seq1 = pF1KE2716.tfa, 705 bp
seq2 = pF1KE2716/gi568815592f_152597903.tfa (gi568815592f:152597903_152822250), 224348 bp

>pF1KE2716 705
>gi568815592f:152597903_152822250 (Chr6)

1-196  (100001-100196)   100% ->
197-705  (123840-124348)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCGAACACAAGTATATGAGGGGTTGTGTAAAAATTATTTTTCTCTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCGAACACAAGTATATGAGGGGTTGTGTAAAAATTATTTTTCTCTTGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGTACTACAAAGAGATAGAATCAAACTGCTTTTTTTCGACATACTGGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGTACTACAAAGAGATAGAATCAAACTGCTTTTTTTCGACATACTGGTTT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TTCTTTCTGTTTTTCTTCTCTTTCTTCTATTTCTTGTGGATATTATGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TTCTTTCTGTTTTTCTTCTCTTTCTTCTATTTCTTGTGGATATTATGGCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AATAACACAACAAGTTTAGGGAGTCCATGGCCAGAAAACTTTTGGG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 100151 AATAACACAACAAGTTTAGGGAGTCCATGGCCAGAAAACTTTTGGGGTA.

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    197      AGGACCTTATCATGTCCTTCACTGTATCCATGGCAATCGGGCTGG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 ..CAGAGGACCTTATCATGTCCTTCACTGTATCCATGGCAATCGGGCTGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TACTTGGAGGATTTATTTGGGCTGTGTTCATTTGTCTGTCTCGAAGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123885 TACTTGGAGGATTTATTTGGGCTGTGTTCATTTGTCTGTCTCGAAGAAGA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 AGAGCCAGTGCTCCCATCTCACAGTGGAGTTCAAGCAGGAGATCTAGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123935 AGAGCCAGTGCTCCCATCTCACAGTGGAGTTCAAGCAGGAGATCTAGGTC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 TTCTTACACCCACGGCCTCAACAGAACTGGATTTTACCGCCACAGTGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123985 TTCTTACACCCACGGCCTCAACAGAACTGGATTTTACCGCCACAGTGGCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 GTGAACGTCGAAGCAACCTCAGCCTGGCCAGTCTCACCTTCCAGCGACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124035 GTGAACGTCGAAGCAACCTCAGCCTGGCCAGTCTCACCTTCCAGCGACAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 GCTTCCCTGGAACAAGCAAATTCCTTTCCAAGAAAATCAAGTTTCAGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124085 GCTTCCCTGGAACAAGCAAATTCCTTTCCAAGAAAATCAAGTTTCAGAGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 TTCTACTTTCCATCCCTTTCTGCAATGTCCACCACTTCCTGTGGAAACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124135 TTCTACTTTCCATCCCTTTCTGCAATGTCCACCACTTCCTGTGGAAACTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 AGAGTCAGCTGGTGACTCTCCCTTCTTCCAATATCTCTCCCACCATCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124185 AGAGTCAGCTGGTGACTCTCCCTTCTTCCAATATCTCTCCCACCATCAGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 ACTTCCCACAGTCTGAGCCGTCCTGACTACTGGTCCAGTAACAGTCTTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124235 ACTTCCCACAGTCTGAGCCGTCCTGACTACTGGTCCAGTAACAGTCTTCG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 AGTGGGCCTTTCAACACCGCCCCCACCTGCCTATGAGTCCATCATCAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124285 AGTGGGCCTTTCAACACCGCCCCCACCTGCCTATGAGTCCATCATCAAGG

    700     .    :
    692 CATTCCCAGATTCC
        ||||||||||||||
 124335 CATTCCCAGATTCC