seq1 = pF1KE2723.tfa, 906 bp
seq2 = pF1KE2723/gi568815597r_12468343.tfa (gi568815597r:12468343_12717348), 249006 bp

>pF1KE2723 906
>gi568815597r:12468343_12717348 (Chr1)

(complement)

1-195  (100001-100195)   100% ->
196-339  (136683-136826)   100% ->
340-459  (137937-138056)   100% ->
460-698  (138393-138631)   100% ->
699-824  (144496-144621)   100% ->
825-906  (148925-149006)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTGTGGAAACGGCTGGGCGCGCTGGTGATGTTCCCTCTACAGATGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGTGTGGAAACGGCTGGGCGCGCTGGTGATGTTCCCTCTACAGATGAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTATCTGGTGGTGAAAGCAGCCGTCGGACTGGTGCTGCCCGCCAAGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTATCTGGTGGTGAAAGCAGCCGTCGGACTGGTGCTGCCCGCCAAGCTGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GGGACCTGTCGCGGGAGAACGTCCTCATCACCGGCGGCGGGAGAGGCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GGGACCTGTCGCGGGAGAACGTCCTCATCACCGGCGGCGGGAGAGGCATC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GGGCGTCAGCTCGCCCGCGAGTTCGCGGAGCGCGGCGCCAGAAAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 100151 GGGCGTCAGCTCGCCCGCGAGTTCGCGGAGCGCGGCGCCAGAAAGGTA..

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    196     ATTGTTCTCTGGGGCCGGACTGAGAAATGCCTGAAGGAGACGACGG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 .CAGATTGTTCTCTGGGGCCGGACTGAGAAATGCCTGAAGGAGACGACGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AGGAGATCCGGCAGATGGGCACTGAGTGCCATTACTTCATCTGTGATGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136729 AGGAGATCCGGCAGATGGGCACTGAGTGCCATTACTTCATCTGTGATGTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GGCAACCGGGAGGAGGTGTACCAGACGGCCAAGGCCGTCCGGGAGAAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 136779 GGCAACCGGGAGGAGGTGTACCAGACGGCCAAGGCCGTCCGGGAGAAGGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    340        GTGGGTGACATCACCATCCTGGTGAACAATGCCGCCGTGGTCC
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136829 C...CAGGTGGGTGACATCACCATCCTGGTGAACAATGCCGCCGTGGTCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 ATGGGAAGAGCCTAATGGACAGTGATGATGATGCCCTCCTCAAGTCCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137980 ATGGGAAGAGCCTAATGGACAGTGATGATGATGCCCTCCTCAAGTCCCAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CACATCAACACCCTGGGCCAGTTCTGG         ACCACCAAGGCCTT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 138030 CACATCAACACCCTGGGCCAGTTCTGGGTA...CAGACCACCAAGGCCTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CCTGCCGCGTATGCTGGAGCTGCAGAATGGCCACATCGTGTGCCTCAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138407 CCTGCCGCGTATGCTGGAGCTGCAGAATGGCCACATCGTGTGCCTCAACT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CCGTGCTGGCACTGTCTGCCATCCCCGGTGCCATCGACTACTGCACATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138457 CCGTGCTGGCACTGTCTGCCATCCCCGGTGCCATCGACTACTGCACATCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 AAAGCGTCAGCCTTCGCCTTCATGGAGAGCCTGACCCTGGGGCTGCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138507 AAAGCGTCAGCCTTCGCCTTCATGGAGAGCCTGACCCTGGGGCTGCTGGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 CTGTCCGGGAGTCAGCGCCACCACAGTGCTGCCCTTCCACACCAGCACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138557 CTGTCCGGGAGTCAGCGCCACCACAGTGCTGCCCTTCCACACCAGCACCG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 AGATGTTCCAGGGCATGAGAGTCAG         GTTTCCCAACCTCTTT
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 138607 AGATGTTCCAGGGCATGAGAGTCAGGTC...CAGGTTTCCCAACCTCTTT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 CCCCCACTGAAGCCGGAGACGGTGGCCCGGAGGACAGTGGAAGCTGTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144512 CCCCCACTGAAGCCGGAGACGGTGGCCCGGAGGACAGTGGAAGCTGTGCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 GCTCAACCAGGCCCTCCTCCTCCTCCCATGGACAATGCATGCCCTCGTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144562 GCTCAACCAGGCCCTCCTCCTCCTCCCATGGACAATGCATGCCCTCGTTA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 TCTTGAAAAG         CATACTTCCACAGGCTGCACTCGAGGAGATC
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 144612 TCTTGAAAAGGTA...CAGCATACTTCCACAGGCTGCACTCGAGGAGATC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 CACAAATTCTCAGGAACCTACACCTGCATGAACACTTTCAAAGGGCGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148956 CACAAATTCTCAGGAACCTACACCTGCATGAACACTTTCAAAGGGCGGAC

    950 
    906 A
        |
 149006 A