAAGTGGAAGATACGTTTAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 T         AAGTGGAATGTTAGTCAGACCAAGATTCGCATCATCTCAA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 182992 TGTG...TAGAAGTGGAATGTTAGTCAGACCAAGATTCGCATCATCTCAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 CAATCATATTTATACTATTTGGCTGTGTACTCTTTGTGGCTCTGCCTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 185670 CAATCATATTTATACTATTTGGCTGTGTACTCTTTGTGGCTCTGCCTGCG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 ATCATATTCAAACACATAGAAGGCTGGAGTGCCCTGGACGCCATTTATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 185720 ATCATATTCAAACACATAGAAGGCTGGAGTGCCCTGGACGCCATTTATTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 TGTGGTTATCACTCTAACAACTATTGGATTTGGTGACTACGTTGCAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 185770 TGTGGTTATCACTCTAACAACTATTGGATTTGGTGACTACGTTGCAGGTA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    812       GTGGATCCGATATTGAATATCTGGACTTCTATAAGCCTGTCGTG
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 185820 ...CAGGTGGATCCGATATTGAATATCTGGACTTCTATAAGCCTGTCGTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 TGGTTCTGGATCCTTGTAGGGCTTGCTTACTTTGCTGCTGTCCTGAGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 208630 TGGTTCTGGATCCTTGTAGGGCTTGCTTACTTTGCTGCTGTCCTGAGCAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 GATTGGAGATTGGCTCCGAGTGATATCTAAAAAGACAAAAGAAGAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 208680 GATTGGAGATTGGCTCCGAGTGATATCTAAAAAGACAAAAGAAGAGGTG.

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    952      GTGGGAGAGTTCAGAGCACACGCTGCTGAGTGGACAGCCAACGTC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 208730 ..CAGGTGGGAGAGTTCAGAGCACACGCTGCTGAGTGGACAGCCAACGTC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 ACAGCCGAATTCAAAGAAACCAGGAGGCGACTGAGTGTGGAGATTTATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 248506 ACAGCCGAATTCAAAGAAACCAGGAGGCGACTGAGTGTGGAGATTTATGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 CAAGTTCCAGCGGGCCACCTCCATCAAGCGGAAGCTCTCGGCAGAACTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 248556 CAAGTTCCAGCGGGCCACCTCCATCAAGCGGAAGCTCTCGGCAGAACTGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 CTGGAAACCACAATCAGGAGCTGACTCCTTGTAGGAGGACCCTGTCAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 248606 CTGGAAACCACAATCAGGAGCTGACTCCTTGTAGGAGGACCCTGTCAGTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 AACCACCTGACCAGCGAGAGGGATGTCTTGCCTCCCTTACTGAAGACTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 248656 AACCACCTGACCAGCGAGAGGGATGTCTTGCCTCCCTTACTGAAGACTGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 GAGTATCTATCTGAATGGTTTGACGCCACACTGTGCTGGTGAAGAGATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 248706 GAGTATCTATCTGAATGGTTTGACGCCACACTGTGCTGGTGAAGAGATTG

   1300     .    :    .    :
   1247 CTGTGATTGAGAACATCAAA
        ||||||||||||||||||||
 248756 CTGTGATTGAGAACATCAAA