seq1 = pF1KE2722.tfa, 900 bp
seq2 = pF1KE2722/gi568815584f_23538865.tfa (gi568815584f:23538865_23745299), 206435 bp

>pF1KE2722 900
>gi568815584f:23538865_23745299 (Chr14)

1-140  (100001-100140)   100% ->
141-318  (100315-100492)   100% ->
319-420  (100930-101031)   100% ->
421-488  (104288-104355)   100% ->
489-540  (105247-105298)   100% ->
541-686  (105545-105690)   100% ->
687-742  (105963-106018)   100% ->
743-900  (106278-106435)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTGTCAGCAGTTGCCCGGGGCTACCAGGGCTGGTTTCATCCCTGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCTGTCAGCAGTTGCCCGGGGCTACCAGGGCTGGTTTCATCCCTGTGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TAGGCTTTCTGTGAGGATGAGCAGCACCGGGATAGACAGGAAGGGCGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TAGGCTTTCTGTGAGGATGAGCAGCACCGGGATAGACAGGAAGGGCGTCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGGCTAACCGGGTAGCCGTGGTCACGGGGTCCACCAGTGG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 100101 TGGCTAACCGGGTAGCCGTGGTCACGGGGTCCACCAGTGGGTG...CAGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ATCGGCTTTGCCATCGCCCGACGTCTGGCCCGGGACGGGGCCCACGTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100316 ATCGGCTTTGCCATCGCCCGACGTCTGGCCCGGGACGGGGCCCACGTGGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CATCAGCAGCCGGAAGCAGCAGAACGTGGACCGGGCCATGGCCAAGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100366 CATCAGCAGCCGGAAGCAGCAGAACGTGGACCGGGCCATGGCCAAGCTGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AGGGGGAGGGGCTGAGTGTGGCGGGCATTGTGTGCCACGTGGGGAAGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100416 AGGGGGAGGGGCTGAGTGTGGCGGGCATTGTGTGCCACGTGGGGAAGGCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GAGGACCGGGAGCAGCTGGTGGCCAAG         GCCCTGGAGCACTG
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 100466 GAGGACCGGGAGCAGCTGGTGGCCAAGGTG...CAGGCCCTGGAGCACTG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TGGGGGCGTCGACTTCCTGGTGTGCAGCGCAGGGGTCAACCCTCTGGTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100944 TGGGGGCGTCGACTTCCTGGTGTGCAGCGCAGGGGTCAACCCTCTGGTAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GGAGCACTCTGGGGACCAGTGAGCAGATCTGGGACAAG         ATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 100994 GGAGCACTCTGGGGACCAGTGAGCAGATCTGGGACAAGGTG...CAGATC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CTAAGTGTGAACGTGAAGTCCCCAGCCCTGCTGCTGAGCCAGTTGCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104291 CTAAGTGTGAACGTGAAGTCCCCAGCCCTGCTGCTGAGCCAGTTGCTGCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CTACATGGAGAACAG         GAGGGGTGCTGTCATCCTGGTCTCTT
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 104341 CTACATGGAGAACAGGTA...CAGGAGGGGTGCTGTCATCCTGGTCTCTT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CCATTGCAGCTTATAATCCAGTAGTG         GCGCTGGGTGTCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 105273 CCATTGCAGCTTATAATCCAGTAGTGGTA...CAGGCGCTGGGTGTCTAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 AATGTCAGCAAGACAGCGCTGCTGGGTCTCACTAGAACACTGGCATTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105560 AATGTCAGCAAGACAGCGCTGCTGGGTCTCACTAGAACACTGGCATTGGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GCTGGCCCCCAAGGACATCCGGGTAAACTGCGTGGTTCCAGGAATTATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105610 GCTGGCCCCCAAGGACATCCGGGTAAACTGCGTGGTTCCAGGAATTATCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 AAACTGACTTCAGCAAAGTGGTGAGGATTGG         TTTCATGGGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 105660 AAACTGACTTCAGCAAAGTGGTGAGGATTGGGTG...CAGTTTCATGGGA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 ATGAGTCTCTCTGGAAGAACTTCAAGGAACATCATCAGCTGCAGAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 105973 ATGAGTCTCTCTGGAAGAACTTCAAGGAACATCATCAGCTGCAGAGGCA.

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    743      GATTGGGGAGTCAGAGGACTGTGCAGGAATCGTGTCCTTCCTGTG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106023 ..CAGGATTGGGGAGTCAGAGGACTGTGCAGGAATCGTGTCCTTCCTGTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 CTCTCCAGATGCCAGCTACGTCAACGGGGAGAACATTGCGGTGGCAGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106323 CTCTCCAGATGCCAGCTACGTCAACGGGGAGAACATTGCGGTGGCAGGCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 ACTCCACTCGGCTCTGAGAGGAGTGGGGGCGGCTGCGTAGCTGTGGTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106373 ACTCCACTCGGCTCTGAGAGGAGTGGGGGCGGCTGCGTAGCTGTGGTCCC

    950     .    :
    888 AGGCCCAGGAGCC
        |||||||||||||
 106423 AGGCCCAGGAGCC